デュエル・マスターズ！

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ジョーの住む町で町内運動会が開催（かいさい）されることに。負けたチームは1年間、町内の清掃（せいそう）をすることになっており、白組のジョーはボルツに助っ人に来てもらう。しかしシャチョー率いる赤組は世界レベルの助っ人・シンタローを呼んでいた。圧倒的な強さを見せるシンタローだが、その正体は・・・！？

カバまろのクシャミで何故か自然文明へワープしてしまったウサギ団。たどり着いたのはガイアハザードのでんでんが侵入者用に罠を仕掛けたテーマパークだった。何も知らないウサギ団は高額時給につられアルバイトを始める。

ある日、デッキーが腹痛を訴え苦しみだした。デッキーを救うため、再びデッキーのお腹の中に足を踏み入れるジョー。なんとそこには謎の池が出現していた。

夏休みの自由研究にちょうど良いからと、デッキーに半ば強引にプロレス観戦に誘われたジョー。たまたま居合わせたウサギ団とシャチョー達のいざこざから、なぜか３対３の「プロレスデュエマ」へと発展してしまう。

待ちに待った夏休み！ジョーはデュエマ映画化計画を始動させる。一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催するが、集まったのは一癖も二癖もある面々で・・・！？

ジョーとカブト鬼は互いの信念をぶつけ合い激しいデュエルを繰り広げる。追いつめられ、絶体絶命のジョー。その時、ジョーの耳にある声が聞こえてくる。

カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗りこみ真のデュエルを挑む。互いの切り札を使い激しくぶつかり合う両者は、一進一退の攻防を繰り広げるのだった。果たして勝利はどちらの手に！？

平穏なジョーカーズ島で事件が起きる。突如、何者かに殺害されたデッキー。後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様が！？探偵になりきるジョーとオバケになったデッキーが捜査に乗り出す中、第二の犯行が起きる。そして闇に潜む黒い影。いったい誰が犯人なのか！？

激しさを増す、ミノマルとゼーロによる真のデュエル。ミノマルはマスターカードで応戦するが、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロの前に、徐々に追い詰められていくのだった。

「ゼーロと友達になる」。そう言い残し、ミノマルはみずから黒い星に触れ、闇文明へ出向くのであった。待ち構えるゼーロと対峙するミノマル。破壊と和平を賭けた真のデュエルが幕を開ける。果たしてミノマルの願いは叶うのだろうか・・・