旅を続けるサトシたちが川沿いで一休みしていると、川の上流から一匹の"おおあごポケモン"オーダイルが。このオーダイル、よく見てみると何かを背負っている！急いで駆け寄ったサトシたちが目にしたのは、気を失った一人の少年！なんとか目を覚ました少年はナツヤと名乗ると、自分はポケモンレンジャーで、ある特別なミッションを行っている最中だと明かす！しかし、ナツヤの腕からは、ポケモンレンジャーにとって最も大切な道具、『キャプチャスタイラー』がなくなっていた！この状況に協力を申し出たサトシたち。果たしてこのミッション、クリアすることが出来るのか！？

旅を続けるサトシたちは、それぞれの目標に向け特訓中！そんな中、すぐ脇を流れる川に一隻のボートを発見。しかもボートの中には眠ったままの女の子が！このまま流されるとその先は巨大な滝！だが、危険を察知したタケシがいち早く川に飛び込み、ギリギリのところで女の子の救出に成功！目覚めるのを待つことに。しばらくして目覚めた彼女の名はマイ。何やら不思議な雰囲気をかもしだすこの少女に、サトシたちはたじたじ。話を聞くと、マイはある場所へ急いで向かわなければならない理由があり、そこへ向かう手助けをしてほしいらしい。だがこのマイという少女、実はとんでもない秘密を抱えていた！

グランドフェスティバルの行われるレイクサイドリゾートに向け旅を続けるサトシたちは、とある海沿いの町にやってきた。そこで３人を待っていたのはヒカリのママ！なにやら事情があって手伝ってもらいたいことがあるのだという。その手伝いとは、なんとポケモンスクールの先生！まだトレーナーになれない子供たちに、ポケモンのことを知ってもらう教室を１日任せたいというのだ。この話にサトシたちは興味しんしん。喜んでスクールへ向かうことに！だが、集まった子供たちの中に、どうしても言うことを聞いてくれない、いたずら好きの少年が・・・。なんとかしようと頑張るサトシたちだが、事態は思わぬ方向に！

ナギサシティの人々の生活を支えるナギサタワー。その町のシンボルに忍び寄る怪しい影・・・。ナギサジムで激しいバトルを続けるサトシ。すると突然ジムの電気が消えてしまった！デンジが言うには、どうやらナギサタワーに異常が発生し、町の電力供給がストップしてしまったらしい！デンジに連れられ急いでタワーへ向かうと、なんとタワーが根こそぎなくなってしまっているではないか！驚くサトシたちが見つけたのは、謎のタイヤの跡。たどっていくとその先には見覚えのある三人組の姿が！そう、この強奪事件の犯人はロケット団！シンオウ征服のため、このタワーを利用するつもりなのだ。この事件、一体どうなってしまうのか！？

シンオウ地方最強のジムリーダー・デンジのいるナギサシティに到着したサトシたち。早速ナギサジムに向かうも、そこには目を疑うような光景が！なんと、ジムの前にバッジが山のように置いてあり、戦わなくてもゲットできるようになっているのだ！努力して勝ってこそバッジには意味があると怒るサトシ。どうにかして中に入ろうとするのだが、ハイテクジムの警備マシーンに捕まってしまう！その時、一閃の光と共にゴウカザルが現れ、サトシをピンチから救ってくれた！突然のことに驚くサトシたちの前にさらなる衝撃が！そのゴウカザルのトレーナーは、四天王のオーバだったのだ！シンオウ最強のジムリーダーと四天王。２人の関係は一体！？

８個目のバッジゲットのため、ナギサシティを目指すサトシたちは、でんきタイプに有利なじめんタイプのフカマルがもつわざ『りゅうせいぐん』の特訓中！だが、この『りゅうせいぐん』何度やってもポッチャマに当たってしまう困った癖があった。フカマルが仲間になってから、幾度となく『りゅうせいぐん』をくらい続けたポッチャマ。例に違わず、今日も直撃！そしてついにポッチャマの怒りは頂点に！！しまいにはサトシたちのもとを飛び出してしまった！怒りと悲しみの中、森をさまようポッチャマ。その姿を見つめる怪しい影。ポッチャマが顔を上げると、そこに現れたのは『ポケモンお助け委員会』と名乗る集団だった！だがその正体は・・・。

