玉賀必人（たまがひっと）は誕生日のプレゼントに１体のビーダマンを手に入れた。
それは失踪した父親の「逆境を打ち破れ」というメッセージと共に送られた物だった。
奇しくもそれは町にＢパークが開園した日でもあり、大家の娘のナナに連れられて必人もそこを訪れる。だが、そこでは銀蔵という少年がビーダマンの勝負で負けた相手からビー玉を取り上げる横暴を押し通していた。それを見過ごせず勝負に挑む必人だったが……。
やはり素人。あえなく破れ自らの大切なビー玉を取られてしまう。しかし父親の「逆境を打ち破れ」という言葉を胸に徹夜で特訓する事に。
翌日、必人は自分のビーダマンを賭け再び銀蔵に挑む。果たして勝負の行方は？

　銀蔵から仲直りの申し入れがあり、それを受ける必人。しかし当の銀蔵は、兄の金蔵と共に恥をかかされた仕返しを狙っていた。金蔵たちが小遣い稼ぎの為会員集めをしているビーダマン競技のクラブ「ブラックホース」の為にも負けた相手をそのままには出来ないからだ。ナナと共にＢパークにやってきた必人はまんまと金蔵たちの策に乗せられ勝負する羽目に。ここでビーダマンハンター月野コン太が必人の助っ人に現れるのだが……。連携が取れない必人とコン太。ナナのアドバイスで盛り返すも、絶体絶命のピンチに。その時コドウという少年が放った一発が金蔵たちがセットに仕掛けた不正を暴き出し、必人たちは勝利する！　だが彼の正体は一体？

　一人ビーダマンの訓練に精を出す必人。しかし中々効率が上がらず、コン太には何事も一人では限界があると言われてしまう。そんな時ナナが持ってきたビーダー道場の話に必人は早速飛びつく。道場は山奥深くにあり辿り着くのも大変だが、必人は途中滝に打たれて修行するビーダー、真田銃兵衛に出会う。彼もまた道場を目指す一人だった。一旦彼と別れ、やっと道場に到着した必人は早速入門テストに臨むも、力及ばず敗れてしまう。　そこへ現れる銃兵衛。彼は道場主の一元斎に看板を掛けた勝負を挑む。それはかつて彼の父の道場の物だったのだ。父の無念を晴らさんと敢えて自分を不利な状況に置き苦戦する銃兵衛に必人は力添えをしたくなり……。

　ビーダーに勝負を挑み、勝利の証に相手のビーダマンを奪い去る『デビル・ビーダー』。その噂が流れる中、児童館で子供たちの世話をする神岡テルマと出会う必人たち。温厚で子供好きな彼だが、子供たちとビーダマンで遊ぶ中、ナナはテルマの様子がおかしい事に気付いた。席を外したテルマの後を追うナナは、村はずれの森まで行った所でデビル・ビーダーに襲われてしまう！　叫び声を聞いて駆けつけた必人たちの見たものは？！　それは悪に染まったテルマの姿だった。怪我をしたコン太に代わり必人がバトルに応じるが、その影響で舞台である塔は崩れ始めてしまう。優しいテルマが何故デビル・ビーダーに？　必人は必死に呼び掛けるが……。

　夢の中、怪物に襲われたナナはビーダマンを操る勇者に助けられる。その勇者の顔は何故か必人？　買い物に付き合わせた必人を見て夢の事を思い出すナナだが、そこで偶然姉３人の荷物持ちをさせられるコン太を発見。興味にかられて後を追った二人はコン太の家がお金持ちである事を知る。しかしそれが原因で必人とコン太は喧嘩になってしまい、ナナは仲直りのため一計を案じる。翌朝。必人はビーダマンが無くなった事に気付き……。　一方コン太もちょっと目を離した隙にビーダマンを盗まれてしまい、二人は犯人からの電話で現場へ向かう。そこには何故かナナが人質になっており、取り戻したビーダマンで必人とコン太はナナ救出に向かうのだった。

