東京駅を巡回していた鉄道警察隊東京駅分駐所の巡査部長・清村公三郎（小林稔侍）は、地下駐車場から車のセキュリティーアラームと銃声がしたのを聞きつけ、急行した。駆けつけてみると、トランクの開いた車のそばに２人の男がいた。１人は既に絶命していたが、もう１人は足から血を流し、手には拳銃を握っていた。その男は清村に、自分は刑事だと名乗った。
その後、死亡したのは神奈川県在住の安西浩一（関輝雄）で、発砲した刑事は本庁機動捜査隊所属の井手敏雄（高杉亘）だということが判明した。井手の話によると、東京駅の駐車場に車上荒らしが出るとの密告があり、現場で警戒していたところ、車上荒らしをしていた安西と遭遇。捕まえようとしたところ襲い掛かられ、警告を与える間もなく射殺してしまったという。
翌日、丸の内署で行われた捜査会議に呼ばれた清村は、安西の遺留品の中に湘南ライナーの乗車券があることに気づく。安西は、半年前に勤務先の不動産会社が倒産した後、家庭不和で離婚しており、最近は娘の養育費の支払いも滞っていたという。そんな安西がわざわざ余分なお金を払って、家に帰るのに通勤ライナーを使うのか…？しかも、清村たち鉄道警察のもとには車上荒らしが出るとの情報は入ってきておらず、清村と同僚の山崎萌（小林千晴）は何か釈然としないものを覚える。しかし、事件は結局真相不明のまま、井手が辞職する形で幕を降ろした。
それから３ヵ月後。久しぶりに長い夏休みをとった清村は、妻の市子（丘みつ子）、娘のあずさ（内田もも香）と共に九州旅行へと出掛けた。そこで清村は、偶然にも井手と再会し、さらに井手の後を追う怪しい女性の姿を目撃する。そしてその翌日、井手は何者かによって刺殺されてしまう。息を引き取る間際の井手を発見した清村は、そのまま事件の重要参考人として大分地検の検事・鮫島紗江子（国生さゆり）が立ち会う中、所轄の九重署で刑事の大橋（徳井優）たちから事情聴取を受けることになる。しかし、１度ならず２度も井手が関わる事件の現場に居合わせた清村は、井手との間に因縁浅からぬものを感じ、真相を解明しようと決意。翌日から、九重署の刑事・村内（賀集利樹）に見張られる中、独自に井手の足取りを調べ始める。
