アメリカ西海岸・センターシティ。ヒーローに憧れる少年・ジョーイは、この街で祖母と二人暮らし。貧しさの為アルバイトに励みながらも、皮肉屋で一匹狼のクラスメート・サイや、明るく元気なお嬢様・リナに囲まれ楽しい日々を送っていた。ある日、ジョーイは捨てられていたロボットの玩具を拾うと、修理を施し"ヒーローマン"と名前を付ける。ところが、その玩具に稲妻が直撃！驚くジョーイの目前には、巨大化した"ヒーローマン"が誕生していた！

ヒーローマンの力を目の当たりにしたジョーイは、嬉しさと共に戸惑いを隠せないでいた。自分はこの力をどうするべきか、ヒーローマンの存在について悩んでしまう。そんな中、地球は謎の生命体"スクラッグ"による侵略が開始されようとしていた。それを知ったジョーイは、宇宙との交信を行っていたデントンの元へと危機を知らせるべく駆けつける。しかし、そこへ武器を持ったスクラッグが出現！そして有ろうことかリナも遭遇してしまい！？

センターシティ上空に現れた巨大な宇宙船は、大量のスクラッグを地上へと送り込んでいく。軍の力を持ってしても太刀打ち出来ない彼らの攻撃に、人々はただ逃げ惑うしかなかった。ジョーイは破壊された街並みにショックを受けながらも、サイと共に祖母のいる家へと急いでいた。しかし、スクラッグが現れて行く手を阻まれてしまう。ジョーイは意を決してヒーローマンを起動させると、自らも敵へと立ち向かっていく。

"自分こそがヒーローだ"その思いに駆られたウィルはニックを連れて、スクラッグの武器を奪うべく敵のアジトへと潜入する。一方、ジョーイは祖母を避難所へ送り届けると、情報を求めてデントンの元へ向かう。かたや、ゴゴールは巨大な"タマ"による攻撃を開始する。しかも、そのタマは一直線に、祖母やリナがいる避難所へと向かって転がり始めていた。ジョーイはヒーローマンと共に、その進行を食い止めようと挑んでいく。

街を破壊しながら転がり続けるタマに、ジョーイ達はなす術なく立ち尽くしていた。スクラッグを放っておけないジョーイは、打開策もないまま再び戦いに行く事を決意する。そこでデントンは、スクラッグの武器を改造して作り上げた"ギター兵器"をサイに託す。その武器を携えて街へとやって来たジョーイ達は、大量のスクラッグを相手に、地の利を生かした作戦を展開する。そんな中、彼らの前に新たな脅威が訪れようとしていた・・・。

突如出現した新たな敵に、打ちのめされるジョーイ達。一方、スクラッグの情報を分析していたデントンは、５つのタマが主要国の要所へと向かっていることを突き止めていた。そのうちの一つは、ホワイトハウスだった。ただ転がっているだけだと思われていたタマは、全世界を破壊へと導く、人類を知りつくした攻撃だったのだ。この事実に一同は、驚愕し焦りを募らせていく。タイムリミットの近付く中、ジョーイ達は敵の本拠地へと向かう決意を固める。

人類存亡の危機を前に、大統領は核使用の決断を迫られていた。そんな彼の前に現れたのは、マッドサイエンティスト "ドクターミナミ"。彼は核を使うことなく、タマを止めてみせるという。一方、スクラッグの本拠地へと侵入を果たしたジョーイ達は、陽動作戦を取るため二手に分かれることにする。そんな彼らを出迎えたのは、再度洗脳されたウィルとニックであった。襲いかかってくる二人を前に、ジョーイは洗脳を解こうと画策するが・・・。

タマのコントロールを破壊するため、スクラッグの基地へと潜入したデントンとサイであったが、すぐに敵に取り囲まれ、ギター兵器で応戦するも先へ進むことが出来ずにいた。そこへスクラッグの首領・ゴゴールも現れて、絶体絶命のピンチに追い込まれる。そんな二人を窮地から救ったのは、駆けつけてきたジョーイとヒーローマンだった。ついに、最強の力を持つゴゴールとヒーローマンの、決戦の火蓋が切られる！！

ゴゴールの残忍な攻撃を受け、立ち上がることが出来ないジョーイ。その姿を目の当たりにしたヒーローマンは、今までには無い強大なエネルギーを発し始める。それはヒーローマンの、暴走した力だった。一方、猛進し続けるタマを前にして、ドクターミナミは余裕の表情を見せていた。彼にはタマを止める目的とは別に、一つの企みがあったのだ。そして、全世界の人々が固唾を呑む中、人類とスクラッグとの戦いは最終局面を迎える・・・！！

スクラッグとの戦いから三ヶ月、センターシティは平和を取り戻しつつあった。バイト量が２倍に増えたジョーイは忙しく働きながらも、復興作業に精を出す人々の元気な姿に喜びを感じていた。そんな中、ウィルから永遠の別れを告げられたリナは、一人笑顔を失くしていた。リナはその悲しみを乗り越えようと、勇気を出してジョーイをデートに誘おうとする。ところが、そんな彼女の思いを阻むかのように、様々な邪魔が入ってしまい・・！？

センターシティの復興作業を影で行う"ゴースト"の存在に、合衆国政府はスクラッグとの関連性を危惧していた。調査を任された大統領直属機関ＮＩＡ所属のヒューズは、"ゴースト"との接触をねらい独自の計略をめぐらす。それは確実に、ジョーイとヒーローマンを追い詰めていくのだった----。その頃、ジョーイの元にベースを背負った謎の女が訪れていた。彼女との久しぶりの再会は、ジョーイにとって悪夢の始まりとなる・・・。

心待ちにしていた"初デート"を迎えたジョーイとリナ。二人は初々しい様子で、ショッピングや海での水遊びを楽しんでいた。ところが、そんな幸せ一杯の二人をよそに、水面下では野次馬たちの良からぬ計画が進行しつつあったのだ。おせっかいなサイにデントン、そして弟のデートをぶち壊そうと目論むホリーによって、順調かに見えたデートに暗雲が立ち込める。ジョーイは様々な障害を切り抜け、リナを喜ばせようと奮闘するが・・・。

リナとのデートを満喫したジョーイ。ところが、至福の時はデントンからの緊急事態を知らせる電話によって一変してしまう。急いでデントン、サイの元へと合流したジョーイは、そこで政府が正式にヒーローマンをスクラッグの残党として発表したことを知る。真実が歪められていく現実に、ジョーイ達はやり切れなさを募らせていく。一行はヒーローマンの濡れ衣を晴らすため、センターシティに張られた包囲網からの脱出を決意するのだった。