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ソドー島のウグイスを一目見ようと、大勢の人がやって来る。ヘンリーは親切なことをして感謝されたいと行動するが、すべて裏目に出て失敗ばかりしてしまう。落ち込むヘンリーだったが、バッファにとまった鳥がウグイスと知らないまま目的地まで走り、そこにいた観光客に大いに感謝される。
トーマスは新しい本を、子供達のお話の時間の為に図書館へ運ぶことになる。急ぐトーマスは、工事中の線路でもスピートを緩めず、ついに貨車が外れて本はマッコールさんの農場に散乱してしまう。そこでトーマスは子供達を農場へ連れて行き、ピクニック気分でお話の時間を子供達と共に楽しむ。
トーマスはビクターが留守の間、整備工場で彼の代わりを務めることになる。大役に興奮したトーマスは、仲間が伝えようとする問題に耳を貸さず、整備工場は大混乱に陥る。戻ったビクターを見て、自分の過ちに気付いたトーマスは、今度は仲間の要望を聞き、問題を解決して行く。
エミリーは、ナップフォード駅に飾る花をメイスウェイト駅に取りに行く途中、沈んだ様子のメイビスを見かける。彼女を元気づけようと、受け取った花を採石場に置くが、仲間の仕事の邪魔になってしまう。役に立つ仕事をすればメイビスが喜ぶと気付いたエミリーは、仲間を助け、無事花をナップフォード駅に届ける。
トビーは自分のベルの錆を落とす間、代わりに付けた大きな音が鳴る新しい汽笛が気に入らない。しかしトーマスが牛の群れにぶつかりそうになった時、さらにハット卿婦人を乗せたゴードンが倒木にぶつかる前に汽笛を鳴らし、事故を防ぐ。それでも整備工場できれいになったベルを付けたトビーは、やっぱり自分のベルが一番だと思う。
トップハム・ハット卿の母親の誕生日。パーシーは彼女へのプレゼントをナップフォード駅まで運ぶことになる。ところがメイビスに自分の特別な荷物を見てもらおうとして、プレゼントの箱を汚してしまう。パーシーが見つけた代わりの赤い木箱の中のプレゼントに、トップハム・ハット卿の母親は大いに喜ぶ。
トーマスはトロッターさんの養豚場で、もうすぐ生まれる子豚の為に、藁を運んでくるよう頼まれる。途中で子豚の為にと仲間からもらったミルクとりんごと栗で貨車は一杯になり、藁を積むことができない。藁を積んで再び戻ってきたトーマスは、なんとか子豚の誕生に間に合う。
トーマスは、ピストンが故障したパーシーに代わって郵便物を運ぶことになる。朝早く出発したトーマスは、何度も汽笛を鳴らして仲間の眠りを妨げてしまい、寝不足になった機関車達は仕事で次々と失敗を犯してしまう。パーシーから郵便は静かに運ぶよう教えてもらったトーマスは、翌朝誰も起こさず無事に仕事をやり終える。
バブルスさんのシャボン玉の液を運ぶトーマスは、不恰好な煙突を付けていた。仲間に笑われて腹の立ったトーマスは、途中でスピードを出し過ぎて大事なシャボン玉の液をこぼしてしまい、トップハム・ハット卿の車は何度もスリップしてしまう。新しい液を運ぶトーマスは、今度は慎重に走り、バブルスさんのショーに間に合う。子供達はトーマスの煙突を気に入り、トーマスは喜ぶ子供達を見て、嬉しく思う。
一晩中雪が降った次の日。ゴードンは、自分の強さを過信して、トップハム・ハット卿の指示を無視して丘のある線路を走るが深い雪に行く手を阻まれ、挙げ句薪を運ぶトーマスを脱線させてしまう。反省したゴードンは、トーマスを助け、一緒に薪を送り届ける。ゴードンは仲間に、誰かが特別ということではなく、皆が最高の機関車だと話す。
子供達が盛大な仮装パーティを開く事になった。子供達を乗せる仕事を命じられたトーマスは、僕も素敵な衣装を着てパーティに行きたいと思っていた。洗車場に着いたトーマスは石鹸の泡で大きなシャボン玉になってパーティに行こうと考えます。
新しく機関車のネビルが仲間に加わった。でも、ネビルはディーゼル車たちに笑われたことがきっかけでみんなに誤解されてしまい・・・。
あたらしい仲間のモリーは、自分の荷台がからっぽなことがとてもかなしくて・・・。
ある日、エミリーは新しい機関車と仕事をすることになりとてもワクワクしていた。ウィフはヘンテコな汽笛をならし、汚かった。エミリーは一緒に仕事をするのが嫌になり、逃げてしまった。エミリーを探すウィフは・・・。
今日はトップハム・ハット卿の誕生日。ところがトップハム・ハット卿のふりをした彼の弟のロウハム・ハット卿のいたずらで、誕生パーティーに出席する予定の客が遅れてしまう。トーマスは急いで仲間を助けに行き、皆無事会場に到着する。素晴らしいパーティーで、大声で笑うトップハム・ハット卿を見て、トーマスや仲間達は心から嬉しく思う。
ジェームスは、自分の真っ赤な体が自慢だった。ある日、塗り直しの為に整備工場へ行き、下地のピンクのペンキを塗ったところで、トップハム・ハット卿に彼の孫とその友達を迎えに行くように言われる。途中仲間に笑われて恥ずかしく思っていたが、そんなジェームスに子供達はピンクが大好きな色だと伝える。
