夏だ！大好きな公園でピカチュウたちが元気に遊んでいると、
空からフワフワ迷子のアンノーンが降りてきた！
「なになに、ふしぎな世界からやってきたって！？」
よーし、わかった！一緒に行こう！
見るもの聞くもの初めてだらけのワクワクいっぱいアドベンチャー！

故郷であるニビシティに帰ってきたタケシは、弟、妹たちの面倒を見ながらドクターになるための勉強に励んでいた。そんな中、旅立ちを決めた時からジムを任せていた弟のジロウの元に、一人のチャレンジャーが現れる。そのチャレンジャーは本当のジムリーダーであるはずのタケシを出せと、ジロウとのバトルを頑なに拒んでいた。仕方なくフィールドに向かったタケシは、そのチャレンジャーの姿を見るなり一変！目をハートにし、すっかり浮かれモードに。それもそのはず、このチャレンジャーは実は元ジョーイのポケモン監察官だったのだ！ジムが公認のものにふさわしいかをチェックする任務を持つ監察官ジョーイは、今のニビジムの在り方を見て、厳しい審査を下そうとしていた。大事なジム、そして兄弟たちを守るためにタケシがバトルに挑むのだが･･･！

サトシたちとの旅を終え、フタバタウンに戻ってきたヒカリは次のグランドフェスティバルに向けて特訓を続けていた。その様子を見たヒカリのママは、バトルをしようと申し出る！かつてトップコーディネーターとして名を馳せたママと対等に渡り合うヒカリ。久々のバトルを終えたヒカリの中には、もう一度旅に出てもっと強くなりたいという思いが込み上げていた。新たな旅立ちへの思いを相談するため、ナナカマド博士のところへ向かうヒカリ。だが、到着した研究所は何やら慌ただしい。実は、今日旅立ちの新人トレーナーが来ているのだという！そのトレーナーの名はシンコ。ヒカリと同じく最初のポケモン選びで悩んでいるようだ。ここはバッチリ先輩がアドバイス・・・と思ったのだが、事態は思わぬ方向に！

ヒカリの故郷、フタバタウンにやってきたサトシたち。長いようであっという間のシンオウ地方の旅もいよいよ終わりの時を迎えようとしていた。カントー地方へ向かう船が出る時間まであと少し。別れを惜しむ３人、そして同じように寂しさをこらえるポケモンたち。だが、どうしても気持ちを抑えきれなくなったポッチャマの目からは、ポロポロと涙が・・・。

シンオウリーグを終えたサトシ、ヒカリ、タケシの３人は、ヒカリの故郷フタバタウンに向かう船に乗っていた。長かった旅も少しずつ終わりに近付いている・・・。そんな寂しさを噛みしめていると、そこに１匹のピチューが。思わず顔がほころぶ３人。それもそのはず、その後ろから次々とピィにププリン、ルリリにヒメグマなどの可愛いポケモンがやってきたのだ！甲板は途端に和やかなムードに包まれる。しかし、その船の下、海底では恐ろしいことの前兆が起きていた。平和に暮らしていたドククラゲをロケット団が刺激したせいで、怒ったドククラゲたちが海面に向かってきていたのだ！そんなことには気づくはずないポケモンたち。そして、事件は起こった・・・！

最大のライバル・シンジを激闘の末破ったサトシは準決勝にコマを進める。そしてその対戦相手は、今大会最強ともうたわれるトレーナーのタクト。なんとこの男、ここまでの全ての試合をたった１体のポケモンだけで勝ち進んできたのだ！しかもそのポケモンとは"あんこくポケモン"ダークライだが、どんな奴が相手だろうとひるむわけにはいかない。目前に迫った優勝に向けて、後は勝ち続けるのみ！そして始まる準決勝、サトシが１体目に選んだのはヘラクロス！一方のタクトは、やはりダークライを送り出す！相性こそサトシ有利のスタート。しかしタクトがみせたのは、そんなものを全てかき消すような驚くべきバトルだった・・・。

