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スフィアによる地球消滅の危機が迫る中、満身創痍のGUTS-SELECTはマザースフィアザウルスを倒すべく最後の作戦行動を開始する！ カナタたちは前を向いて未来に進むことが出来るのか！？　そしてそこに待ち受けるものとは！？

スフィアバリアの収縮まで3時間。それは最後に人類に残された希望の時間でもあった。スフィアオベリクスを破壊するべくカナタたちGUTS-SELECTはTPUとの合同作戦を展開していく。
だが、そこに立ちはだかるのはテラフェイザー……！！　アガムスを救うためカナタが選んだ選択とは！？

遂にスフィアが復活し、地球滅亡のカウントダウンが始まる。スフィアの総攻撃を前にTPU技術部特務3課の主任であるホッタ・マサミチは大慌て！しかし、同僚のメトロン星人・マルゥルはいつも通り。ウルトラマンを信じるマルゥルは10年前に経験した地球の危機に思いを巡らせる。

デッカーとの戦いの影響でまるで人が変わったようなアガムス。カナタは彼から彼自身を救うヒントを探そうと、捕らえられたアガムスに面会に行く。そして久しぶりの穏やかな会話の中で、カナタはアガムスの本心を垣間見る…。だが、そんな状況を壊すかのようにスフィアの侵攻が始まり、遂には最凶最大の影が現れる！？

突然逃亡中のアガムスからGUTS-SELECTにコンタクトがあった。呼び出されたムラホシ隊長は、単身アガムスのアジトに向かうのだが…。
そして遂に、アガムスの口から衝撃の未来の顛末が語られる！？　彼の言う”地球人の罪”とは一体何なのか？　そしてカナタたちGUTS-SELECTはアガムスを捕まえることができるのか！？

開発中の新技術・Sプラズマ増殖炉。それは膨大なエネルギーを生み出すことで人類が光の速さまで到達できる可能性を秘めたものだった。だが、未知のエネルギーに秘密が隠されていた…。生まれ来る怪獣、蠢くアガムスの影、そして知らされる真実。この危機にカナタは何を想う！？

かつて海だったところを埋め立てられた近代都市ワダツミシティ。そこを正体不明の怪物が襲う事件が発生する！！
早速調査に向かったカイザキとイチカが見たものは、怪しい老婆、謎の少女、謎の仮面衆に、謎の緑の生き物。そこはまるで摩訶不思議が集まる怪奇祭りのような場所だった！？

異次元人ヤプールの罠により次元を飛ばされてしまったカナタ＝ウルトラマンデッカー！　たどり着いた先は宇宙！？
その危機を救ってくれたのはウルトラマントリガー＝ケンゴであった。TPU月面基地で”感動の再会”を果たすカナタたちだったが、そこにもヤプールの魔の手が忍び寄る…。

突如街が陥没し巨大な穴が現れる。解析結果によれば原因は怪獣を超越した生物らしいのだが…。調査に向かったカナタ、イチカ、リュウモンは謎の影と遭遇する。そして、カナタの前に再びアガムスが姿を見せる！　カナタは約束通りアガムスを救うことができるのだろうか？

アガムスの起こしたテラフェイザーの反乱はTPU技術部特務3課にとっても大事件であった。アサカゲ博士を尊敬していたホッタにもTPU内部調査局からの取調べが行われ、ひどく落ち込んでしまう。マルゥルがテラフェイザーの計画書を調べる中で見つけたDG001計画に隠された秘密とは？