トーマスは、ソドーとうのライオンの像を本物のライオンと勘違いしたまま、ナップフォード駅へ運ぶ。途中、仲間の運んでいたシロップや魚、藁を与えたため、駅に着いた時には像は汚れてしまっていた。仲間の知恵を借りて、トーマスはきれいになったライオンの像を市長に届けることができた。
ソドー島は夏休み。公爵夫妻のサマーハウスで、子供達のためにパーティーが開かれることになっていた。トーマスはクランキーとの力比べに夢中になり、仕事を忘れてしまう。トップハム・ハット卿に叱られたトーマスは、本当の強さとは役に立つ仕事をすることだと気づき、クランキーとも仲直りする。
ある日、トップハム・ハット卿は帽子もかぶらず慌てた様子でナップフォード駅に来た。今日は大忙しだという。今日一日の仕事の細かい指示をまだもらっていないヒロたち。だがヒロはトップハム・ハット卿の手をわずらわせたくないと思い、代わりにみんなに細かい仕事の指示を与える。自分の指示どおりに動くみんなを見て、ヒロはすっかり鉄道主気分で、この仕事は一番やりがいがあると感じる。だが途中でトップハム・ハット卿に出会ったヒロは大慌て。ヒロがみんなに与えた指示はすべて間違っていたのだ。トップハム・ハット卿に怒られ自分の過ちに気づいたヒロは、急いでみんなをトップハム・ハット卿のところへと集める。みんなはトップハム・ハット卿から正しい指示を聞いて正しい仕事を始める。トップハム・ハット卿の役に立つことが、一番自分にとってやりがいのある仕事だと気づくヒロだった。
ブレンダムの港に到着したトーマスは、ヒロからある積み荷を受け取る。それは小さな白い木箱。中にミツバチの巣があり、ミツバチたちがはちみつを作っていると聞いたトーマスはワクワクする。興奮するトーマスにヒロは厳しい顔で「ゆっくりと優しく、森の中の線路を走り慎重に運びなさい」と忠告する。
だがトーマスは花がたくさん咲いてきれいな道を選ぶ。するとトーマスが運んでいたミツバチが巣箱を飛び出し野原を飛び回り始める。トーマスが何とか巣箱に戻そうとするが言うことを聞かないミツバチたち。トーマスは花を持ってくればミツバチが戻ってくると思い、マッコールさんの農場へ花を取りに向かう。ヒロが運ぶはずのその花の貨車を引いて戻ったトーマスだが、ミツバチは巣箱に入るどころか、今度はトーマスの煙突の中に入ったり車輪の周りを飛び回りだす。我慢できずとうとう貨車をはずしてミツバチから解放されほっとするトーマス。だが途中でヒロに会い、ヒロが運ぶはずの花が消えて困っていることを知る。トーマスはヒロに謝ると急いで戻り、花の貨車と巣箱の貨車を引きミツバチを誘導する。今度はヒロの言う通り森を抜ける線路を選ぶと、ミツバチたちはおとなしく巣箱に戻る。トーマスは無事に巣箱と花を運び終える。忙しい一日となったが、おいしい蜂蜜が取れるのが楽しみなトーマスだった。
ヒロがソドー島に戻ってきた。観光客で忙しくなる夏の間、みんなの手伝いをしてくれるのだ。トーマスは大喜びでヒロを迎えた。トップハム・ハット卿はナップフォード駅で歓迎パーティーを開くことにした。トーマスはヒロに何か最高のプレゼントをあげようと考え、島中を探しまわる。だがプレゼント探しに夢中になり、途中で会うみんなにパーティーのことを話すのを忘れてしまう。なかなかステキなプレゼントを探せずに時間だけが過ぎ、とうとうヒロがナップフォード駅に到着する時間がきてしまう。急いで駅に向かったトーマスだが、みんなにパーティーのことを伝えるのをすっかり忘れていたことに気づく。あわててみんなに知らせに走るトーマス。ようやく全員に伝え終わり、またプレゼント探しをするが、結局なにも見つけられない。ヒロのもとへ行きそのことを告げるトーマス。するとヒロは「みんなが友達でいてくれることが最高のプレゼント」とトーマスに告げる。
高山鉄道の仲間の一人が戻ってきた。彼は「怖いものなしのフレディー」。競争好きなレニアスとスカーロイがやってきて、誰が山で一番速い機関車かフレディーと競うことになった。
あたらしくやってきたマイティとマックは、二人合わせて「マイティマック」。観光客をはこぶことになるのですが・・・。
仲の良い友達のアリスに誕生日プレゼントを届けたいと思ったトーマス。嵐の中でも行くことを決めたトーマスを心配したロージーは、こっそりついて行ってしまう。
重いパイプを運ぶ仕事を任された機関車達。港に集まると新しいクレーンのロッキーも到着。ロッキーの手助けを断りパイプを運ぼうとしたエドワードは、あたり一面にパイプを落としてしまう。
子供達を空港からピクニック場へ運ぶ仕事を任されたトーマス。新しい空港でジェット機のジェレミーに出会う。ジェレミーに空を飛べるのはこんなに素敵なんだと、自慢をされたトーマスは面白くない。ところが・・・。