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ムラホシ隊長が取り調べ！？　隊長とアガムスとの関係を疑い、TPU内部調査局からエージェント・ナイゲル局長がやってくる。その姿に驚くカナタを尻目に、 ナイゲルは隊長の嫌疑を追及していく。なぜそこまでムラホシ隊長は疑われるのか？　そして、隊長の疑いを晴らす方法はあるのか！？

「人類が宇宙に進出などしなければ…」
その言葉を受け入れられないカナタだったが、そんな中、街角に小怪獣スピニーが現れ、TPU総動員で捕獲作戦が始まる。スピニーに翻弄され作戦は失敗続き、本調子でないカナタはリュウモンに厳しい言葉を投げられてしまうのだが…。

想定もしてなかった事態にカナタたちGUTS-SELECTは動揺を隠せない…。そしてカナタの前に現れた謎の人物の正体とは！？　スフィアの真相、そしてウルトラマンデッカーの真実が明かされる時、ダイナミックな奇跡の姿が誕生する！！

史上最強のコンビ、ウルトラマンデッカーとテラフェイザー！　連戦連勝の二体に世間の評判も上々でカナタも大喜び。だがそんな中、宇宙港に再びスフィアザウルスが現れる！　しかも前回より強化されているようだ。史上最強のコンビが立ち向かう中、不穏な影が動き出す…。

突如としてナースデッセイ号のシステムがダウン、停電してしまう！？　この緊急事態に現れたのは、なんと先代GUTS-SELECTのマルゥル！　先輩の登場に恐縮するカナタたちだが、マルゥルの毒舌が容赦なく後輩たちに炸裂する！果たして、カナタたちはマルゥルとともにナースデッセイ号を無事復旧させることが出来るのか！？

残存していたネオメガスの細胞からスフィアネオメガスが誕生する。その圧倒的なパワーに、ウルトラマンデッカーとGUTS-SELECTは苦戦を強いられる。
成す術ない状況に打ちひしがれるカナタたちだったが、互いに励ましあいテラフェイザーを中心とし総力を結集した反撃作戦を開始する！

遂に！　遂に！！　GUTS-SELECTに新装備としてロボットが配備されることになった！　その名は「テラフェイザー」！！
皆が憧れていたロボット装備に沸き立つカナタたちだったが、なぜか起動テストを行おうとするテラフェイザーの前に次々と怪獣が現れる！！　ウルトラマンデッカーが怪獣と戦う最中、無事にテラフェイザーは出撃できるのか！？

街に現れては様々な怪獣を倒して去る、という行動を繰り返す謎の怪獣・ネオメガス。カイザキ副隊長は、その真相を究明しようと奮闘するのだが、その中でかつての恩師の言葉を思い出す。
その言葉に秘められた恐るべき真実がカナタたちGUTS-SELECT、そしてウルトラマンデッカーの前に立ちはだかる！！

カナタの前に現れた少女・ミカ。彼女は自分の父とカナタ＝ウルトラマンデッカーを勝負させたいと言う！？　ミカの父は、宇宙最強の格闘チャンピオン・グレースであるというのだが…。
デッカーVSグレースは無事実現するのか？果たしてその結末は！？

花粉をまき散らし人々を夢の世界へ誘う謎の巨大植物が発生！　その姿はマナカ ケンゴが皆を笑顔にするため育てたはずのルルイエだった…！？
事態を収拾しようとするカナタやケンゴたちの前に懐かしい顔も現れ、GUTS-SELECT総動員の駆除作戦の幕が開ける！