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チャップたちは、ふたたび魔王デミグラスと対峙。ドラゴンナイトレジェンドへ変身したチャップは、伝説の聖剣ムラマサカリバーを携えて最終決戦に挑む。究極まで力を高めたドラゴンナイトの力とムラマサカリバーの威力で、魔王デミグラスと拮抗した激しい戦いを繰り広げる。
ボロボロになりながらも魔王に渾身の一撃を入れるが、決定打にはならず状況は劣勢に。打つ手なしかと思われたとき、チャップはあるばあちゃん語録を思い出す。「強いヤツに対抗するには、ソイツのできないことをやることだ！」。はたして、最強の魔王に対抗して選んだ方法とは…！？

魔王が世界を滅ぼすまで残り8時間。倒す方法を模索するチャップたちに、メローラから魔王が落としたと思われる髪飾りを渡される。どうやら魔王にとって大事なものであるらしい。そこでチャップたちは、デアファルコンの新たな技「ドラゴン思い出ワープ」を使って、髪飾りの秘密を探るため過去の世界へ旅立つ。
するとそこにはデミとグラス、そして二人の妹である「ソーニア」という名の少女の姿が。魔王誕生の真実を知ったチャップたちは、かつて魔王を倒したことがあるとされる「伝説の聖剣ムラマサカリバー」の存在を知り…？

王様の元に現れた、二人の謎の少年「デミ」と「グラス」。そこに、チャップたちが現れ、スカードンが倒されたっぽいことを報告する。しかし、デミとグラスは大臣のクルトンを、手をかざしただけで消してしまい、「スカードンをうっかり倒してしまったのは俺たち」と告白。いち早く二人のことを只者ではないと感じたヴィンサントが戦いを挑むも、ドラゴンナイトに変身しても全く歯が立たないほどの実力差を見せつけられる。スーパーグレートドラゴンナイトになったチャップも吹き飛ばされ、あまりに弱くがっかりしたデミがメローラ姫を手にかけようとしたとき、チャップの様子に異変が…!?

スカードンをどのように倒すか思い悩む一同に対して、マヨネが「そもそもスカードンは倒さなければならないのか？」と言い出す。あまり悪さをしている様子もなく、「世界を2度も滅ぼした」という言い伝えも実際に誰かが見たわけではない･･･。
「それでもスカードンは倒さなくてはならない」と主張を曲げないヴィンサントが改めてドラゴンGPSを確認すると、なんとスカードンの反応がなくなってしまっていた！
誰かに倒されたのか、それともレーダーの調子が悪いのか？ヴィンサントの心配をよそに、チャップたちはスカードンを倒したかもしれないお祝いを始めてしまうのだった。

メローラ姫のパンツは取り返したものの、いまだスカードンは倒せずにいるチャップたち。正式に王様からスカードンの討伐を依頼され、倒すヒントを得るために、ありとあらゆる書物が収納されている王国書庫へ行くこととなった。
手分けをしてスカードンの討伐法が書いてある本を探していると、「ロビンフッド」という作者が150年前に記した「スカードンの倒し方」という本を見つける。そこで作者の子孫がいるというシャーウッドの森へ向かうと、そこにはピーターパンパンの姿が！実は、パンパンとロビンフッドは「マブダチ」らしいのだが…？

グレート飛空艇『スカイバラクーダ』に乗って、無事に魔障壁を通り抜けたチャップたち。デミグラスキャッスルへ飛んでいくスカードンを追いかけると、なぜか窓の外には見慣れたフレンチトースターの町並みが広がっていた。違和感を覚えたヴィンサントは、みんなで町へ降りて様子を調べてみようと提案する。町に入ると、早速一行の目の前をだれかが猛スピードで横切る場面に遭遇する。なんとそれは、バッチリ目を開けてすばやく動いている白雪姫だった。その他にも、フレンチトースターの住民たちの様子が普段の様子とは大きく異なっていることに気づく。どうやらスカードンが作り出した偽りの世界「スカーゾーン」に入り込んでしまったチャップたち。元の世界に戻る方法を模索するが…？

ついにグレート飛空艇『スカイバラクーダ』が完成した！早速デミグラスキャッスルに飛び立とうとするが、操縦できるパイロットがいないという重要なことに気づく。スカイバラクーダの操縦には視力、動体視力、判断力などを兼ね揃えた「ニュータイプ」と呼ばれるパイロットが必要なのだった。そこで、オーディションを開催して素質がある人を探すことに。最終選考まで残ったのは、なんとチャップとヴィンサントの２人。しかし、２人とも最終選考で不合格になってしまう。そこで、先代のゴエモンが作った飛空艇は誰が操縦したのかを調べてみると、チャップたちが知っている者の名前があり…？

グレート飛空艇を作るための技術も、残るは「フェアリーエレクトロニクス」の魔導エンジンのみ！妖精が住む森に本社があることはわかっているが、最先端技術を守るために具体的な場所は隠されているらしい。とりあえず森にワープすると、ある1匹のスライムに出会う。フェアリーエレクトロニクスの本社の場所を聞いてみると、どうやら森の奥の方にあるとのこと。すると、そこには3体の石像と1台のジャラステが置かれていた。3体の石像の謎を解かないと本社に入れない仕掛けになっていたのだ。何とか本社に入ることができたチャップたちだったが、そこには見たこともない風景が広がっていたのだった…。

グレート飛空艇の操船機構を製作するため、ギミック技術で有名なブランド「パカラ・ラパ」を訪れるチャップたち。そこで、オーナー兼技術者であるマシュー・マーロに会い、技術を貸してもらえないかお願いをする。しかしマシューは、東の森に住む伝説の名馬「マンゴーラ・シー」を手に入れるまでは協力できない、と一点張り。そのため、マンゴーラ・シーの捕獲に向かうことになるが、マンゴーラ・シーは物音に敏感で、とてつもなく足が速く、捕獲作戦は難航する。好きな食べものを仕掛けて捕まえようとするが、高級なものでないと食べないらしく、伝説の料理「ぷるぷるオムレツ」でおびき寄せる作戦を思いつく！

グレート飛空艇を作るため、精細な仕掛けや、造形を作る彫金技術で有名なブランド「ペファニー」を訪れる。すると、新しいブランドコンセプトを推奨する社長のカレンと、伝統を守る職人のヨネカワが今後の事業計画に関して議論を交わしている場に居合わせる。そこでチャップたちは、グレート飛空艇作りの協力をしてもらうために、ペファニーの今後のブランドを方向付けるプレゼンの手伝いをすることになった。カレンとヨネカワがそれぞれ開発しているペファニーの新作をプレゼンし合い、チャップ・マヨネ・ペペロンはヨネカワと、ヴィンサント・ゴエモン・ゴブさんは社長のカレンと一緒にプレゼンの準備をすることとなるのだが…？