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地下で観測された謎のエネルギー。その正体は、まさか！　10年前に倒されたはずの闇の存在！？　
衝撃の事実に困惑するカナタたちGUTS-SELECTの前に、空からあの伝説の巨人・ウルトラマントリガーが舞い降りる！　デッカーとトリガー、2体の光の巨人と闇との戦いが今始まる！！

天変地異の前触れと言われるササメダケの花が咲いた！　そして空には金色の虹が現れる！　更には、それに呼応するように地底怪獣までもが動き出す！　
未曽有の事態の中で負傷してしまうリュウモン。カナタは彼を励まそうとするが…
果たしてリュウモンが見つめる先にあるものとは？

GUTS-SELECTの装備開発やガッツホーク、ナースデッセイ号のメンテナンスなどを担当するTPU技術部特務3課。
特務3課の主任であるホッタ マサミチの元に、かつての同僚メトロン星人マルゥルが帰ってくる！
再会を喜ぶ二人は思い出話に盛り上がる。
そしてホッタは新たな発明について得意気に語りだすのだが…

街に突如現れたエレキング！　その現場でイチカが出会った謎の少女ユウコ。最近エレキングが電気を盗み食いして回っているが、果たして両者に何か関係があるのだろうか？
そしてユウコと出会ったイチカの様子も何だかおかしい。彼女のまっすぐな想いはどこに向かうのか！？

さびれた温泉街に突如謎の巨大カプセルが出現！町長は写真撮りまくりで喜んじゃってるけど…？
そんな中でモンスアーガーまで出現して、町もGUTS-SELECTも大混乱！！　事態を収めるため、期待の新装備・GUTSグリフォン合体へのカナタたちの奮闘が始まる！

GUTS-SELECTに配備された新型機・GUTSホーク。その威力を発揮するためにはパイロットであるAI「HANE2」との連携が不可欠だ！ってことなのだが、彼とのコミュニケーションの取り方に四苦八苦のカナタたち…。さらには、出現したゴモラにも苦戦してしまう。
負けるなデッカー！　新たな力で乗り越えるぞ！

TPU訓練校に入学したカナタは、イチカ、リュウモンたちと共に行軍訓練を行うことになるのだが、カナタは考えの違いからリュウモンと衝突してしまう…。
そんな時、3人の目の前にデスドラゴが出現する！！
果たして、カナタはこの危機を乗り越えられるのか！？そして、3人は無事GUTS-SELECTの隊員になれるのか！？

ウルトラマントリガーが地球の危機を救ってから数年後、人類の目は宇宙へと向けられていた—。
そんな時、謎の球体・スフィアが襲来！地球への進撃が始まる。煎餅店の息子・アスミ カナタが、目の前で繰り広げられる惨状に、人々を守ることを決意した時、光に包まれる！！
そして現れた姿は、新たなウルトラマン！？