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ジョーの前に立ちはだかるのは、ジェンドルの切札・聖魔連結王 ドルファディロム！アルカディアスを白鳳のもとに戻すべく、ジョーは闘志を燃やしていた。ジョーとジェンドル、直接対決もいよいよ後半戦！勝負の行方は果たして・・・？

見たこともないカードを次々と繰り出すガットルズに対し、ジョーは闘志を燃やしていた。そんなジョーの前に現れたのは、ゼーロジュニア！どうやらジョー達の知らないところでガットルズと接触しているらしい。その一方で、ジェンドルは次の一手に向けて動き出そうとしていた・・・

ガイアール・カイザーの手がかりを求めて過去にタイムスリップしたジョー達。しかし、そこに待ち構えていたガットルズの罠にはまり、ジョーとキャップはヒミコに洗脳されてしまった！一方、行方不明になってしまったボルツ！ジョー達はこのピンチを乗り越えられるのか？！

巻物に新たなクリーチャーのシルエットが出現した！ジョー達が次に探しに行くのは・・・ガイアール・カイザー！！早速ピョンチキの力で過去へ向かうジョー達だが、たどり着いたのはなんと江戸時代だった。果たしてこの時代に手がかりは見つかるのか？！

どこへ行くときもジョーと一緒の相棒・デッキー。ある休日、ジョーはいつものようにデッキーと出かけようとすると姿が見当たらない！どうやら誰かにさらわれてしまったらしい！！モモキングとピョンチキが必死に探していると、なぜか次々とデュエマを挑まれるキラの姿が？！

なかなか伝説のカードを見つけられずにいるジョー。キラ達と河越の街を歩いていると、突如ピョンチキがカードの気配を察知する！その場所はなんと、人々からお化け屋敷と呼ばれている家だった！！そこでジョー達は「三種の神器」の看板を発見する。果たしてカードの手がかりになるのか？！

今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしてゼーロの息子・ゼーロジュニア！どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが・・・

ジョー達と同じく伝説のカードを探している謎の組織・ガットルズ。彼らを従えるジェンドルは、新たな仲間を入れることを画策していた。狙いは「破壊王ライトニング・ジェレミー」と自ら名乗る男だ。決して強くはないジェレミーをスカウトしようとするジェンドルの狙いとは一体・・・？

謎の巻物に「12枚の伝説のカード」を見つけるよう命じられたジョー。カードを見つけるための鍵は、どうやら過去にあるらしい。過去に飛び込むため、ジョーは新たなクリーチャー・ピョンチキを生み出す！その一方で、同じく伝説のカードを集めようと目論む「ガットルズ」が暗躍し始めて・・・？

デュエマ大好きな小学5年生・切札ジョー。ある日ジョーは、夢の中で不思議な声を聴く。相棒のデッキー、そして友達のキラ・ボルツ・キャップ・もも達と謎を解明すべく、切札家の地下を探索する。果たして、何が起こるのか・・・？！新たなる物語、「王来篇」スタート！！