デュエル・マスターズ！

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新作ゲームがやりたくて、ショッピングモールのゲームコーナーに出かけたジョー。そこで偶然、自然文明ガイアハザードの一人・ミノマルと知り合う。二人は協力して、ジョーが作り出したクリーチャー「キング・ザ・スロットン」攻略に挑むことになるのだが・・・！？

ゼーロの手下ゲジスキーがジョーの前に姿を現した。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を持ち、ジョーカーズを次々に襲っていく。ついにデッキーまで倒れ、悲しみにくれるジョー。絶体絶命のピンチに駆けつけたのは、頼もしいあの男だった！

自分の考えたヒーローを映画に出演させられる「最強ヒーローコンテスト」の開催を知ったジョー。映画デビューを目指し、今まで作ったジョーカーズの中から代表を１人決める事にする。

自然文明に次々落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへさらうその星の正体は、ゼーロが仕掛けた罠だった。何も知らないトンボは黒い星に触ってしまい、闇文明へと飛ばされる。そこに待ち受けていたのはゼーロとの闇のデュエマだった。

どんな事にも「ＯＫ」としか答えられなくする恐るべき能力を持った「オッケーBｒｏｓ」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なるイエスマンへと変えていく。そんな状況に目をつけたウサギ団は、ジョーにレアカードを渡すよう要求するが・・・！？

商店街の福引で旅行を当てたるるは、ジョーやぴょんこ姫たちとクルージング旅行を楽しんでいた。しかし、ひょんな事から無人島に吹き飛ばされてしまったジョー。孤島に取り残されたジョーの生き残りを賭けた無人島サバイバルが始まる！！

山で出会った少年トンボと謎の少年トテントを町で見かけたジョー。声をかけるが凄い勢いで逃げられてしまうのだった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い２人の後を追跡するジョー。怪しすぎる行動を繰り返す２人の正体とはいったい・・・

ジョー行きつけの親父のうまいラーメン屋の味を盗むべく、スパイを企むシャチョー。企みに気づいたジョーと親父が阻止するも、シャチョーに逆恨みされてしまう。ラーメン屋のお客を横取りするためライバル店を立ち上げたシャチョー。お客争奪を巡るグルメ大戦争が勃発する！！

ももちゃん一家からピクニックに誘われたジョー。イラストレーターの父を持つももちゃんとお絵かき大会をする約束をしたのだが、二人とも肝心の画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが・・・。

ジョーに続き自然文明に足を踏み入れたボルツ。合流したジョーと共に遊び回っていたが、自然文明ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの１人カブト鬼が現れるのだった！！