奥多摩山中で約2年前に遺棄された人骨の一部が発見され、翌日、警視庁で捜査一課長・岩瀬泰司(西村雅彦)を中心に捜査会議が開かれる。大量の行方不明者リストを前に捜査員が頭を抱えている中、「身元なら特定できた」という声が。声の主は藤江康央(伊原剛志)。情報を武器とし、ありとあらゆる方法で犯罪者を追い詰めていく“現代捜査の最後の砦”犯罪科学分析室。室長である藤江は、長期研修から戻ってきたばかりの東大法学部出キャリアだ。藤江曰く、骨はレーザーで焼き切られたもので、2012年に中国やマカオで発見された死体と酷似しているという。その時使用されたレーザーメスが、日本のある食肉倉庫に納品されていたことを掴んだ藤江、倉田剛士(手塚とおる)、大石浩平(皆川猿時)、天城久美子(佐藤めぐみ)ら捜査員は、倉庫内から血液反応を検出。その他にも証拠を見つけ出し、骨は危険な取材をしていたフリー記者・加藤正一郎(北嶋テツヤ)のものだと判明する。一日で被害者を突き止めたことに、岩瀬は悔しさを隠せない。その後、残された遺留品からリュウ・カイエイ(佐伯新)の指紋も見つかり、殺人容疑で逮捕されることに。
加藤が出入りしていた文久出版に向かった藤江と倉田は、編集長(西沢仁太)から、母親の面倒を見るため、この仕事から手を引くと言っていたことを聞く。また加藤をよく知る記者・西方彰(笠原秀幸)は、加藤はトラブルだらけでフォローが大変だったと振り返る。
そんな中、内閣官房副長官補・前田哲也(宍戸開)の甥御・重田悠斗(須田瑛斗)が誘拐されたとの一報が入る。重田邸に駆けつけた藤江は、前田から事件の指揮をとって欲しいと頼まれる。官房長・曽根慶三(長谷川初範)から活躍ぶりを聞いたのだという。悠斗の父親・孝蔵(佐藤一平)のもとには「リュウ・カイエイを釈放しろ」という脅迫状が届いていた。その時、犯人から孝蔵の携帯に連絡が入る。しかも警察の存在を悟られており、犯人は「余計な手出しをすれば子供を殺す」と忠告。持病を持つ悠斗の身を案じるが、犯人が告げたリュウの釈放期限は、無情にも“明日夜7時”だった。
その頃、大石が脅迫状にある手がかりを発見する。さらに誘拐3日前に、悠斗が父親の会社の事務員と名乗る女性に声をかけられ、公園で過ごしていたことが判明。誘拐犯はリュウの再逮捕前から誘拐の準備を進めていたのだ。そこで藤江らは警察内部に内通者がいると睨むが、刻々とタイムリミットが迫り…。
