メルボルン研究所が破壊された。翔悟たちはロサンゼルスの研究所に移動し、戦いで石化したライノーボーンの修復作業を見守っている。ライノーボーンの損傷は激しく、完全に回復するのかも不明。タイロンは心配げに修復作業を見守っている。一方、ネポス・アンゲリスでは新たな動きを見せていた。ペルブランドとバーリッシュは、怪しい行動をとるレボルトの、評議会議長の解任を議会で申し出る。だが、評議会の一人、ダークバジリスクの適合者・ラケルトは、レボルトを支持した。そして、レボルトの行動がおかしいと知りつつも、彼のためにドラゴンボーンの回収へと向かった。

ケルベロスによるライノーボーンの石化、メルボルン研究所の破壊と、翔悟と地球に、立て続けに危機が訪れていた。翔悟はメルボルンの設備をロス研究所に移す手伝いをするために、しばらくメルボルンに行く許可を健悟からもらう。出発の前に、出来上がりつつある早穂の家を見て、翔悟はドラゴンボーンとの適合から始まった今までの出来事を思い出していた。一方、メルボルン研究所から奪ったデータを見たグレゴリーとヴィクトールは、その内容に衝撃を受けていた。

新年を迎え、翔悟の家の神社は初詣の参拝客で賑わっていた。その賑わいをよそに、ルークはメルボルン研究所の東尾と深刻そうに電話をしていた。前回、ダークケルベロスが地球に現れライノーを石化させた。メルボルン研究所で治療し、タイロンの怪我は回復しそうだが、ライノーボーンの回復の見込みは立っていない。そして、ダークケルベロスに対抗するには、レアメタルの謎を解き、完全なドラゴンの覚醒が必要だと、ルークは考えていた。神社で参拝客に甘酒をふるまう翔悟たち。ルークは甘酒を見て、かつてのメルボルンでの出来事を思い出すのだった……。

グリフォンボーンの着装実験に成功し、力を得たレボルトは、とうとう、自らが地球に出撃することにする。一方、喫茶エデンではクリスマスパーティーが開かれていて、智子と早穂、ルークたちが楽しんでいた。そんな中、翔悟だけはどこか浮かない表情。翔悟はパーティーを抜け出し、一人、店の外で夜空を見ている。そんな翔悟を心配して、タイロンが声をかけた。翔悟はグリフォンボーンの着装実験で消えたダークイーグルと、ダークアリゲーターのことを考えており……。

ネポスに潜伏するクルード達を警戒するレボルトは、自らの手を下さず、ドラゴンボーンの回収を進めようと試みる。彼に呼び出されたのは、かつてのクルードの部下バイズだ。ホワイトボーンのイーグルであるバイズに、レボルトは一人でアイアンボーンのドラゴンたちと戦うよう命じるが、あまりのことに、同僚のドロッサスに不安を打ち明けるバイズ。しかし、レボルトが持ちかけた、グリフォンボーンの力を授けるという策は、口止めのため明かすことが出来ず、結局、一人で戦いに赴くことを決意するのだった。一方、翔悟たちは、今のネポスの状況に疑問を抱いてた。星の核であるフェニックスが奪われた今、始まりの魔神の声を聞ける者はいない。その真実を、ネポスの人に伝えられないかと考える。そんな時、現れるイーグル。その右腕に、グリフォンボーンを着装した……！

ウロボロスとの戦闘中にレアメタルボーンと化した翔悟について、レナードが調査研究を進める。が、バイオデータやマジン粒子に異変がない上、レアメタル化した痕跡すら残っていなかった。レアメタルボーンの謎は一層深まり、ルークやリーベルトらは愕然とする。一方、クルードとシュトルツは密かにネポスに戻り潜伏。レボルトは２人の追跡を評議会で申し合わせる。ソキウスは部下のスネークを地球に送り捜索にあたらせる。翔悟は、火の魔神やレアメタルボーンの情報についてルークらと話し合うが、やがて重圧を覚え戸惑う。そんな中、スネークと遭遇。ボーンを着装するドラゴンだが…。

ダークウロボロスの攻撃を受けて、倒れるダークワイバーン。コクーンの外でクルードの身を案じるシュトルツは、いつしか思い出していた。ダークワイバーンの適合者、クルードが、とある星の核であるボーンを回収し、ネポスに持ち帰った時のことを。クルードの核のボーンの回収により、ある星が消滅した。始まりの魔神の意志とはいえ、星を消し去ったことを哀しむクルードは、その業を背負っていくと決めた……。ダークウロボロスの攻撃がダークワイバーンに迫る！絶体絶命のピンチを救ったのは、ドラゴンだった！

ネポスから帰還したリーベルトとクルードたちは、ウロボロスの襲撃を受けて負傷しており、日本の研究施設で直ちに治療を受ける。リーベルトから、ウロボロスをはじめとしたネポス評議会のメンバーは、ボーンを消滅に追いやるほどのとてつもない力を秘めていると聞かされる翔悟たち。さらに、頼みにしていたクルード・ワイバーンのレアメタルボーンは、常に発揮できる力ではないというのだ。苦戦が予想されるタイミングで、追っ手として現れるウロボロスとオウル。危険だというクルードの静止も聞かず、翔悟は、彼らをも守ってみせると言い、着装するのだった。だが、絶望的な力の差によって、次々に倒れるライノー、ジャガー、レオ、シャーク。一人残されたドラゴンの戦いを、クルードは見守ることしかできないのか……!?

学校での休み時間。翔悟のクラスメートたちは、竜神家に美人の外国人がいるという噂を聞きつけて、翔悟に紹介して欲しいと頼み込む。分かったといなす翔悟、クラスメートたちとのくだらない会話、翔悟にいつもの日常が戻っていた。一方、リーベルトのパンサーボーンの石化が回復した。これでネポスへと戻り、シュトルツを救うことができる、そう思っていた矢先に、空がかき曇った。ドラゴンボーンを狙って、エクェスがやって来たのだ！翔悟は学校への被害を避けるために、教室を飛び出して逃げる。翔悟の前に現れたのはグレゴリーとヴィクトールだった！

長年、行方が分からなかった翔悟の母・智恵は、宇宙ステーションでコクーンの研究をしていた。翔悟は通信で１２年ぶりに智恵と会話する。日本に帰ってきた翔悟は、健悟と智子に智恵の無事を知らせたいが、コクーンの研究をしているとは言えるはずもなく、もどかしい。一方、リーベルトはネポスに置いてきた父・シュトルツやクルードたちのことが気がかりであった。翔悟とリーベルトが何か悩みを抱えていることを察する早穂。行き場を失ったリーベルトはしばらく竜神家に滞在することになり、早穂はリーベルトと翔悟をショッピングに誘うが……。