主人公・切札勝（ジョー）は絵を描くこととデュエマが好きな小学4年生。

クリーチャーを生み出す能力を持つ“しゃべるデッキケース”ことデッキーと相棒「ジョーカーズ」を生み出し、ライバル達とのデュエルに挑む！

ある日、「水文明」のマスター候補・キャップと出会ったジョーは新たな力「超ガチャレンジゾーン」を教わる。キャップは、闇文明に浸食され滅びようとしている水文明を救う為に、ジョーに協力を頼むのだった。

そんな中、なぜか敵であるゼーロの元にもキャップの姿が・・・。そして、ゼーロにも「超ガチャレンジゾーン」を伝授しパワーアップさせるのだった。果たしてキャップの真の目的とはいったい!?

そして、ついに文明の未来を賭けたジョーVSゼーロの戦いが幕を開ける！！