ポケットモンスター

海面にキラキラと光るモノを見つけたラプラス。引き上げてみると、それは空き瓶だったのだが、中には「クリスタルのイワークを言うポケモンについて、知っている人がいたらぜひ教えてください。」と言う手紙が入っていた。差出人はポンカン島のマサミと言う人らしいのだが、そんなサトシたちの目の前にはポンカン島。ガラス工芸品で有名な島らしく住人はほとんどがガラス職人というこの島で、サトシたちは偶然にも手紙の差出人であるマサミという幼い女の子に出会うことになる。

ラプラスに乗って海を行くサトシ達だったが、突然の大渦巻きに巻き込まれピンカン島（とう）に流れ着いた。ケンジが言うにはピンカン島はいくつもの渦に取り囲まれており、どんなポケモンいるのか知られていないらしい。島のポケモンを観察し始めたケンジは体がピンク色の珍しいサイホーンを発見する。サトシはいいところを見せようとしてサイホーンに近づくが、一同は興奮したサイホーンに追い回される羽目になってしまう。

二隻の船の後を追ってサトシ達が着いた島には絶滅したと言われるポケモン「カブト」の謎が隠されているらしい。先に着いていた発掘調査隊とＴＶクルーにサトシ達は興味津々で同行することに…。ところが行く先々で一行を待っていたのは数々の危機。そして、その裏には怪しい人影が…。果たしてサトシ達一行は「カブト」の謎を明らかに出来るのだろうか？

旅を続けるサトシ達の前に現れたポケモン一座のショーボート。このボートはポケモンの歌や踊りやお芝居を見せてくれる旅芸人の船だ。サトシ達はこの楽しいショーボートを観に行くが、そこで出会った一座のケイとライチョウとのコンビネーションはいまいちの様子。サトシはお安い御用とケイたちのコーチを買って出るが、過去のある事件がケイとライチョウとの間をぎくしゃくさせている事を聴かされる。

旅の途中、ハッサク島（とう）という島でひと休みをしていたサトシ達だったが、ふとしたはずみでコダックが海に落ちてしまう。コダックは水系ポケモンでありながら溺れてしまいサトシ達にも気付かれず、小舟で釣りをしていたツバキという少女とメノクラゲに救われる。トレーナーのカスミと再会を果たしたコダックだったが、コダックの体の一部には以前と変化している部分があるのだった。