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伝説のカードの遺跡に辿り着いた、カイとアリス。
待ち受けていたのはジュスティーヌ姉妹。美しくも恐ろしき賞金稼ぎ。

「ジュスティーヌ姉妹は無敵なんです……」
「てめーは終わってんだよ、最初から！」

荒れ狂う闇のバトルを超え、カイとアリスは伝説のカードを掴むことができるのだろうか……。

虚の影の力を用い、シロウはヒイロを追い詰める。
欲しかった強さを手に入れた、これでヒイロに勝てるはず……
……そう考えるシロウはしかし、気付いていない。
シャドバの強さは、心の強さ。決して諦めない意志こそが、何よりも大事なのだと。

「行くぜ、シロウ！俺は伝説を手に入れる！」

虚の影に操られたタクマを救いだしたヒイロ。
数々の敵を超えて、ヒイロはついに伝説のカードが眠る遺跡に辿り着く。
果たしてヒイロは伝説のカードを手に入れることが出来るのか……
……黒き呪いの竜戦士が、その眼でヒイロを値踏みする。

災いの樹によって、世界の時は止まってしまった。
現れる「虚の影」、取りつかれ、操られた人々……。
訪れる終焉の最中で、しかし、なおも輝く意志7つ。

「世界を救えるのは……君たち、選ばれし7人だけだ！」

ついに明かされた第8のクラス、ネメシスクラス。
その強大な力の前に、ヒイロは苦戦を強いられる。
しかし……ヒイロが対峙するべきは、ネメシスクラスだけではなかった。

「少し……昔話をしようか」

紐解かれる、竜ヶ崎エイジの過去。
ヒイロにとっての最大の試練が続く。

中央タワーに集まった、選ばれし7人。
ヒイロ、ルシア、ミモリ、カズキ、カイ、アリス、マウラ……。
彼らに明かされた世界の秘密は、「災いの樹」。全てを滅ぼす、災厄の存在。
世界を救う資格を得るため、ヒイロたちは最後のバトルに挑む。

一進一退のバトルを繰り広げる、ヒイロとルシア。
譲れない想いをぶつけ合い、2人のバトルは加速する。

「ルシア。今度こそ届くぜ。俺の心が……お前にっ！」
「ヒイロ、君は強い。だけど君と僕は違い過ぎる……」

決着の時は、今。

ヒイロはシャドウグランプリのヒミツを解き明かすため、レオンのいる中央タワーを目指す。
その行く手を阻むのは……強さを追い求める闇の貴公子、ルシア。

「今はバトルしてる場合じゃないぜ！」
「……他に何がある？シャドウグランプリはまだ終わってない」

交わる視線、交わらない想い。
避けられぬバトルが始まる。

謎のプレイヤー・シャドウナイツを倒したヒイロ。
現れたのは、かつて全国大会でバトルした相手……マウラだった。

「マウラ……お前もシャドウナイツだったのか……！？」
「さぁ……どうでしょうね？」

「まぁ少なくとも……あなたの敵には違いありません！」

世界最強のシャドバプレイヤーを決める大会。
勝者にはジェネシスカンパニーの社長の座が与えられる大会。
……それがシャドウグランプリ。
しかし、全てはまやかしに過ぎなかった。
今……レオン・オーランシュが動き出す。

「シャドウグランプリはいよいよここからというわけだ。皆、励んでくれたまえよ……」