警官が巡回中の隙に、横浜のみなと中央交番に「迷い骨」と書かれた木箱が届けられ、中から頭蓋骨が発見された。頭蓋骨は男性のもので、死後一年ほど経過しており、下あごが無い状態で木箱に入れられていた。死因は特定できないものの、後頭部に陥没があったため、他殺の可能性もあるという。その頭蓋骨を、わざわざ「迷い骨」として届け出た意図は何なのか…？神奈川県警捜査一課の刑事・吉永誠一（船越英一郎）たちは、早速身元の特定に乗り出す。
やがて、浜口慶子（田中美里）という女性から、自分の夫ではないかとの情報が寄せられた。吉永が相棒の小沢慎一（林泰文）とともに早速事情を聞きに向かうと、慶子と内川道夫（内田朝陽）という男性が吉永たちを出迎える。慶子の夫・善教（長谷川朝晴）の実家は、町工場を経営しており、慶子と道夫は善教と一緒に働いていたのだという。しかし、ちょうど一年ほど前、善教は借金をしていた消費者金融業者のもとに交渉に向かうと道夫に言って出て行ったきり、失踪してしまっていた。吉永は慶子から善教の通っていた歯科の診察券を預かり、歯の治療痕を頭蓋骨のものと照合したところ、頭蓋骨は善教のものであることが判明する。
町工場は、善教の父・浜口剛（江良潤）が興しており、善教が副社長を務め、道夫の母・内川春子（今野ひろみ）が経理を担当、慶子も結婚後事務見習いとして入社し、社員は少人数ながらも和気あいあいと働いていた。しかし、一年半前に大口取引先が倒産すると、町工場も連鎖倒産に追い込まれ、父・剛が自殺。死亡保険金は従業員の退職金にあてられ、工場とその土地は銀行の抵当にとられた挙句、慶子は未だに義父が運転資金のために借りていた金の取立てに苦しんでいた。
その後の捜査の結果、風間ファイナンスの社長・風間勇一（相島一之）が善教の町工場に多額の融資をしていたことが浮かび上がる。しかも、慶子の話によると、善教の死亡保険金として5000万円が掛けられており、善教の失踪後に「自分に万が一のことがあった場合、借金のかたとして生命保険金を風間ファイナンスに受け取って欲しい」と記された善教の念書を風間から見せられたというのだ！
さらに、善教の町工場のあった場所が、現在進められている大規模開発の対象地域だったことが判明する。町工場が最後まで立ち退きに応じなかったために開発は延期になっていたが、その開発に絡んでいた不動産会社「風間土地開発」の社長が風間だった…！
善教は土地と保険金狙いで風間に殺害されたものの、遺体が発見されず保険金が下りないために、今になって風間が頭蓋骨を届け出たのではないか…？。吉永たちがそう睨んだ矢先、その風間が水死体で発見され…。
