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記憶を失ったキラを元に戻す為、真のデュエルに挑むジョー。キラの切札であるサッヴァークを使い、ついにキラを追い詰める。果たしてジョーの熱い想いはキラに届くのか…？そして二人の勝負の行方は！？

キラは相変わらずジョーのことだけ思い出せずにいた。さらに、ジョーとの記憶を無くした事で、非情な正義を貫く昔のキラに戻ってしまったのだ。そんなキラとついに衝突したジョーは…!?

デュエマでジョーに負けてばかりのシャチョー達。シャチョーはジョーに勝つために、父親の財力を注ぎ込んで学校をデュエマ決戦場に造り変える。そしてついに全校生徒対抗のデュエマ超天決戦が始まった！

自然文明の大長老からレインボーの力を授かったボルツ。しかし、ひょんなことから火文明のクリーチャー「ロック・クロック・六九」の反感を買い、デッキを使えなくされてしまう。

ジョニーとジョラゴンという、かけがえのない2人の相棒を失ったジョーに、自然文明の大長老から手紙が届く。自然文明を訪ねたジョーは、ももちゃんと一緒に大長老の元へと向かうのだった。

このところ、ジョラゴンはずっと物思いにふけっていた。心配するジョーに、ジョーカーズはジョラゴンが恋の悩みを抱えているのではないかと言う。そこでジョー達は、ジョラゴンのためにひと肌脱ぐ事にするが…！？

ゼーロが倒れ、クリーチャーワールドの平和は保たれたかに思えたが、水文明の未来は、まだキャップとギャップの間で揺れ動いていた。最後の決着をつけるため、兄弟デュエマの幕が開く。

ジョーがゼーロを倒した事により、キラがよみがえった。しかし喜んだのも束の間、なんとキラは記憶を失っていた。キラの記憶を取り戻そうと、ジョーはこれまでのキラとの思い出を一緒に振り返るのだった。

ついに全貌が明らかになった零龍（ゼーロン）。その恐ろしい能力に、ジョーは相棒のジョニーやジョギラゴンと共に立ち向かう。果たして勝負の行方は…！？

ついにゼーロのいる龍頭星雲にたどり着いたジョーは、ゼーロとの最終決戦にのぞむ。果たしてゼーロを倒し、闇文明の侵攻を防ぐ事ができるのか！？