闇デッキの強さが分かり始めた勝太。勢いそのままに連勝を重ね、なんと残り１試合に勝てば決勝進出というところまで盛り返した！予選最終戦の相手は、小さな島のみんなの願いをたくされた少年「まさる」。負けられない理由を持つ２人。勝った方が決勝進出という極限デュエルが始まる！さらに、その他の予選会場でも、ぶっちゃけ、ヨーデルたちが決勝進出を賭けたデュエマに挑む！果たして、決勝に残るのは誰だ！？

まさかの予選１０連敗で、すでに後がなくなった勝太。べんちゃんからの手紙と、闇デッキへのススメで初勝利を狙う中盤戦の１試合目！相手はイヤミで挑発をしてくる「とつろう」。今までの勝太なら、熱くなって火文明特有のガンガン攻撃で立ち向かうところだが、闇デッキを手にした勝太は一味も二味も違った！手札破壊とブロッカーをたくみに使い分け、とつろうに自分のデュエマをさせない！

思わぬ形で「日本一ビクトリーなヤツ決定戦！」の初戦を落としてしまった勝太。しかし、誰でも緊張のせいでうまく力が出せないことはある。そう言い聞かせて挑んだ次の試合も、まさかの惨敗！そしてその次の試合も･･･。気付くと積み重ねられた負けの数は「１０」！その間、１勝もすることが出来ずにいた。そんな様子を想定していたかのように、べんちゃんは勝太のために手紙を残していた･･･。

合宿を終え、ついにやってきた「日本一ビクトリーなヤツ決定戦！」ドラゴンへのリベンジに燃える勝太は気合十分。そしてデュエルヒーロー ユウ・アツトの号令で予選がスタート！３０人で総当たりをする長期戦。とはいえ当然スタートは大事･･･なのだが、勝太はまさかの大苦戦！思いもよらない形で最初のデュエマに敗れてしまう。

大会に向けて、勝太たちは合宿修業中！しかしべんちゃんの突然の告白で事態は急展開を迎えていた。帰ろうとするべんちゃんを引きとめて、勝太はデュエマを挑む！今まで一度も勝てたことがないべんちゃんが相手だが、勝太はおくすることなく、自分のデュエマを貫き、べんちゃんを追いこんでゆく。さらに、額にはＶの文字が･･･。

大会に向けて修業を続ける勝太たち。そんな中、一人浮かない表情のべんちゃん。実は、受験に専念するため、一時的にデュエマを辞めようと考えていたのだ。ようやく勝太をつかまえ、思い切って胸の内を明かすべんちゃん。だが、勝太には理解が出来ず、部屋を飛び出して行ってしまう。共に戦ってきた仲間だからこそ、心の底から信頼してきたべんちゃんの言葉は勝太には重すぎたのだ。果たして２人の友情のゆくえは･･･！？

ハコちゃんとのデュエル特訓を終え、お礼に手作りのハコをもらった勝太。これはまさかプレゼント？と浮かれていると、手元に一瞬影が横切り、ハコを奪って行ってしまった。慌てて追いかけると、そこにいたのはモンジローという名のいたずら好きサル。馬鹿にした表情で勝太たちを見つめている。ようやく追い詰めたものの、ここからまさかの展開に。なんと、サルのモンジローが、返してほしければデュエマで勝負と言ってきたのだ。相手になると前に出た勝太。だが、それを制するようにデュエルに応じたのはハコちゃんだった。

合宿中の勝太たちは、今日も地獄の特訓中。だが、その甲斐あってかみんな自分の実力があがっていることを確信する。そんな４人に勝三が与えた試練、それはミミとの４面同時デュエル。相手がミミとはいえさすがに4人同時では負けないだろうと思っていたのもつかの間、あっという間に敗れてしまう。悔しさを抑えきれない勝太は、ヨーデルたちにデュエルをお願いするも、断られてしまう。そんな勝太の姿を影から見つめる影が･･･。その正体はハコちゃん。なんとデュエルの仕方を教えてもらいたいらしい。だが、勝太はある勘違いをしてしまい･･･。

幽霊の正体を暴くため、森の中へと足を踏み入れた勝太たち。しかし、突然の雨に打たれ、雨宿りのため洞窟へと避難する。待っている間やることもないので、デュエルをすることに。人数は丁度４人、さっそく２対２に分かれてデュエル開始･･･のはずが、なぜかそこに着ぐるみのようなものを着た少年の姿が。まさかの展開に驚き慌てふためく一同。この少年はシカバネキタロウ。この地から出ていけと勝太たちに警告をするため現れたのだ。キタロウは勝太にデュエルを申し出るのだが、これにはある条件があった･･･。

ドラゴンとのデュエルを経て、さらなる実力アップの必要を感じた勝太たちは、勝三指導のもと、デュエル合宿をすることに。向かった先は勝三の知り合い、ケンちゃんと孫のハコちゃんが営んでいる山奥の山荘。「運が悪いですね･･･」と口癖のように言うハコちゃん。だが、この後勝太たちは本当の不運を体験することになる。見るからに恐ろしい雰囲気漂う山荘で、地獄の特訓を受ける勝太たち。そんな中、なんとヨーデルが幽霊を目撃してしまう。デッキビルダーでデッキを強化し、怖いものなし状態の勝太は、幽霊の正体を暴くため、森の中へと進んでいくが･･･。

ドラゴンからの果たし状を受け取った勝太。指定された場所はダッシュの本部ビルの屋上だった。べんちゃん、ヨーデル、ぶっちゃけと共に急いで約束の場所へ向かう４人は、襲いかかる警備の罠も気合で乗り越えて、何とか屋上へとたどり着く。そこには空からの侵入に成功したドラゴンの姿が。ドラゴンは勝太の力の秘密を知るため、勝太は因縁を果たすため。再び二人のデュエルの幕が上がる。一進一退のデュエルがくり広げられる中、勝負は思わぬ方向に･･･。

デュエルマスターズ最高機関『ダッシュ』の本部ビル上空に、怪しく揺れる３つの影。その正体はドラゴン、ウコン、サコンの３人。このダッシュ本部ビルに保管されているといわれている、「ミズチ」のカードを手に入れるため、潜入を試みているのだ。しかし、ビルは厳重な警備に守られていた。この警備を突破するには、カードのある場所まで迷わず行けでもしないと不可能。そんな暗雲立ち込めていたドラゴンだが、あることを思い出す。それはデュエル中急に力を発揮する勝太のこと。その力があれば、「ミズチ」のカードを探し出せるかもしれない。ドラゴンは急いで勝太に果たし状を書くことに･･･。

チャラ男は有名なデュエリストばかりを選んで倒している実力者。勝太とチャラ男のデュエマは地味で、ドラゴンはその場を立ち去ろうとする。その事でぶっちゃけはドラゴンが大会に参加しなかった理由に気付く。それは大会に参加して目的のカードを探すより、デュエマを見て回った方が効率がいいのであった。すると立ち去ったドラゴンに近付く気配が。その正体はオンセン。そして「ミズチは見つかったか？」と尋ねる。一方勝太のデュエマは、勝太の独り言タイムがまた始まり、見事に勝利。そしてべんちゃんは勝太に日本一決定戦に出場するように勧める。優勝商品カードはなんと「ミズチ」