カンナギタウンにたどり着いたヒカリたちは、コンテスト出場を前にヒカリの母・アヤコと、昔ライバルだったユリについて電話で話していた。ユリは20年前、コーディネーターとして連戦連勝を重ねていたアヤコが初めて負けた相手で、現在はコーディネーターを引退し、トレーナーとポケモンの両方をスタイリングするトップポケリストとして世界を飛び回っているというのだ。そんなユリの店が近くにあると知ったヒカリは店を訪ねるが、外出中で会うことが出来ないままコンテスト会場へ向かうことに。そして始まるポケモンコンテスト・カンナギ大会！ヒカリは控え室でミミロルと1次審査の出番を待っていた。すると控え室のモニターから1次審査最初のコーディネーターが現れる。なんと、それは20年ぶりの復活！"サクラポケモン"のチェリムを連れたユリだったのだ！

カンナギタウンへの旅の途中、山小屋で休憩をとるサトシたち。そんな中、ポケモンに良く効くと評判の薬屋が近くにあると知ったタケシは、自分の留守中にやっておく事をまとめたメモをサトシに託し買出しに。メモの内容は、まずポケモンたちにシャワーを浴びさせる事。早速、サトシとヒカリは手分けしてポケモンたちをきれいにしていく。次はランチタイム。ヒカリが手作りのホットケーキをみんなに振る舞い、順調にノルマをこなしていく。すると、パチリスが高熱を出して苦しんでいるのに気づくサトシとヒカリ。ところが、近くにはポケモンセンターが無い上、タケシも不在で不安がつのる二人は「サトシが冷たいシャワーを浴びせたから！」「ヒカリが作ったホットケーキでお腹を壊したんだ！」と大喧嘩を始めてしまう。パチリスはいったいどうなっちゃうの！？

旅の途中、とある町のポケモンセンターに立ち寄ったサトシたちは、見知らぬ相手とコンテストバトルをしているノゾミに再会し、バトルの観戦をすることに。ところがノゾミは、ムウマージをつかうトレーナーにまったく歯が立たず負けてしまう。なんと、その相手はヨスガジムのジムリーダー・メリッサだったのだ。１トレーナーとしてポケモンをゲットし、バトルをして経験を重ね、自分だけのバトルスタイルを見出そうと旅をしているというメリッサ。以前はトップコーディネーターとしても活躍していた彼女が目指すのは、コンテストの美しさ！そしてジム戦の激しさ！二つをひとつにしたオリジナルのバトルスタイル。そんなメリッサにサトシはポケモンバトルを、そしてヒカリはコンテストバトルを申し込むのだが・・・

カンナギタウンを目指すサトシたちは旅の途中、特訓のしすぎで倒れてしまったポッチャマをポケモンセンターに連れて行くことに。その頃、ポケモンサマースクールでのノンビリした生活とたっぷり稼いだアルバイト代で、３食昼寝つきのリッチな生活を続けていたロケット団は、サトシたちを追って坂道を登っていた。ところが、すぐに疲れてしまい、近くのレストランで豪華ランチをとる一行。すると、ムサシがニャースの異変に気づく。なんと、ニャースの額の"こばん"がぜい肉に埋もれていたのだ！さらにムサシ、コジロウもまんまるに太っていた事に気づく。そんな中"シャープでクール、そしてハングリーな悪の中の悪"という本来のロケット団へ原点回帰を決意したムサシたちは特訓を開始するのだが･･･。果たしてロケット団はサトシのピカチュウをゲット出来るのか！？

ポケモンサマースクール最終日のプログラムはサマースクール最大のイベント・ポケモントライアスロン。これは、一週間にわたって学んだことや体験したことを生かし、ポケモンと協力して３つの難関を乗り越えゴールする競技だ。まずはスタート地点でスクールから用意されたモンスターボールを選び、中に入っているポケモンと共に森を抜け湖へ向かう。そしてそこで、次のモンスターボールを選んで水タイプのポケモンと湖を渡り、最後は自分のパートナーのポケモンたちと一緒にゴールを目指すのだ。コウヘイのいる青組に続いて２位のサトシたち赤組は、このポケモントライアスロンで逆転優勝を狙う。果たして優勝するのはいったいどのクラスなのか？

