相当な麺通ゆえに“麺食い記者”と呼ばれている大和新聞の記者・宮沢賢一郎（髙島政宏）は、「自家製麺比率」日本一と言われている町、山形県酒田の支局に赴任した。庄内海岸で男性の殺害遺体が発見されたとの一報を受け、宮沢は取材に向かう。
遺体の首にはワイヤー状の物で絞められた跡があり、身元のわかるものはすべて持ち去られていた。宮沢は被害者の締めていたネクタイの柄から製造元を割り出し、その顧客であった美園協立銀行の融資担当部長・前田（河西健司）が被害者であることを突き止める。さらに、遺体の写真を見た宮沢は、首にクラゲが付着していたことにひっかかりを覚える。前田は警視庁捜査二課が追っていた株の不正取引疑惑のカギを握る人物であったことから、管理官の田名部（渡辺いっけい）が東京から捜査に加わる。田名部とは旧知の仲であった宮沢は、ラーメン好きの田名部の立ち回り先を見越して、酒田一有名なラーメン店で田名部を待ち伏せ、接触を図る。
その後、上司から事件現場近くの老人ホーム「サンセットコースト」の広告記事執筆を命ぜられた宮沢は、社長の阿波野（冨家規政）、専務の有田（徳井優）との面会を終えた後、遺体の第一発見者である職員の井上（大地康雄）を見つけ、声をかける。実は井上は、30年前に酒田で起きた商店街火災で放火の疑いをかけられた男であり、その捜査を担当したのは今回の絞殺事件の捜査責任者である酒田警察署警部・境三郎（本田博太郎）だった。当時ラーメン店に勤めていた井上はその後東京に移り住んだが、１年前に酒田に戻ってきており、それ以来、酒田で連続放火事件が起き始め、現場の一つでは防犯カメラに井上の姿が映っていたことから、警察は井上の動きをマークしていた。
やがて、遺体の凶器が遺体発見時に井上が使用していた釣糸と同一だったことが判明し、境は井上の取調べに乗り出す。実は、井上は以前東京の家具店でクレーム処理を担当していたが、前田の強硬なクレームが原因でそこを解雇されていた。しかし、遺体発見時に井上は前田の身元を「知らない」と答えていたことから、境は井上への疑念を強める。
宮沢は、遺体に付着していたクラゲが庄内海岸にはいない「ギンカクラゲ」という種であり、先日佐渡島にその死骸が大量に打ち寄せられていたことから、遺体は佐渡で殺害され庄内海岸に遺棄されたものであると考える。同じ頃にサンセットコーストは佐渡で入居者を募るツアーを行っており、サンセットコーストが田名部の追っていた株の不正取引に関与している疑いも発覚したことから、宮沢と田名部は佐渡に向かい、前田が死亡推定時刻の１時間ほど前に社長の阿波野と一緒に島内にいた事実を突き止める。同時刻に庄内海岸にいた井上の疑惑は晴れるが、阿波野も死亡推定時刻にはすでにフェリーに乗船しており、また、専務の有田もその頃酒田にいたことから、容疑者の特定は行き詰まっていまう。
一方、井上の過去を追う宮沢は、サンセットコーストでヘルパーをしている河本沙織（中村映里子）と、その母で入所者である河本涼香（萩尾みどり）が井上の過去に関わりを持っていることを知るが…。
殺人事件、１年前から酒田で多発し始めた放火事件、そして、30年前の商店街火災の真相は…？
