デュエル・マスターズ！

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荒れ果てた自然文明に追い打ちをかけるように、ゼーロまでもが自然文明に侵入してくる。各地で起こる衝突。混乱が続く中でキラとボルツの助けを借り、ついにジョーとミノガミのデュエマが幕を開けるのだった。

ミノガミとバラギアラの暴走は続き、壊滅状態の自然文明。ジョーはミノガミを止めるため、ジョニーと共にジョラゴンの新しい必殺技を生み出す特訓を始めるのだった。

ジョラゴンは生まれて初めての正月気分を味わうためにデッキーの中へ里帰りしたきり出てこなくなってしまった。ももちゃんを捜すため、なんとしてもジョラゴンの力を借りたいジョーは、「ジョーカーズ新年会」を開き、ジョラゴンの気を引こうと試みる。

ももちゃんこそが自然文明を救う鍵である「姫」だった。トンボとトテントは戸惑うももちゃんを自然文明に連れて行こうとするが、ジョーは二人を振り切り、ももちゃんを喫茶たきがわのクリスマスパーティーに連れて行く。

覚醒（かくせい）したミノガミの力はすさまじく、自然文明の大地をも破壊していく。ミノガミの暴走を止めようとカブト鬼が説得に向かうが、その思いは届かない。そしてついにガイアハザード同士のデュエマが始まるのだった。

闇文明の人質になっているメッサーの仲間を救うため、ジョーは闇の工場長ゲオルグとのデュエマに挑む。パワーアップしたジョニーを使い、ゲオルグを圧倒するが・・・

ジョニーが捜していた宿敵とは、ジョーが闇工場で敗れた相手メッサー・シュミットだった。ジョニーを追って再び闇工場へと向かうジョー。ジョー＆ジョニーのコンビがついに復活する！！

自然文明で相棒・ジョニーの行方の手がかりを見つけたジョーは、つのる思いを胸に自然文明の中を捜し続ける。果たしてジョニーと再会する事はできるのか！？

自然文明を汚された悲しみと怒りから、ミノマルは怒りの戦士ミノガミへと生まれ変わった。そして、その怒りはゼーロへと向けられる。自然文明の存亡をかけたミノガミVSゼーロのデュエルが幕を開ける。

シャチョーが持っているVRゴーグルがうらやましくて仕方ないジョー。負けずに最高のVR体験をしようと、新たなジョーカーズ「Vチャロン」を生み出してVRゲームの世界に入りこむのだが・・・！？