旅の途中に立ち寄った町で、世界の宝石展が開催中だと知ったサトシ達。早速見に行こうとすると、突如警報が！何と宝石展に怪盗ナックルと名乗る泥棒が現れたのだ！しかしナックルは宝石ケースの鍵を開けただけで退散。ナックルの目的が分らず不思議がるサトシ達、すると突如としてユリーカに襲い掛かる謎の影！？

旅の途中、伝説のポケモン、サンダーにちなんだ祭りが開催されるという町に立ち寄ることにしたサトシ達。ところがその途中、大きな雷が！慌てて近くの洞窟に避難した一行は、そこで怪我をした救急隊員と出会う。怪我をした彼のかわりに薬を待つ子供達の下へ向かうことになったサトシ。ところが洞窟を抜けると怒れるサンダーの姿が！？

セレナ、最後のプリンセスキーゲットの為、ルーキークラスが開かれるフレイシティへやって来たサトシ達。ところがこの大会には、地元の名家出身の有力パフォーマー、アメリアも出場するという。強力なライバルの出現に不安そうなセレナ。そして会場には、元カロスクィーンの名プロデューサー、ヤシオが現れて･･･？

旅の途中、荒野で植物を育てようと動き続けるロボットを見つけたサトシ達。調べてみると、この地はかつて緑溢れる土地だったのだが、ある時を境に水源が枯れはて、緑が育たなくなってしまったという。ロボットを助けようとシトロンの発明やポケモン達の能力を使って荒野に緑を取り戻そうと頑張るのだが･･･？

サトシ達をつけねらうロケット団、ひょんなことから彼らはカロス地方で暗躍するフレア団と対立することになる。ロケット団はフレア団の調査を進める過程でプニちゃんそっくりの謎の生き物と出会う。早速つかまえてボスのサカキのもとへと送ろうと画策するが、そこへフレア団が襲い掛かってきた。その時現れた意外な人物とは！？

旅の途中、ショータと再会したサトシ達、早々にショータとバトルする事に。ショータとのバトルの最中、またしてもサトシのゲッコウガの姿に変化が！この現象は一体なんなのか、何が原因で起こるのか？あくる日の早朝、ポケモンセンターで休むサトシ達をロケット団が襲撃！ピンチのピカチュウを救ったのはなんと･･･！？

3つ目のプリンセス・キーゲットに向け、練習を重ねるセレナ。そこへ、ポケモンパフォーマーを対象としたダンスパーティの招待状が届く。パフォーマー、ポケモン共に男女ペアでの参加ということで、セレナはイーブイ、シトロン、ホルビーと参加することに。するとミルフィが現れてサトシとペアを組むことになって！？

サトシ達はとある森の近くで休憩中、そこへオンバットの悲鳴が！？空を飛んでいたオンバットが野生のキノガッサとぶつかってしまい、怒らせてしまったようだ。キノガッサからどくを受けてしまったオンバット、そんなオンバットを救ったのは通りすがりのフラエッテだった、ところが何故かその事が更にキノガッサを怒らせたようで？

フレア団の襲撃を何とか退けたサトシ達。ユリーカはバトルのどさくさで行方不明になった“あのこ”の事が心配でしかたが無いようだ･･･。みんなでついの洞窟近くを探していると、誤ってドクロッグを怒らせてしまい、ホルビーがケガを負ってしまった！更に自分を責めたユリーカが取った行動とは！？

エイセツシティへ向かう途中、ついの洞窟へ立ち寄ることになったサトシ達。洞窟へ入るとプニちゃんがどこかへ行ってしまった！あわててプニちゃんを追いかける一行。洞窟の奥でプニちゃんを発見するも、何とプニちゃんが消えてしまった！？そこへ突然、フレア団が現れプニちゃんが消えた周辺を攻撃しだした！