つむぎの高校にひとりの転校生がやってきた。彼の名は、青葉陸。不安を感じていた陸であったが、新たなクラスメイトたちに暖かく迎えられる。そこで彼は学園一の美少女である天宮小百合と出会い、胸の高鳴りを覚える。怪しげな教師たちに面食らいながらも、新たな友人を得て、学園生活をスタートさせる陸。だが、その裏では生徒会長・桜井晴による手荒い『転校生歓迎行事』の準備が着々と整えられていたのだった……。

桜井企画の『転校生歓迎行事』を何とか切り抜けた陸だったが、そこで見せた彼の脚力は、いつしか学校中の話題となっていた。転校してきたばかりで、どの部活にも属していない陸を狙い、動き出す体育会の面々。陸の前に立ちふさがる体育会の猛者たち。一癖も二癖もありそうな面々を前に、陸は部活入りを賭けた勝負に挑むのだが……。

陸を『運命の人』と勝手に決めるけるつかさ。陸はつかさファンから嫌がらせを受ける羽目に。そんなある日つかさは手作り弁当にチャレンジ。が、結果は散々……。奮起し、家庭科部・針縫先生の指導を受け料理に打ち込むつかさ。今度こそ陸においしいお弁当を作ることはできるのだろうか……。

水奈からハンカチを借りた陸は中々返せずにいた。決意を新たに水奈のいる屋内プールに向かおうとしたとき、運悪くイッチー＆ユースケに捕まってしまう。「スポーツ少女の素晴らしさ」というユースケの暴走に振り回される陸。果たして陸は無事、水奈のもとにたどり着くことは出来るのか……。

今日は体育祭。意気込む陸とクラス一同であったが、序盤からドタバタが続き、クラス内で最下位。しかし陸が特別競技で大活躍を見せたのを皮切りに陸のクラスは快進撃を続ける。一躍英雄となった陸。午後からの“二人三脚借り物競争”にあやめと出場することになったのだが、つかさの差し入れ弁当を食べたあやめが負傷してしまう……。

暴力事件を起こしてしまった犬飼。しかし遥たち教師陣にまったく理由を語ろうとしない。学校での犬飼の評判はどれも悪いものばかり。だが、陸には犬飼がそれほど悪い人には見えない。そんなある日、陸は美術部員の愛川桃と出会う。桃は犬飼のことを少なからず知っているようなのだが……。

期末テストも終わり、夏休み目前！だが、桜井の陰謀で、陸は小百合と共に文化祭実行委員にされてしまう。しかも演劇部の黒十影先生に目を付けられ、芝居のオーディションに駆り出される始末。その為つかさとのデートはドタキャン。つかさと連絡が取れないまま陸はオーディションに向かうのであった……。

夏休み突入し学校はいつもと違って閑散とした雰囲気。しかし、文化祭の準備と水奈の練習に付き合って連日学校に通う陸。この前のデートの埋め合わせをつかさに提案するも部活が忙しいという理由で断られてしまう。内心つかさも穏やかではなく部活でもミスを連発しついには倒れてしまう……。

つかさは陸を海へと誘う。「今日は陸君と二人きり……」そんなことを思い描いていたつかさであったが、いざ海に来て見るとそこには見知った顔ぶれが勢ぞろい…。あの手この手で陸と二人きりになろうとするが空回りばかり。つかさは陸と二人きりになることはできるのだろうか……。

相変わらず文化祭の準備に精を出す陸。そこへイッチー達からメールが……。「お金がない」ことを理由にイッチー達と無理やりバイトに付き合わされる陸。しかし、購買部のおねえさんが紹介するバイトはどれも危険なものばかり、結局残ったのは陸のみ。最後におねえさんからペットショップのバイトを紹介された陸。そこで陸は人見知りをする犬“エル”がどうしても気になってしまう……。

インターハイで自己ベストを叩き出す水奈。この出来事がきっかけで水奈のファンクラブが結成され注目の的となる水奈。しかし本人はそんな周囲の状況に困惑気味……陸もそんな状況の水奈になかなか会えずにいた。陸に会いたいと願う水奈。早速携帯を取り出すが、なんと番号とアドレスを聞いていなかった！翌日、水奈は陸に携帯のアドレスと番号を聞こうと試みるのだが……

文化祭の準備に大忙しの陸たち。そんなある日学校の掲示板に『学内の夜間立ち入り禁止』の張り紙が。訳を聞こうとするが明瞭な回答が得られない。そんな時、陸はつかさから教会に幽霊が出るとのうわさを聞く。半信半疑な陸の目の前に全身がすすけている女性が現れ「幽霊や妖怪は存在します」と力説する。その一方で小百合の危機と聞いてイッチー、ユースケ達が教会の幽霊退治に立ち上がるのだが……

文化祭が近づいているにも関わらず出し物が決まっていない陸のクラス。男子が掲げる『メイド喫茶』に女子が真っ向から反対しいがみあいの状況が続き、意見がまとまらないことに陸と小百合は頭を悩ませていた。そんなある日、陸は黒十影から呼び出される。「文化祭の芝居のヒロインに小百合を使いたい」断ろうとする陸であったが納得をしない黒十影、陸はやむなく小百合の元へ向かうのであったが……