怪獣無法惑星ボリスを脱出した宇宙船「スペースペンドラゴン」はようやくたどりついた宇宙基地にてその傷をいやしていた。
そこに侵入する謎の戦士！基地を爆破し、レイに襲い掛かる！
激戦のなかで絆を深め合ってきたペンドラゴンの仲間たちは大爆発の炎につつまれる宇宙基地から脱出できるのか・・・？

大怪獣バトルが繰り広げられる謎の惑星・・・
レイは、自分以外の怪獣使い「レイオニクス」の存在を感じていた。
そこに空を切り裂き襲来する「彗星怪獣ドラコ」！
この惑星「ハマー」こそ、宇宙の覇権を争うレイオニクスたちが集められた
「レイオニクスバトル」の戦場だったのだ！

惑星ハマー脱出のため、懸命に宇宙船の修理に取り組むヒュウガとレイ。
そこにナックル星人が繰り出してきた怪獣はなんと「宇宙恐竜ゼットン」！
レイはゴモラで立ち向かうが・・・

スペースペンドラゴンはようやく惑星ハマーにたどりつくが、強力な電磁場の影響でヒュウガたちの居場所を特定できずにいた。
一方、姿を消したレイを探すヒュウガの前にあらわれたものは・・・

ようやく合流できたスペースペンドラゴンの仲間たちは、惑星ハマーからの脱出をはかるが・・・
彼らの前に青空を割って「一角超獣バキシム」があらわれた！

ダイル率いるペダン星のレイオニクス討伐部隊がペンドラゴンを強襲！
レイはペンドラゴンをまもるために、単身リトラを駆ってダイルの円盤をひきつける。
ついにレイとダイルの１対１の勝負が・・・！
そこに乱入してくる新たなレイオニクス「キール星人・グランデ」！
彼が異形のバトルナイザーからモンスロードした怪獣は「暴君怪獣タイラント」だ！

暴君怪獣タイラントの猛攻についに消滅してしまうエレキング！
「真のレイオニクスバトル」に敗れたレイの命は燃え尽きてしまうのか・・・？
悲しみにくれるスペースペンドラゴンにペダン星の円盤編隊が襲いかかる！
絶体絶命のそのとき、バトルナイザーが新たなる奇跡を呼び起こす！

凶悪宇宙人ザラブ星人に囚われてしまうハルナ！
ザラブ星人はハルナに変身してペンドラゴンに潜入する。
ヤツの狙いはレイオニクスの暗殺！
ＺＡＰクルーに最大の危機がせまる！

レイオニクスバトルに敗れたメフィラス星人・・・
だが、彼の前に暗黒のオーラを放つ巨大な剣があらわれた！
闇の力をまとったアーマードメフィラスの出現だ。
一方、レイの持つアイテム「アイスラッガー」が放つ光がひときわ強くなる・・・
光と闇との決戦のときがせまる！

ウルトラセブンから授かったカプセル怪獣ミクラスの初陣！
その実力とは・・・？
一方、ペダン星人のレイオニクスハンター部隊は、司令官ハーランの指揮のもと、キングジョーブラックを投入し、レイオニクス抹殺の最終フェイズに入ろうとしていた！

レイの実力を信じ、ハーラン司令にひきあわせることで、戦いを終結させようとするダイル。
ダイルの言葉を信じ、会見へと赴くレイ。
だが、その裏ではペダン星人の新たな策謀がうごめいていた・・・！
ペダンの巨大母船には、キングジョーブラックの大軍団が待機していたのだ！

惑星ハマーの極点から強大なエネルギー反応が広がっていく・・・
いよいよレイブラッド星人がその姿を現そうとしていた！
最後の決戦へと飛び立つペンドラゴン！
だがレイの眼前に最強のライバル、グランデが立ちふさがる！
レイオニクスバトルのファイナルマッチだ！

惑星ハマーの地核へと突入するレイ！
そこにはレイブラッド星人が創りだした暗黒大地が広がっていた・・・
ついにレイブラッド星人と対面したレイは宿命のラストバトルへ！
強大な暗黒の力の前に、レイとペンドラゴンの仲間たちは打ち勝つことができるのか？