ジャンバ博士の宇宙スクーターで暴走遊びをしていたスティッチは追っ手をかわすうち、勢い余って宇宙嵐に巻き込まれてしまう。時空を越えてスティッチが不時着したのは、ジャパンの最南端の島、イザヨイ島だった。
空腹のため食べ物を探すスティッチは、あちこちで大騒動を繰り広げ、島は大パニック。やっと空腹を満たし、森の中で寝ていたスティッチを、この島に暮らす少女ユウナが見つける。空手の師範代で正義感の強いユウナはスティッチを成敗しようとするが・・・。

「イチャリバチョーデー （一度会ったらみな兄弟）」の心で、スティッチを受け入れ、一緒に暮らすことにしたユウナとオバア。島に伝わる「ちたまの石」の話を聞いたスティッチは、宇宙で一番強くなるという願いを叶えてもらうため、43のイイコトをすることに。しかし、イイコトとワルイコトの違いが分からないスティッチは失敗ばかり。
一方、スティッチを追って宇宙嵐に巻き込まれたジャンバ博士は、漂流した惑星で盟友プリークリーに再会していた。そしてスティッチの居場所を突き止めた二人もイザヨイ島を目指すのだった。

ジャンバ博士に作ってもらったイイコトカウンターを腕につけ、今日もイイコトを探すスティッチ。
ユウナと一緒に、島で一番強い妖怪"キジムナー"に会いに行くことにした。しかし、オバアに教えられて向かったガジュマルの樹には、タチッチュという別の妖怪が住んでいた。タチッチュはキジムナーを相撲の勝負で打ち負かしてこの家を手に入れたのだと言う。だが、しばらくして二人の前に現われたキジムナーは、臆病で小さな赤い毛玉の妖怪だった。キジムナーから、タチッチュが反則で勝ったことを知ったスティッチは、キジムナーを応援しようと、もう一度勝負を持ちかける。

図工の時間にピーコの描いた自分の似顔絵に腹を立て、家に帰ってもむくれているユウナ。なんとかユウナを笑わせようとスティッチは一生懸命だが、なかなか機嫌は直らない。
一方、森ではペイント妖怪"むうん"の絵を楽しみに妖怪たちが集まっている。絵が実体化する不思議な筆を持っている むうんだったが、実は絵を描くのに飽きていて、筆を振り回していると飛んでいってしまった！が、気力のない むうんは、探しに行こうともせず放っておいてしまう。
次の朝、ユウナとケンカをしてしまったスティッチは、浜辺でその筆を拾い・・・。

宇宙空間に浮かぶ研究所で、イザヨイ島のスティッチたちの様子を偵察していたハムスターヴィール博士は、イイコトカウンターを手に入れれば宇宙一の力が手に入ると思い込む。そこで捕獲しておいた黄色の宇宙生命体に、自分の命令に従う「悪い子カチューシャ」を装着し、スティッチからイイコトカウンターを奪うよう命ずる。
やがて謎の"オバケ"の襲来でイザヨイ島に大パニックが巻き起こる。騒ぎを聞きつけたユウナとスティッチは、意気込んでオバケ退治に乗り出すが、そのオバケがスティッチの"イトコ"だったことに気づき．．．。

もうすぐオバアの誕生日。二人で風鈴を作ってプレゼントしようと思いつくユウナとスティッチ。
そこへスティッチの居場所を聞きつけた、ガールフレンドのエンジェルがイザヨイ島にやってくる。嬉しくなったユウナはエンジェルと仲良くしようとするものの、どうもうまが合わない。おまけにエンジェルに夢中のスティッチは、オバアのプレゼントなんてすっかり忘れた様子。怒ったユウナは一人で風鈴作りを始めてしまう。
そんな中、エンジェルの歌を聞いたスティッチがなぜか突然悪い子に豹変、大暴れしてしまう。