次なる目的地、ナギサシティへと向かうサトシたちは、その道中でジュンに出会う。何やら誇らしげなジュン。その理由はバッジケースの中にあった！なんとジュンのケースの中にはナギサジムに勝利した証、ビーコンバッジが！自信をみなぎらせるジュンは、勢いそのままにバトルを挑んできた！選んだのは当然エンペルト。それに対しサトシはモウカザルを送り出す！だが、相性で不利なモウカザルは、エンペルトの強烈なハイドロカノンを受けてそのまま森の中に飛ばされてしまった！急いで駆け寄るサトシたち。するとその時！森の奥からすさまじい勢いの炎が！顔を見合わせる一同、これはまさか・・・。

なんとか１回戦を勝ち抜いたヒカリは、ついにライバル・ウララと激突することに！ヒカリが選んだのは、『フレイムアイス』の猛特訓を積んだマンムーとヒノアラシ。対するウララは、ヒカリが苦手とするプラスルとマイナンをフィールドへ送り出す！先に仕掛けたのはヒカリ！マンムーのこおりのつぶてを飲み込むパワーアップ作戦で、華麗な先制攻撃！そこからたたみかけるようにわざを繰り出すマンムーとヒノアラシだったが、実はウララには切り札となるわざが・・・。両者ともにグランドフェスティバル出場がかかる大事な一戦！果たして勝つのはウララか！それともヒカリか！このバトル、絶対に見逃せない！

ついに、ヒカリ５個目のリボンがかかるポケモンコンテスト・アサツキ大会の日がやってきた！この大会はダブルパフォーマンス！当然マンムーとヒノアラシの新コンビネーション『フレイムアイス』の練習に気合が入るヒカリ。そこに"おうえんポケモン"プラスルと"おうえんポケモン"マイナンの姿が！可愛らしい二匹の登場にヒカリも興味しんしん・・・と思いきや、その姿を見た途端に大慌ての大騒ぎ！しまいには、目を回し倒れてしまった！どうやらヒカリには、プラスル・マイナンに苦い思い出があるらしい。しかもこの２匹、なんとライバル・ウララのポケモンだった！いきなり大波乱のアサツキ大会！リボンの行方はいかに！？

コンテストの開かれるアサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたち。その道中、道の真ん中に巨大なトランポリンを見つけ、ピカチュウとポッチャマは大はしゃぎ！その時、空から"いねむりポケモン"カビゴンが降ってきて、ピカチュウたちを跳ね飛ばしてしまった！戸惑うサトシたちのもとに現れたのは、カビゴンのトレーナー・ユウタ！彼は科学的トレーニングによってポケモンを鍛えているのだという。科学の力より、絆の力を信じるサトシは、自分と違うタイプのトレーナーに興味しんしん！早速バトルを挑む！だが、ユウタはその申し出を断り、なんとバトルではない対決を申し込んできた！それはポケスロンと呼ばれる競技！この対決、勝つのはどっち！？

旅を続けるサトシたちは、途中の小川で休憩をとっていた。河原で遊ぶポケモンたち。その時！足を滑らせたフカマルが川の中に！だが、急いで助けようと川へ飛び込んだブイゼルが救出に成功！一安心の一同。するとそこに突如二つの影が飛び出してきた！その正体は、ポケモン格闘家・キジュウロウと相棒のバリヤード。鮮やかなブイゼルの救出劇に感心し、ブイゼルにバトルを申し込んできた！当然やる気のサトシとブイゼルは早速バトル開始！勢いよくたたみかけるサトシたちだったが、バリヤードの強烈な『かみなりパンチ』の前にノックアウトされてしまう。リベンジを誓うサトシたちは、ブイゼルの新たなわざ『れいとうパンチ』の特訓を始めるのだが・・・。

アサツキタウンへ向け旅を続けるサトシたちは、途中の森で暴れまわる"じばポケモン"ジバコイルに遭遇！大きな体を振り回し、暴走するジバコイルはすごい勢いで町の方へ下って行った！もしそのまま町で暴れたら・・・。急いで後を追ってみると、予想通り町では多くの被害が！なんとかして止めようとするサトシたちは、ジュンサーさんと協力してバトルを挑む！だが、圧倒的なジバコイルのパワーを前にあえなく敗れてしまう。原因を突き止め解決するため作戦会議をしていると、そこに現れたのは同じく暴走するメタグロス！二匹は互いを見つけるやいなや、激しいぶつかりあいを始める！この異常な事態！サトシたちは止めることが出来るのか！？