ポケモンサマースクール5日目のプログラムはゴーストタイプのポケモンたちとの正しい触れ合い方を学ぶこと。ルールはクラスごとにペアをつくり、近くの山の遺跡に置いてあるプログラムメダルを取って校庭にもどってくるという、いわば肝試しだ。そこで、サトシはアオイと、ヒカリとタケシはそれぞれクラスメートとペアを組むことに。一方、青組のコウヘイはなぜか、スクールに参加していないはずの小さな女の子に誘われペアを組むことになる。そんな中、遺跡を目指す途中でヒカリは、霊界に人を連れて行くという"てづかみポケモン"のヨノワールにコウヘイが襲われているところを目撃する。ところが、そこには一緒にいたはずの小さな女の子の姿が無かったのだ。これって一体どういうこと！？

ポケモンサマースクール3日目のプログラムはポケモンの観察。スクールの近くにある湖にいる水タイプのポケモンたちとふれあい、その観察結果をクラスごとに先生に発表するというものだ。さっそく湖へ向かったサトシたちは、自分の選んだ水タイプのポケモンたちをスケッチしたり、一緒に泳いだりして観察する。すると突然、湖の奥で青い光が輝き、アオイのコリンクがいなくなっていることに気づくサトシたち。そんな時、一緒にいた青組のコウヘイから、この湖には「青き不思議な光輝く時、ポケモンがいなくなる」という伝説があるという事を聞く。果たしてコリンクの行方は？そして、青い光の正体とはいったい？

サトシたちは旅の途中、テンガン山のふもとでナナカマド博士が主催するポケモンサマースクールへ参加することに。サマースクールは様々なところからトレーナーたちが集まり、1週間を共に過ごし、たくさんのポケモンたちとふれあい学ぶところ。そしてそれぞれのトレーナーは赤組、青組、緑組に別れクラス対抗で得点を競い合う。初日のプログラムは、みんなの自己紹介も兼ねて、ナナカマド研究所で管理しているモンスターボールを１つずつ選び、選んだポケモンと仲良くなってお互いにポケモンバトルをすること！！でもどんなポケモンがパートナーになるかは選んだモンスターボール次第。サトシが選んだモンスターボールは･･･？

サトシたちはカンナギタウンへの旅の途中、深い谷の１本道で３匹のコダックに出会う。道を通ろうとするサトシたちは、なぜかコダックたちから一斉に攻撃されて通せんぼされてしまうのだった。なんとかして道を通りたいサトシたちはバトルを挑むが、コダックたちの力を合わせた攻撃にまるで歯が立たない。通せんぼするのには何か理由があるのではないか、と考えたサトシたちは･･･。

ヨスガシティにたどり着いたサトシたちは、前回ジムリーダー不在で出来なかったジム戦にチャレンジするため、ヨスガジムに向かった。ところが、またもやジムリーダーが不在でジム戦が出来ず落ち込むサトシ。するとそこへ、アイドルポケモンスタイリストのパリスが"うさぎポケモン"のミミロップと共に現れた。そして、ヒカリのミミロルをみて、明日開かれるヨスガコレクションに参加しないかと声を掛ける。ヨスガコレクションは誰でも参加できるポケモンを飾る手作りアクセサリーの発表会で、なんと、優勝したらポケキャンのグラビアを飾る事が出来るというのだ。そこでヒカリはミミロルで、なぜかサトシもピカチュウで出場する事にするのだが・・・いったいどうなるの？

サトシたちは旅の途中、ランチをとっていると、バトルの練習がしたいとグライガーがサトシに訴えてきた。そこでサトシは強くなりたいというグライガーの気持ちを汲んで特訓をはじめることに。ところが、以前シンジのグライオンとのバトルでバトルに対する恐怖心を持ってしまったグライガーはブイゼルやナエトル相手に怯えて逃げ出してしまう。そんな時、リッシ湖へ伝説のポケモンを調べに行く途中だという、ライバルのシゲルに久しぶりに再会し、グライガーの練習相手になってもらう事に。しかし、シゲルの的確なアドバイスでも恐怖心を克服することが出来ないグライガーに悩むサトシ。すると、シゲルが「これを使えば恐怖心もへるだろう」とあるどうぐをとりだした。これはまさか･･･。

サトシたちはヨスガシティへの旅の途中、草原で"ほしがたポケモン"のピィと、美しいメイド姿の女性モニカに出会った。すると突然、大雨が降りだし、モニカが仕えているというお屋敷で雨宿りさせてもらうことに。そこで出迎えてくれたご主人のウラヤマさんは色々なところでポケモンを集めてきて自慢の裏庭で遊ばせ、トレーナーやブリーダーなどに開放しているという。そして、おやつの時間になるとお屋敷に裏庭からたくさんのポケモンたちが集り、うれしそうに食べていた。その時、どこからともなく"いのぶたポケモン"のウリムーが現れみんなのポフィンを食べてしまう。そんな大食いのウリムーのためにヒカリはポフィンを作ろうとするのだが･･･。