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中央を追われた土方竜や斉藤始ら空間騎兵隊が駐留する第十一番惑星に、ガトランティス先遣部隊の侵攻が開始された。助けを求めて脱出した空間騎兵隊員・永倉は、からくもヤマトに収容される。だがテレザートへと急ぐ古代たちは、彼らの救援に向かうか否か、苦渋の決断を迫られてしまう。

地球を飛び立ったヤマトに、月面から山本らの航空隊が合流。その中には、あのキーマンの姿もあった。一方、ヤマトの出撃阻止に失敗した芹沢は、演習中だったアンドロメダにヤマト追撃を命じる。避けられぬアンドロメダとの対決という難局を乗り切るため、ヤマトはある奇策を用いる。

真田から艦長代理を任された古代は、旧乗組員の賛同を得てヤマト出撃の準備を進めていた。その動きを察知した藤堂長官は、最後の説得を試みるも、惑星テレザートへ向かうという古代たちの決意は変わらなかった。一方、上層部はヤマトの出撃を阻止すべく、ドックに武装隊を派遣する。

ガミラスのバレル大使からテレサのことを聞いた古代は、地球降下後、キーマンの案内によってさらに驚愕の事実を目にする。それは〈コスモリバースシステム〉が生み出した負の遺産であった。３年という短期間に、奇跡の復興を達成させた正体とは……!?

最新鋭戦艦アンドロメダの観艦式が盛大に執り行われる。新しく樹立された地球連邦政府は、軍備拡大路線を突き進んでいるのだった。沖田艦長の命日に英雄の丘へと集う元ヤマト乗組員は、イスカンダルとの条約を反故にしてまで再軍備を進める地球の現状に、激しい違和感を覚えていた。

あのイスカンダルへの大航海から3年。コスモリバースシステムによって蘇った地球は、急速に復興を遂げようとしていた。一方、地球とガミラスの連合艦隊が、謎多きガトランティスの前衛部隊と武力衝突を繰り広げる。その渦中に、元宇宙戦艦ヤマト乗組員・古代進の姿があった――。