一人、夜の森へと姿を消したサトシ。ところが結局、朝になってもサトシは帰らず心配するセレナ達。すると突然大きな嵐がやってきた！心配したセレナ達は皆でサトシを探すことにした。一方、森で迷子になったサトシの前に、同じように姿を消したあのポケモンが現れた・・・森の中でサトシが見つけた答えとは！？

いよいよエイセツシティへ到着したサトシ達。サトシはカロスリーグ出場をかけて最後のジム戦へと挑む。相手はこおりタイプのジムリーダー、ウルップ！強力なパワーと高いテクニックを駆使した老獪なバトルを展開するウルップの前にサトシは大苦戦！勝利の鍵を握るのは・・・あのポケモン！！

最後のジムバッジゲットの為、エイセツシティを目指すサトシ達は途中のポケモンセンターで、ショータと再会した。サトシに憧れるショータは、サトシに追いつきたい一心で努力し、既にバッジを集めたという。サトシはショータがどれだけ強くなったか確かめる為に３対３のバトルをすることになったのだが・・・？

最後のバッジをゲットする為、エイセツシティへ向けて旅を続けるサトシ達。そんな一行の前に一機のヘリが！なんとカロス地方のチャンピオン・カルネがたずねてきたのだった！！近い将来カロスに危機が訪れるという予言を聞いたカルネは、事件の鍵を握ると言われているサトシ達に会いにきたという。

空からポケモンが降ってきた！？サトシ達一行の前に、空から白いボクレーが落っこちてきた。どうやらこのボクレーは迷子のよう。ボクレーを仲間のもとへ届けようとしたサトシ達だったが、このボクレー住処から外へ出ことが無いらしく、見るもの出会うポケモン全てが珍しく大騒ぎ！無事仲間と合流できたと思ったのだが･･･？

サトシとゲッコウガに起こる不思議な現象を解明するため、ポケモンセンターでバトルをしながらシトロンのメカで分析を行うことに･･･そこへ再び、アランがやって来た！強敵との再会に胸躍るサトシは早速アランにバトルを申し込む！ゲッコウガとリザードンの白熱したバトルが続くなか、サトシの身に異変が起こる！？

サトシが風邪を引いてしまったらしい。セレナが看病をし、シトロンとユリーカが薬を買いに行くことに･･･するとセレナの下に、一人のトレーナーが。何でも彼はピカチュウが大好きらしく、最強のピカチュウトレーナーを目指して旅をしているらしい。病床のサトシに負担をかけない為、セレナがとった行動とは！？

旅の途中、ミミロルをパートナーにした女の子とであったサトシ達。ユリーカがシルブプレすると、満更でもない様子！？なんでも彼女は世界的に有名なロボット会社社長の一人娘で、将来のパートナーを探しているという！シトロンが作るメカに興味津々で、何だかとっても良い感じ･･･でもユリーカはそれが面白くないようで･･･

激闘を潜り抜け、遂にトライポカロンマスタークラス準決勝進出を勝ち取ったセレナ、対するのはムサヴィ、そしてセレナの親友サナ。三人三様、それぞれが精一杯のパフォーマンスを繰り出し、一進一退、少しのミスも許されない緊迫したステージが展開される。しかし、パフォーマンスの最後、着地をしようとしたセレナの身に･･･！？

遂に迎えたセレナのマスタークラス当日！サナ、ミルフィ、ネネ、ムサヴィ等、これまで共に競い合ってきたライバル達も大集合！決勝でまつセレナの憧れの人、カロスクィーン・エルに挑戦できるのは勝ち残った一人だけ、セレナはこれまでの旅で培った技術、想い、その全てを胸に、いよいよ憧れの舞台の扉を開く･･･！！