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光文明の影響を受け、様子がおかしくなってしまったモモキング！ジョーに対する態度も変わってしまい、周囲は大困惑。そこに目を付けたのはガットル2・ヒミコ！モモキングを罠にはめようと画策していて・・・？！

久しぶりに過去から帰ってきたジョーとモモキング。ドキンダンテとまだ戦ってすらいないにもかかわらず、彼らは祝勝会を始めてしまった！油断するジョー達、果たしてこのままで本当にドキンダンテを、そしてジェンドルを打ち負かすことができるのか？！

過去にタイムスリップして赤城山バサラを探すジョーだが、なかなか見つけられずにいた。思いがけず有力な手掛かりを得たものの、たどり着いたのは別のデュエリストがいる場所だった。ようやくバサラに会えたジョー。ドキンダムXの弱点を教えてもらうことはできるのか？！

ドキンダムXの弱点を探すべく、赤城山バサラを探しているジョー。デュエマウスに、ジョーの母・るるが知っているのではないかと助言を受け、早速聞いてみることに。しかし、今のるるはバサラがどこにいるかを知らなかった。そこでジョーは、ピョンチキの力で昔のバサラがいる時代へ向かうことに！

かつてデュエマーランドで大人気だったマスコットキャラクター・デュエマウス。そんなデュエマウスの現在を明らかにする番組を偶然みかけたジョー達は、いまもなお夢を追い求める彼の姿に感動するが・・・

ジェンドルによって新たなディスペクターが生み出される。犠牲となってしまった光文明伝説のクリーチャー・ミラダンテを救うべく、ジョー達は作戦会議をしていた。そこでボルツは、ガットルズをだましてカードを奪い取ることを提案。正義に反するこの作戦、果たしてうまくいくのか？！

次なる伝説のクリーチャーが巻物に浮かび上がったとき、突然石になってしまったボルツとキャップ！ジョーとキラは危険な力を持つクリーチャーを探し出すために、禁断の古代遺跡へ向かった。遺跡ではジェンドルとヒミコが現れて・・・

デッキー、ピョンチキ、ダチッコ、スマホン・・・彼らは月に一度、ひそかに集まって話し合いをしていた！ガットルズの分析や、伝説のカードの所持状況などを議題にのせるミニキャラ達。ジョー達も知らないこの会議、一体どうなる！？

ハイドにガイアール・カイザーを奪われてしまったことをずっと悔やんでいたボルツ。そんなボルツの前に現れたのは、ガットル3のエスパー・マギだった！しかもマギの手には、ガイアール・カイザーが！！ボルツは奪還のチャンスをものにすることができるのか！？

アルカディアスと心が通じ合ったことが嬉しくてたまらないジョーは、絵を描いてその思いを表現していた。こうして誕生したのは、ハッピーな感情があふれ出す新たなるジョーカーズ！しかし、このジョーカーズがきっかけとなり時空が滅茶苦茶になってしまい・・・？