最高の舞台でのバトルもいよいよクライマックス！お互いのこれまでの旅、その中で見出したそれぞれが目指す『強さ』。サトシ、シンジ、二人のトレーナーとしての生き方に答えが出される瞬間がやってきた！フィールドで次の相手を待ち構えるサトシのゴウカザル。かつてのトレーナーであるシンジをみつめる眼差しには、サトシと共に旅をしてきたことで芽生えた自信に満ちている。対するシンジは信頼のおけるパートナー、エレキブルをフィールドに送りだす。ゴウカザルのマッハパンチがバトル再開の合図！出会うべくして出会った二人の最後のバトル、その先に待つ結末とは・・・。

バトル序盤は勢いに乗ったサトシがシンジをリードする展開。しかし、シンジの３体目"ばけさそりポケモン"のドラピオンがフィールドに現れて流れは一変！大きな尻尾と強烈な『ミサイルばり』でサトシのポケモンを追い詰めていく。そんな悪い流れを断ち切ろうと、サトシがフィールドに送りだしたのは、最大のパートナー・ピカチュウ！一方のシンジも一旦ドラピオンを下げ、新たなポケモンを送り出す。怪しげな雰囲気と共に現れたのは"ゆきぐにポケモン"のユキメノコ！ゴーストタイプをもつユキメノコは、サトシたちをあざ笑うかのように宙を舞う！果たしてサトシたちは再び流れを取り戻すことが出来るのか！？

シンオウ地方の旅が始まった時から、最大にして最強のライバル・シンジ。戦い方、ポケモンとの付き合い方、育て方。なにもかもがサトシとは正反対。今までも幾度となく衝突を繰り返してきた二人だが、エイチ湖でのフルバトルを経て、サトシはシンジを。シンジはサトシを。少しずつだが認め始めた。そんな二人が、もう一度フルバトルを約束した地、それがシンオウリーグ。決して交わることのなかった二つの線が、夢の舞台で交差する！史上最大のフルバトル、サトシＶＳシンジ！二人にとっての本当のシンオウリーグがついに始まる！

ライバルたちの激闘を目の当たりにしたサトシ。次の相手はコウヘイ！変幻自在のバトルスタイルを前に一体どんなバトルを繰り広げるのか。そして始まる３回戦！互いの最初のポケモンはツボツボとフカマル！サトシはスピードのあるメンバーで、一気に勝負を決めようとしていた。序盤はその作戦が大成功！コウヘイのポケモンたちを圧倒していく！だが、やはり強敵ぞろいのシンオウリーグ、一筋縄ではいかない。コウヘイがヨノワールを繰り出した瞬間、バトルの流れは大きく変わった！その理由は、ヨノワールのわざ『トリックルーム』！果たしてこのわざの持つ恐ろしさとは！？

ナオシとの激闘を制したサトシは順調に２回戦も突破！舞台はリーグ三回戦を迎えようとしていた。対戦相手決定の瞬間、サトシの相手は"七色のバトルスタイルをもつ"曲者コウヘイ！相手も決まり気合いを入れるサトシ。だが、その横で更に燃える男が...。それはジュン！対戦相手が憧れていたシンジに決まったことで、感情を抑えられないようだ。その一方、いつも通りの表情を崩さないシンジ。全く対照的な二人だが『バトルに勝ち続け、優勝する』という目標は同じ。やはりバトルは熱い展開に！両者一歩も譲らない好勝負。果たして勝利するのはどちらだ！？

サトシ１回戦の相手は、ポケモン吟遊詩人のナオシ！グランドフェスティバルにも出場し、ノゾミとの激戦を演じたのは記憶に新しい。ナオシ、サトシ。それぞれの目指す強さ、これまでの旅の全てがフィールド上でぶつかり合う！むし・くさタイプを得意とするナオシは、ロズレイドを１体目に送りだす。対するサトシは相性で有利なムクホーク！だが、先に主導権を握ったのはナオシとロズレイド！独特のリズム・戦術から繰り出される怒涛の波状攻撃の前に、ムクホークはなかなか攻略の糸口を掴めない。最初の１体目を失うのは、この短期決戦で圧倒的不利になる。そんな焦りからか、勝負は思いもかけない展開を迎えることに・・・！