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月でヴァラロンとの戦いに敗れたブレーザーとSKaRD。ドバシに捕えられたエミ。絶体絶命の中、ヴァラロンがついに地球に落下する。さらに、突如大群で現れる謎の使者。
SKaRDとアースガロンの戦いの行方は？エミがたどり着いた真実とは？ゲントとブレーザーは地球を守れるのか？

月に到達したヴァラロンは、次々と爆弾を敷設していく。このままでは月の軌道が変わり、地球に最悪の結末が訪れる。
司令部はSKaRDに、アースガロンMod.4で月に向かい、ヴァラロンを撃滅するよう命令をする。宇宙での決死の戦いが、いま始まる。

ブレーザーの戦いも佳境に差し掛かる中、
あの世界が再び帰ってくる。
熾烈な戦いは『彼ら』の目にどう映っているのか……
最終決戦を前に戦いの軌跡をおさらいしよう！

世界各地で怪獣が現れ、対応に追われるSKaRD。ゲントもブレーザーと共に戦うが、その体を酷使し続け、徐々に生命力が枯渇していく。
小洗にタガヌラーが現れ、アースガロンが出動。さらにアメリカのネバタにもタガヌラーが現れ、ブレーザーが撃退に向かう。そんなとき、出動中のエミに驚くべき情報が伝えられて…

日本怪獣損害保険株式会社で働く、しがないサラリーマン・テツオ。人生に大きな目標もなく、やるせない日々を過ごしていたが、怪獣保険の営業先のミチコとのやりとりのなかで、自分の人生を見つめ直していく。そんな中、アルプスの山を裂き現れるレッドキングとギガス。怪獣が暴れている町にはミチコが住んでいる。どうする、テツオ？！

アースガロンMod.3の第5回飛行実験が開始される。最高速度マッハ９での空戦機動中、ヤスノブは重力加速度に耐え切れず、意識を失ってしまい、同乗していたアンリの声も届かない。
Mod.3の操縦士を外され、落ち込んでいるヤスノブ。のしかかる重責に追い打ちをかけるように、以前と比べもにならない巨大なデルタンダルが現れる。

父が倒れたと聞いて慌てて実家へ帰るテルアキ。だがそれは地元に帰ってきてほしい父の嘘だった。防衛隊をやめて欲しいと父と、反発するテルアキ、二人の心の溝は埋まらない中、季節外れの不思議な虫の音が鳴り響く。
町では、1か月前から畑の土の質が変わり作物が枯れているという。見回りをするテルアキは、山の中で奇妙な洞窟を見つける。

倒したはずのイルーゴが複数体出現。防衛隊が調査を進めていると、地下からアースガロンをも凌駕する巨大な怪獣が現れる。
エミは、父の研究仲間の西崎と接触。3年前の爆発事故の詳細について真実を告げられる。単独向かった第66実験施設でエミが見たものとは…

地面を突き破って現れた怪獣、イルーゴ。その口から吐かれた気体は人体を蝕んでいく。
司令部からイルーゴの調査を止められ、待機を命じられたスカード。エミはサード・ウェイブの可能性があると考え、第66実験施設とともに独自に調査を進める。一方、防衛隊は自走レーザー砲でイルーゴを切断する作戦に出る。

過去に撃退した怪獣が、人や物をすり抜けて彷徨い歩く事案が立て続けに起こる。現場には必ず謎の男が現れ、大きな剣で怪獣を消し去っている。
この原因を探るためゲントが怪獣出現予想ポイントに先回りすると、謎の男・宇宙侍ザンギルが現れ、ゲントと話がしたいという。ゲントは、ザンギルから彼の秘密について知ることになるが…