激闘が続くサトシ対アランのカロスリーグ決勝戦！互いに一歩もゆずらないバトルは会場全体を巻き込んでさらに白熱していく。そして、いよいよ決着のとき、激闘の果てに、カロスリーグ優勝の栄冠を手にするのは、サトシかそれともアランか？そして大盛り上がりの決勝の裏で、フレア団が遂に・・・！？

いよいよ迎えたカロスリーグ決勝戦、サトシの前に立ちはだかるのは、今まで一度も勝ったことのない相手、アラン。しかもアランはここまでリザードンとメタグロスの2体しかメンバーを明かしていない！全力でぶつかるサトシとアラン。一進一退の攻防が続くなか、アランが3体目に繰り出したのは！？

カロスリーグで大盛り上がりのミアレシティ。そんな中トラブルが発生！シトロンのハリマロンが迷子になってしまった！！途方に暮れるハリマロンの前に現れたのは・・・？カロスリーグ決勝を前に、それぞれの想いが交錯し、新たな出会いが次のドラマを生み出していく・・・。

一進一退の攻防が続くショータとの準決勝、これまで何度も戦ってきた相手だからこその互いを知り尽くした高度なバトルが展開される。バトルを通じ、サトシとショータは互いに切磋琢磨してきた日々の事を思い出していた。いよいよ迎えたラストバトル、それぞれの全てがぶつかり合う！サトシ対ショータ、決着！

カロスリーグもいよいよ佳境。準決勝からは6対6のフルバトル！サトシの前にたちはだかるのはショータ！前回の対戦でショータに負けているサトシだったが、その頃より強くなったと気負いはない。一方ショータも憧れの存在であるサトシと最高の舞台で戦える喜びを感じていた。二人のバトルは最初からフルスロットル！！

熱戦が続くカロスリーグ、準決勝進出をかけてショータとティエルノが激突！ダンスでポケモンと呼吸を合わせながら戦うリズム戦法を得意とするティエルノに対し、ショータも独自の分析を駆使して立ち向かう。互いに一歩もゆずらず、バトルは白熱、遂には最後の1体にまでもつれ込む、そこでサトシ達が目にしたものとは！？

いよいよ迎えたカロスリーグ開幕！リーグに出場するのは、バッジを8個集めた猛者たちばかり。その中にはショータやティエルノ、トロバといったこれまでに出会ったトレーナー達のすがたもあった。サトシのテンションもいよいよマックス！すると突然、サトシへバトルを挑んできたトレーナーが！

サトシたちは旅の途中で、機巧フェスティバルに立ち寄ることに。それはカロス中から集まった機巧名人達の仕掛けが体験できるイベントだという。中に入るとさっそく仕掛けが発動、なんとピカチュウたちとはぐれてしまった！ワクワクドキドキの仕掛けが一杯の大冒険、果たしてサトシは無事ピカチュウと合流できるのか！？

ミアレシティへ向かう途中、ヌメルゴンの住む湿地帯へと立ち寄ることにしたサトシ達。再会をよろこぶサトシ達だったが、そこへ突然事件が！なんと一匹のメレシーが湿地帯で暴れているらしい。さっそくサトシ達はヌメルゴンや湿地帯のポケモン達と一緒にメレシーを止めようとするのだが、そこへロケット団が現れて・・・

森でのポケモン達との交流を経て、また一つ成長したサトシ。迷いの無くなったサトシはふたたびバトルに挑む！全身全霊、今まで培った知識、経験、そしてポケモンたちとの思いで全てを振り絞ってぶつかっていくサトシ。そんなサトシの前に現れたのは、最大の強敵、メガユキノオーだった、果たしてバトルの行方は・・・！？