ついに王都・テッペリン目前までたどりついた大グレン団。
息つく間もなくテッペンリン攻略戦の幕が切って落とされる。大グレン団の前に立ちふさがる四天王の旗艦ダイガンド＆ダイガンテン。地上で、空中で互いのガンメンがぶつかり激しい火花を散らす。2隻の戦艦ガンメン相手にダイグレンは苦戦を強いられる。

シモンたちの前で、崩壊を始めるテッペリン。その正体は都市そのものが巨大なガンメンだった！大グレン団の面々が呆然とする中、引き寄せられるように天空へ向かうグレンラガン。雲海を越えるほどの上空にしつらえられた玉座に座る一人の男。ついに螺旋王ロージェノムと相対する！

これは、まだ運命に気づかぬ一人の男の物語。
シモンとカミナ、二人の男が地下の村から地上へ突き抜けて始まった、遥かなる旅。
見知らぬ世界、新たな仲間たち、そして別れ。
絶望の淵で見つけた出会い。

物語の欠片を紡いで語る「総集片」が今、ここに始まる。

テッペリンの決戦から7年後…。
地上に解放された人々は、螺旋王の残したテクノロジーをもとに瞬く間に文明を構築していく。その進歩は急激で、月に探査ガンメンを打ちだすまでに発達していた。そんな中であるものは結婚して子供をもうけ、またあるものは新天地を目指し旅立っていった。
新政府の総司令の座に着いたシモン。公務に忙殺される日々をぬってニアにプロポーズする。

螺旋王ロージェノムの予言通り、地上の人間の数が100万人になった瞬間に現れた正体不明の兵器。そして人類に宣戦布告したのはシモンたちにとって全く予想のできない人物…ニアだった。
かろうじて敵を撃退したシモンは真相をただすべく、彼女の姿を求めてカミナシティをさまようのだった。

ムガンを撃退し帰還したシモンはロシウによって逮捕され、そのまま独房に監禁される。
カミナシティでの戦闘行為や月落下を知って、暴動を起こした民衆を鎮めるにはこの方法しかないと言い放つロシウに対し、キタンやダヤッカらグレン団のメンバーは最初はいきり立つものの何も言い返せない。

カミナシティに帰還したシモンは死刑囚として監獄に収監される。そこにはかつてのライバル・ヴィラルも投獄されていた…。
迫りくる日にそなえ、人間の地下への避難とカミナシティ地下深くに隠されていた螺旋王の遺産・アークグレンの起動準備を急がせるロシウ。ロシウの活動にある不審を抱くキタンだが、行動の裏に隠された真の意味を知り驚愕する。

地下から出てきた人間たちが暮らすコレハナ島の小学校に、一人の新任教師が赴任してくる。その女教師は瞬く間に島の生活にとけこみ、生徒たちに慕われる。
彼女の生徒の一人・ナキムは父親をなくしてこの島に移り住んだものの、島の生活になじめず、同級生ともうまく付き合うことができないでいた。そんななか、彼のかばんが校庭の大木のてっぺんに吊り下げられるという事件が起きる。

宇宙へ脱出したアークグレンを、軌道上で襲うムガンの大編隊。
ギミーたちグラパール隊の奮戦もむなしく、アークグレンの損害は増大していく。
ロシウらアークグレンのクルーが絶望のふちに立たされたそのとき、ブリッジに響くシモンの声！
「あきらめるな！ロシウ！」

圧倒的なアンチスパイラルの猛攻を防ぎきり、逆転勝利を収めた大グレン団は、その勝利の余韻も覚めやらぬまま、アンチスパイラルの本拠地探索を開始する。

人類の未来と愛するニアを救うため、次元の狭間にあるというアンチスパイラルの母星を目指すシモンと大グレン団。
その行く手を阻むように船隊が現れて…？！

アンチスパイラルの新たなる攻撃にさらされる超銀河ダイグレン。罠を打ち破るため、シモンたちは一見無謀にすら思える捨て身の作戦に出る！？

アンチスパイラルの罠を突き破り、ついに変形を完成させ、大銀河に立ち上がる超銀河グレンラガン！その圧倒的な力は立ちふさがる敵艦隊を駆逐していくが…。

詳細が入り次第随時更新いたします。