ジョーイ達はセンターシティからの脱出を成功させ、一路デントンの知り合いのいるネバダを目指していた。世界を救ったはずのヒーローマンが、今度は合衆国の敵として追われることに、ジョーイは悩み苦しむ。やがて思いつめたジョーイはリナへと連絡を取るも、ヒューズ達に居場所を探知され追い詰められていくのだった。逃げ場を失った一行はジョーイとヒーローマンを守るために、自らの身を挺して立ち向かっていくが・・・。

仲間と別れ、一人森を進むジョーイ。そんな傷心の彼の前に現れたのは、ヒリーの店で常連のヒューズだった。彼は自分の正体を包み隠さずに明かすと、ジョーイに対話を求める。その真摯な姿勢に、はじめは警戒をしていたジョーイであったが・・・。一方、ヒーローマンを探索していたミナミは、私怨に駆られた末にＭＲ―１を操り暴走を始める。その攻撃はジョーイ達に向けられ、ついにヒーローマンとミナミの因縁の対決が開始される！

執拗にヒーローマンへの攻撃を続けるドクターミナミ。攻防戦は長時間におよび、ジョーイとヒーローマンの体力を徐々に奪い始めていた。繰り広げられる激しい交戦の末、戦闘はダムへともつれ込む。見境のないミナミの攻撃は徐々にダムを破壊し始め、ジョーイ達は更なる被害を避けるためダムを庇いながらの戦闘を強いられる。ミナミの無差別な猛攻を前に、ヒーローマンは自らの体を盾に戦い続けるが・・・。

最近発生し続けている様々な施設を狙った"襲撃事件"。そこに一つの共通点を見出したデントンは、その目的が"スクラッグ"に関係していることをジョーイ達に告げる。スクラッグにまつわる事件であることに危機感を覚えた一行は、一連の襲撃事件の犯人を自ら誘い出そうと作戦を練る。準備万端でジョーイ達は犯人を待ち構えるが、そんな彼らを突然の爆発が襲い、"意外な人物"が目の前に現れる。犯人の正体、その目的にジョーイ達は・・・。

ヒューズの計らいで、政府所有の無人島へと招待されたジョーイ達。人目を気にせずにヒーローマン共々、夏のバカンスを堪能していた。夜も更けた頃、ジョーイ達はお約束の怪談話を始めることに。サイによって語られるのは、この島に古くから伝わる呪われた魔物の話。そんな中、その話に呼応するかのように現実に起こり始める恐ろしい現象の数々。やがてジョーイ達は、閉鎖されたこの島で恐怖の体験をする事に・・・。

ジョーイ達の訪れたこの島は、"謎の生命体"によって支配されていた。仲間とはぐれてしまったジョーイとリナは、ヒーローマン達を探して森の奥深くへと進んでいく。その先でジョーイが目にしたもの、それは謎の生命体による攻撃を受け、身動きの取れなくなったヒーローマンの姿だった。ジョーイは、いつも助けてもらっているヒーローマンを今度は自分が助けようと、攻撃を仕掛けてくる生命体へと果敢に立ち向かう。

デントンに連れられ、土採取に来ていたジョーイとサイ。そこは、最近連続して起きている謎の失踪事件の現場の一つだった。ところがその日を境にして、今度はデントンの行方が分からなくなってしまう。心配したジョーイとサイは捜索を開始するが、その事を聞きつけたホリーによって調査はあらぬ方向へと進むことに。"迷"探偵に振り回されるジョーイ達であったが、やがて失踪事件の唯一の目撃者である一人の少女へと辿り着く。

デントンの行方を追うジョーイとサイの目の前で、またも誘拐事件が発生してしまう。その場に居合わせたにも関わらず防ぐことの出来なかったことに、ジョーイは焦りと共に苛立ちを隠せない。見かねたサイはジョーイに、自分がまだ足を怪我する前、フットボール選手時代の出来事を話し始めるのだった。やがて、一行はデントンの残した謎のメモにより犯人のアジトを突き止める。ジョーイとサイは自分自身のリベンジを掛け、戦いに挑む。

今から１３年前――。炭鉱で起きた火災事故は、ジョーイの父親であるブライアンの命を奪い去っていった。仲間を救うために行動したブライアンを、街の人々はセンターシティの"ヒーロー"だと話す。ジョーイはそんな父親に"ヒーロー"像を重ねていた。だが、ホリーにとって父親とは決してそのような人物では無かったという。姉の発言から今の自分に迷いが生じたジョーイは、"ヒーロー"について改めて考え始める。

最近起きていた一連の事件の裏に "スクラッグの遺産"が関係していたことが判明した。ジョーイ達は直ちにスクラッグの残党の存在を探り始める。しかし、水面下で動き続けていたスクラッグの陰謀は、ホワイトハウスへの急襲という最悪の形で人類の前へと姿を現すのだった。ホワイトハウスの周辺一体は、謎の植物の増殖により壊滅的状況に陥っていく。再び訪れた脅威を前に、ジョーイは世界の命運を掛けた戦いへの覚悟を決める。

敵地へと乗り込んだジョーイとヒーローマンは、次々と襲いくるスクラッグを相手に戦闘を繰り広げていた。大統領の安否の分からない状況で軍の大規模な攻撃は叶わず、彼らはたった二人での戦いを強いられていく。そんな中、キーシャ達を乗せた報道ヘリが上空に出現、戦闘の様子を全世界へと放送し始める。ヒーローマンと共に闘う一人の少年の姿に世界は――。やがて、敵の中枢部へと迫ったジョーイ達の前に、史上最悪の"敵"が復活を遂げようとしていた。

スクラッグの真の目的、それは首領"ゴゴール"の復活だった。再び立ちはだかる宿敵を前に、ジョーイ達は臆することなく立ち上がる。しかし、ゴゴールの覚醒は序章でしかなく、更なる危機が彼らを待ち受けていたのだった。その頃、デントン達を乗せたMR－１は一路ホワイトハウスへと向かっていた。大切な仲間が集結していく中、最悪の状況を打破すべくジョーイとヒーローマンはある賭けに出るが・・・。物語は終にクライマックスを迎える――！

ヒーローに憧れる一人の少年は、"ヒーローマン"と出会い幾多の戦いを乗り越え成長を遂げてきた。そして今――。世界が滅亡へと向かおうとする時、力を得た少年・ジョーイはたった一人で人類最強の敵"ゴゴール"に立ち向かおうとしていた。世界を、仲間を、大切な人を守るため、ジョーイは固く決意していく。その強い眼差しの先に見えているのは輝く未来か、それとも――。今ここに真の"ヒーロー"が誕生する・・・！！