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雨が降る前触れとされる『逆さ虹』が日本各地で発生。怪獣との関連を疑うゲントは、怪獣研究の第一人者であり、恩師でもある横峯教授のもとへ。
そこで横峯から、ときに恵みの雨をもたらし、ときに荒神となりすべてを奪い去るという神のような存在、ニジカガチについて語られる。
その時、ゲントのもとに巨大怪獣現出の知らせが届く。

コインランドリーの洗濯乾燥機に『クルル』と名付け、それを愛でることで癒しを得ていたヤスノブ。
そこに突如カナン星人・ハービーが現れる。ハービーは、『オーロラ光線』で機械を操ることができ、世間で頻発する自動車や飛行機の暴走事故を引き起こした張本人であった。
そしてヤスノブは、ハービーが企てる恐ろしい計画を知らされる。

日々繰り広げられるウルトラマンブレーザーと怪獣たちの戦い。
それは市井の人々の目にどう写っているのか、
レイコ･サブロウタ･タクマによる新たな視点からブレーザーを紐解いて行こう。

アンリの故郷で新型レールガン『メガショット』の演習が実施される。そこでアンリは幼馴染のミズホと思いがけぬ再会を果たす。
メガショットの設置工事で祠が撤去されたことにより、地元に伝わる守り神・ドルゴが目覚めてしまうと言って演習中止を訴えるミズホだが、アンリはそれを受け入れることができない。
そうして無情にも演習が開始されてしまう。

3か月前に突如現出した怪獣レヴィ―ラ。その唯一の対処法は、大手化学企業ノヴァイオが開発した新型殺菌剤『FK1』で一時的に追い払うことであった。
だが、謎多きこの怪獣とノヴァイオ社との間には不可解な繋がりが…。
真相を探るべく、エミはノヴァイオ社社長の曾根崎のもとで潜入捜査を行う。

新戦力アースガロンの開発に携わっていたヤスノブを一員として迎え、ついに集結したSKaRD。対怪獣戦に向け訓練に励むことに。
そのさなか、新たなエネルギー源の貯蔵タンクが一夜にして空になるという怪現象が、世界各国で発生しているとの情報が…。
原因は怪獣であると踏んだSKaRDは、満を持してアースガロンを戦場に投入する。

バザンガを退けたゲントは、司令部参謀長・レツから新設の特殊怪獣対応分遣隊『SKaRD』の隊長に任命される。早速隊員たちに面会へ向かうゲント。
エミ、テルアキ、アンリ…合流したのはひとくせもふたくせもある隊員たち。
そんな折に飛び込んでくるゲードス現出の知らせ。人員も装備も整っていない中、SKaRDの初任務が始まろうとしていた…。

怪獣被害の頻発する地球に、ついに50m級宇宙怪獣までもが現出した。怪獣の進攻を阻止するため特殊部隊を率いるヒルマゲントだったが、部隊は絶体絶命の危機に直面する。
部下を救うため単身飛び出したゲントの腕に現れるブレーザーブレス。光に導かれ、今、ウルトラマンへと変身する…！