風のようにひとところにとどまることのない超音速ハリネズミ、ソニック・ザ・ヘッジホッグ、そして自らの帝国を創るために悪事を働くロボット工学の権威Dr.エッグマンとの戦いは今日もなお続いていた。ある日、ソニックは戦いの最中に不意に謎のマシンを動かしてしまう。するとそこから発生した巨大なエネルギーによって、時間と空間のズレが生じ、ソニックの仲間たちはエッグマン軍団もろとも時空の歪みに吸い込まれてしまった…。しばらくしてソニックが気付くと、そこは地球のように“人間”のいる所だった。そしてソニックは少年クリスに出会った。彼は裕福な家に育つ、どこにでもいるような気弱な少年だ。彼はソニックと関わるうちにそのスピードとパワー、そして何者にも縛られない行動力に憧れを抱くようになっていく…。

一方、エッグマン軍団もこの場所にやってきていた。Dr.エッグマンは全世界を手中に納めるほどのパワーを持つと言われる“カオスエメラルド”の所在を探りつつ、またしても“エッグマン帝国”を創り出そうと次々と悪事を重ねるようになっていった…。

ソニックは“カオスエメラルド”を求め、クリスと仲間たちとともにエッグマン軍団に挑む!!遥かなる大宇宙を舞台に、因縁の対決がいま再び始まった!!