　必人への差し入れを持って夜道を行くナナは、突然道を転がり落ちるドラム缶に追われるビーダーたちの姿を目撃する。どうやらそれはビーダーたちを罠に陥れるビーダマントラッパー・バクの仕業だった。コン太と共にバク退治に出る必人。だが、ドラム缶の攻撃でとある倉庫へ閉じ込められトラッパーのゲームに挑戦する羽目に。コン太との協力プレイでこれを切り抜けていく必人だったが！？

　海に向かい一人ショットの練習に打ち込む少年・シュン。その彼の前に現れるコドウ。彼は必人をビーダマンの性能に頼りきったビーダーだと言い、実力で性能差を埋めて勝つ術を教えると持ち掛ける。そしてコドウと特訓を重ねたシュンは、必人との戦いの場を作るため黒駒と金蔵、銀蔵を味方に付けるのだった。知らぬ間にシュンとバトルする羽目になった必人は結局勝負の場に出るが、シュンの予想以上の実力に苦戦を強いられる！

　多くの猛者を集めて開催されるＢ−１クラッシュカップ。闘志を燃やす必人と対照的にコドウは大会を壊そうと目論んでいた。しかし薄暗い路地でデビルビーダーと化したテルマに襲われたコドウはビーダマンの性能差の前に苦戦を強いられる。その場は何とか凌いだが次は勝てない……そんな彼の元に古い屋敷の蔵から発見されたビーダマンの情報が舞い込んだ。コドウはその中身を確かめるべく屋敷へ向かった。そこで見た物は……。

　Ｂ―１クラッシュカップ開幕！　その最初の課題は何とその場にいるビーダーたちに即席の３人チームを作れと言うもの。必人は手間取りながらもコン太、銃兵衛とチームを組み次のステージに進む。コン太は３人の連携を考えて作戦を立てるが、必人の勢いが空回り気味で思うように行かず遂には仲違いする羽目に。だが、その窮地を救ったのは銃兵衛の一言だった。その間にも有力チームが勝ち抜けていく……必人たちは勝ち残れるのか？

　勝ち抜けた３０人を８人に絞り込む第２ステージ。波間に浮かぶ廃船に設置された８つの樽が今回のターゲットだ。波や風、更には潮が満ち引きにも左右される中、皆がボートで競い合う。そんな中で海を汚さないよう無駄弾を打たないでくれと頼む少年・海人。多くのビーダーがそれを無視する中、なるほどと納得した必人はコン太のアドバイスを受けつつ敢えて波の荒い場所へと向かう。だがそんな必人を逆恨みする黒駒たちの妨害が！　ボートに穴を開けられ樽を撃つどころではなくなってしまった必人は……？！

　準決勝第１試合は銃兵衛ｖｓテルマ。舞台は何と泥のフィールドだ！　ターゲットを撃つには周囲のバリケードを突破しなければならないが、ビー玉は泥の壁にめり込んでしまい思うようにならない。足場も悪く銃兵衛もテルマも大苦戦。テルマは泥が波打ち泥まみれになる中、悪と化してしまう。ようやく自分なりの突破口を見出し一気にターゲットへ迫る二人。ほぼ同時にターゲットを撃破、判定にもつれ込むのだった！　そして第２試合。必人は海人との対決となるが……？！

　水上に吊られた龍に乗り、打ち上げられるコインを狙い撃つクレースナイプバトルの第３試合。コン太ｖｓシュンの対決が始まる！ だが、あろう事かコン太は高所恐怖症で足がすくんでしまいまともにショット出来ない。見かねた必人は体を張ってプールに飛び込みターゲットに集中しろと叫ぶ。シュンに大きく差を付けられてしまったコン太だが、必人のエールで開き直り猛烈な追い上げに入る。果たしてその成果は……？

　いよいよ準決勝。対するはコン太とコドウの２人。しかし試合前にコン太にとって最悪の強敵、３人の姉が現れた！　彼女たちは本来家族旅行の予定だったのすっぽかしたコン太を連れ戻しに来たのだ。頭を下げて試合に出たいと願うコン太に、姉の春子は負けたらビーダマンを止める条件を突き付ける。だが、強敵コドウを前に気持ちが空回りし思うように戦えないコン太は？