森で空手修行をしていたユウナとスティッチ。衝撃で、大木の上からタマゴが落ちてきた。卵料理にしようと持ち帰った二人に、ジャンバ博士とプリークリーも加わって、タマゴをめぐって四人は大騒動。そこへ帰ってきたオバアが森のものは、森へ返すべき、と強く諭す。
あきらめてタマゴを返しに向かう二人だったが、途中でつい遊びに夢中になるうちに日が暮れてしまう。二人は森へ返すのはあきらめてタマゴをもう一度こっそり家に持ち帰る。

変顔の写真を撮られ、クラスのみんなに笑われたユウナは、自分のほうがすごい写真が撮れるとつい見栄を張ってしまう。家に戻ったユウナは「カメラ探しはイイコト」とスティッチを誘うが、出てきたのは古いカメラだけ。困った二人はジャンバ博士の研究所を訪れ、そこに置かれたカメラを黙って持ち出してしまう。しかしそれは博士の発明品、被写体が実体化するカメラだった。そんなことも知らずにユウナはスティッチをモデルにパチパチ写真を撮り続けるものだから．．．。

ユウナと遊びたくて宿題の邪魔をするスティッチは、部屋を散らかして怒られる。しかたなく掃除を始めたスティッチ。だけど掃除なんて大の苦手のスティッチは、整理整頓が得意でキレイ好きなイトコのエイリアン、フィリックスを呼び寄せる。
期待通りものすごいスピードで部屋を掃除するフィリックスに、ユウナもオバアも大感激。そしてそのままの勢いでスティッチと商店街へ繰り出すと、フル回転でまわりをキレイにし始める。ところが片付けるものがなくなってしまうと、フィリックスは今度は暴走を始めた・・・。

ある朝、ユウナが目が覚めると、なんとも変な寝相で変な髪型になって寝かされていた。スティッチも耳が結ばれている。おまけに町に出ると、皆の髪型もヘンテコになっている！やがてイタズラの張本人を捕まえた二人だが、それがワラッチと知って大喜び。ワラッチが住む家は幸せになる、という言い伝えがあるのだ。島の人たちもワラッチのイタズラを有り難がっている。それを見たスティッチは「イタズラ＝イイコト」と勘違いし、島の人たちにイタズラを仕掛けてしまう。

今日はユウナのクラスの社会見学。ピーコのパパが経営するパイナップル工場に集まった。一緒に参加することになったスティッチとプリークリーは大はしゃぎ。見学が始まると、早速おいしそうなパイナップルに飛びつくスティッチ。でも下級生の前ではお兄さんにならなきゃとユウナにたしなめられ、我慢を決めるスティッチ。ところがそのパイナップルが、工場から忽然と消えてしまったのだ！ピーコはスティッチの仕業だと言うが、約束を信じるユウナはスティッチと共に工場内を捜索することに。

明日は花火大会。プリークリーやジャンバは早速浴衣に着替えて、正しい花火鑑賞の予行練習に余念が無い。エンジェルも花火を観にやってきて、スティッチは有頂天。ところがユウナは当日病気になってしまい、花火を見過ごしてしまう。やがて街には可愛らしい狐の妖怪がやってくる。彼女が操る狐火を花火と思い込んだスティッチは、なんとかこれをユウナに見せようと、好物の油揚げを手に入れてお願いしようとする。ところがそれが街を巻き込んでの大騒動に発展してしまう。

明日はクリスマス。宇宙の彼方ではハムスターヴィール博士が「サンタさん」に成り代わって、地球の子ども達を操ろうと、ガントゥとルーベンを従え地球を目指していた。一方、イザヨイ島ではスティッチたちがご馳走を作ったり靴下を吊るしたりと、クリスマスの準備に余念がない。そこに大変なニュースが入ってくる。サンタさんの招待状に呼ばれて森に行った子ども達が、ネズミ化してしまったらしい！スティッチは皆を助けられるか？そしてサンタさんは本当にイザヨイ島に来るの？