水車小屋でピーターとジュリア―ノが、タマゴプターの操縦をめぐってケンカをしていて本棚に衝突。本が大量に床に落ちてピーターのオヤツ入りのカバンが下敷きになってしまった。ドヴィンチお爺さんの発明品「おりこう掃除機」で本を片付けていたが、おやつを食べたいピーターが早く終わらせようとレバーを動かし、壊してしまった。すると掃除機は暴走を始め、トロッコに乗ってカリメロの家へ。

カリメロは、プリシラの留守中、彼女が大事にしている珍しい植物を預かることになった。ところが早く映画を見に行きたいピーターとジュリアーノが勝手に水をやり、自動水やり機にセットしてしまった。映画館から戻ると鉢が水に沈んでいた。あわてて陽に当てると、今度は干からびてしまった。困ったカリメロはダヴィンチお爺さんの「のびのびグリーンスティック」を1本挿してみた。しかし夜中にピーターがスティックを全部挿してしまった。

カリメロたちはアップルパイ用のリンゴを取るのに苦労していた。そこでジュリアーノがドヴィンチの発明品「足長タマゴ」にカカシをつけたものを開発したが、たまたま写真撮影に来ていたキノスがこれを目撃したため、謎の生き物としてニュースになってしまった。ジョバンニが生き物の正体を突き止めようと水車小屋に来て足跡を調べ始め、ドヴィンチお爺さんのひみつが危機に。

カリメロたちは昔ドヴィンチお爺さんが撮った映画のフィルムを発見する。映し出してみると、水車小屋の中に布をかぶった発明品らしきものが・・・。ところが布がはずされそうになったところでフィルムが切れてしまった。ジュリアーノはキノスさんの映画館でこっそりフィルムを直すことに成功したが、間違えて別のフィルムを持って帰ってしまう。

カリメロたちが大好きなライラのアイスクリーム店の売り上げが落ち込んで閉店の危機に。売り上げが落ちた原因はピーターのパパが経営する大型スーパーマーケットが、一個買うと一個オマケするというキャンペーンを始めたことだった。ライラの小さなお店ではスーパーのような派手なキャンペーンは出来ない。カリメロたちはライラの店を救おうと、自分たちでオマケのアイスクリームを作ってあげることを思いついた。

ピーターには赤ん坊の頃から大切にしているテディベアがある。でも友だちには恥ずかしくてそんなことは言えない。おもちゃ箱の中に隠していたのだが、ママがそれをゴミの回収に出してしまった。ピーターは「ママへの誕生日プレゼントが間違って持ってかれてしまった」と嘘をついて、カリメロたちとゴミ回収車を追いかけるのだが、テディベアはちょっとしたハプニングで、いじわるウサギたちの手に渡ってしまった。

カリメロは水車小屋で珍しい赤いチョウチョをみつけた。ママによると、そのチョウチョは渡り鳥のように旅をするチョウチョで、旅に出る前の日にハッチントンに集まって、すぐに別の場所へと飛んで行ってしまうそうだ。カリメロは学校新聞の特ダネを探すプリシラに赤いチョウチョを見せようとするのだが、なぜかプリシラが近づくと逃げて行ってしまう。

ピーターのパパ　アンブロジオさんのスーパーマーケットが明日、開店5周年記念日をむかえるという。記念セールの準備で大忙しのパパを手伝おうと、ピーターはコンピューターで3キロ分のニンジンの仕入れを注文した。ところが翌朝、お店には3トンもの大量のニンジンが届いてしまった。それはピーターが間違って注文したからで、そのことがバレないように、カリメロたちはいろいろな作戦に出るのだが…。

カリメロたちの遊び場にある大きな桜の木が、市長の銅像を建てるために伐られてしまうことになった。それをどうにか止めたい思いのカリメロは木の穴から、子供の頃のドヴィンチお爺さんと知らない女の子の写真が入ったペンダントを見つけた。そこに添えられたメッセージによると、二人と桜の木をつなげる秘密があるようだ。カリメロたちは写真の女の子の正体を探しに水車小屋へと向かう。

いじわるウサギ3人組の一人ホップがお気に入りのマンガを買おうとお店に行くと、最後の一冊がカリメロに買われてしまっていた。どうしてもあきらめられないホップは、カリメロに近づいてマンガを奪い取る計画を立てる。スキップとジャンプから仲間はずれにされたふりをしてカリメロたちと仲良くなろうとするホップだが何かあやしいと気付かれてしまう。