いつもと変わらぬ必人とこの大会の破壊を目論むコドウ。対照的な２人が遂に迎えた決勝。だがコン太が危惧した通り、実力はコドウが遥かに上回り、ペガサス＆ワイバーンの二丁ビーダマンを駆使して１戦目を軽くクリア。２戦目を落とせない必人は負けじと頑張るが、活路を見出せず諦めそうになってしまう。だがそれを支えたのはコン太、ナナ、銃兵衛たちの声援だった。気合と共に放たれるクラッシュバレット！　勝負の行方は？！

　徒党を組んで街中を暴走し、ビーダマンで手当たり次第に破壊の限りを尽くすチーム・ダークリザード。Ｂパークにも現れた彼らはその場に居合わせた必人たちをも巻き込んで騒ぎを起こす。その有様に憤慨する必人。ダークリザードの幹部、岡大蔵はＢ−１クラッシュカップ準優勝の必人に興味を覚え、勝負して自分を倒せば無法をやめてやると持ちかけた。ならばと受けて立った必人だが、その無法っぷりに散々引っ掻き回され……。

　前回の一件で必人に目をつけた岡大蔵は、新たにギララとコブラの２人を刺客として差し向ける。一方久々に登場の鳥賀教授は必人に新パーツを持って来るも、これが失敗作。手間を取られた必人はコン太との約束に遅れる羽目になり、コン太は１人、Ｂタワーに現れたギララとコブラと対峙することになるのだった。だが手段を問わない刺客にコン太は不覚を取り、ようやく駆けつけた必人とも心がすれ違ってしまう。

謎の黒幕の元に集う４人のビーダー。その中にはコドウと岡大蔵の姿もある。彼らは黒幕の命を受けて形ある物を打ち壊すべくビーダマンを使うのだ。彼らはまた必人の父親である玉賀博士の行方を追っていたが、足取りは掴めずにいた。そこで４人の内の１人、竹市伴平は手下を使って必人を仲間に引き入れようと画策する。彼もまた１ビーダーを装って必人に近づき、意気投合すると見せて友達となるのだが……。

ナナに連れられてゴルフの練習場に来た必人たち。打ったゴルフボールをビーダマンで狙い撃つのが目的だ。そこへ久しぶりに現れる鳥賀教授だが、持ってきた新しいビーダマンは相変わらずロクでもない代物で……。しかしそんな鳥賀博士の身柄を狙う者がいた。竹市伴平はある目的のためビーダマンの開発者を集めていたのだ。博士が必人たちといる事を知った伴平は、彼らを自分のコースに招待し練習試合を持ちかけるのだった。

父親からのメッセージを受け取った必人は鳥賀博士をさらったダークリザードの足取りを追っていた。その途中、辿り着いたのはダラミが経営するカジノ。そこではビーダマンを使った様々なゲームが行われていた。だが、カジノは楽しい事ばかりではない。必人たちはそこでマイクという少年に出会うが、彼の父親はマイクの作ったビーダマンを持ち出しては夜な夜なカジノへ入り浸っていたのだ…。

黒い男の指令を受け、ウッディダウンで開催されるビーダマンの大会をぶち壊す岡大蔵とその手下たち。ダークリザードを追って街に立ち寄った必人たちはその惨状を目の当たりにし、コン太や銃兵衛の提案で街の周囲にある大自然を利用したコース作りを役員たちと始めるのだった。おかげで大会は無事開催される運びになったが、事情を察知した大蔵は今度こそとばかり妨害に掛かり、必人たちもこれを防ぐべく立ち上がるが……。

ダークリザードの足取りを追う必人たちを他所に、捕まった筈の鳥賀博士は全くのマイペース。玉賀博士の行方を聞き出す事も出来ず痺れを切らした伴平は、必人たちを倒すべくトラッパーのサブを使い罠を仕掛けるのだった。一方、捜索を再開した必人たちは伴平が店からビーダマンを盗む現場に遭遇する。捕まえて話を聞いてみると、ダークリザードに父親がさらわれたと言う。他人事に思えぬ必人は伴平を信じるのだが……。

旅の道中、高級ブティックの立ち並ぶ通りを歩く必人たち。ナナはその中で気に入った商品を見つけるが、何とその店からダラミが出てくるのに鉢合わせる。必人は急ぎコン太、銃兵衛と共に後を追う。一方ナナも目当ての品をダラミが買ったと聞き、その店でバイトしていたテルマと共にダラミの城へ。しかしそこには鳥賀博士を奪い返そうと伴平の送り込んだダークリザードまでが集まってきていたのだった。

北の町へと辿り着いた必人たちだが、町は何故か活気も人影もなく、何とビーダマン大会を行うはずだった会場も放置されたままの有様。そんな中でビーダマン好きな３兄弟や町の町長と出会った必人は、ビーダーだった町の人々が次々と姿を消してしまう事件があった事を知る。もしやダークリザードの仕業かと探りを入れてみると、何と会場の地下にトラッパーのバクが？！　しかもそこには新たなトラップコースが作られていたのだ。

行方不明になった北の町の人々。彼らはダークリザードに囚われ、ビーダマン製造の為に働かされていた。彼らを救うべく再び現場に向かおうとする必人たちは、３兄弟の父親の釧路と出会う。彼も仲間を救うべく地下工場を逃げ出してきたのだ。釧路の案内で地下に潜入する必人たちだが、罠によって分断さ
れ、ダークリザードに教育された少年ビーダーに迎撃され事に。そして必人の前には最大の強敵が現れる。その名は蔵木コドウ！！

釧路親子を救出した代償にイフリートを失った必人。だが、今は地下に閉じ込められた人々の救出も急ぐべきとコン太と銃兵衛は必人が立ち直る事を信じて地下へ向かった。ナナはその場に残り川に潜ってイフリートのコアを探す必人を見守るが、やがて無理がたたって必人は下流へと流されてしまう。ようやく川から上がり力の無さを嘆く必人。そこへ突然現れた覆面ビーダー。彼は必人に勝負を挑み、新たなビーダマンを手渡すのだった。バトルはダークリザードが山中に作ったトラップを使った危険な物だったが、何故か馴染む新しいビーダマンを片手に必人はこれをクリアしていく。

新たなビーダマン「ジャスティスイフリート」を手にした必人は、コン太たちの後を追って地下工場へ向かった。が、黒幕は町長に非情の決定を下す。必人たちをまとめて葬ろうというのだ。ダークリザードのビーダーたちを率いた町長は数に物を言わせて必人たちをビー玉で生き埋めにしようとするが、機転を利かせた必人の一撃で状況は一転し大混乱に。町長は遂に工場の爆破させるが、バクや捕まった人たちを救うため必人はナナと共に奥へ進んで行く！