「ヒョウ仮面はいままで一体どこにいたんだろう？」と考えるキルミンズに、神浜森林公園近くの祠の水を飲むと妖怪になるというニュースが舞い込んできた。その真実を確かめようと祠に向かったキルミンズの前に立ちはだかったのは、祠を守る妖怪たちだった？！ピンチを切り抜けようとキルミンでねずみになろうとしたケンでしたが、なんと･･･

リコたちのようにキルバラ変身もできず、とうとうネズミにも変身できなくなったケン。
みんなの励ましも逆効果で、ついにリコにキルミンを返して･･･「キルミンズをやめる」と宣言！ショックを受けるリコたちはそれでも妖怪の謎を解明しようと再び祠に向かいます。一方、ケンはカノンに誘われるまま、カノンの家に迎えられます。２人っきりになったそのとき、カノンはついに―！

太陽が照りつけるビーチで、着ぐるみモードのリコとリム。
ナギサがバナナボートを探している間、ビーチにパラソルを立てた２人は、キンキンに冷えたかき氷を食べながら、これまでに出会った人たちの思い出をのんびり話しはじめます。

キルミンズのミーティング中、屋根裏部屋の壁が突然動き出した！新たな空間で見つけたユウキ博士のビデオを見ていると、誰もいないハズのお家から誰かの声が聞こえてきます。もしかして泥棒？！リコたちは早速、ナゾの侵入者をつかまえようとしますが―果たして、リコたちはお家を守りきれるの？！

市役所では、白ヤギと黒ヤギが突然出てきては書類を食べてしまうという事件が発生！
世界遺産計画の書類もそのヤギに食べられてしまったミサはあることに気づいて、桐野と大造に命令をしますが、２人はカノンに助けを求めて―。一方、リコたちキルミンズもハルカから事件の調査を依頼され、市役所に向かいます。さて、事件の真相は？

リコたちがアニマリアンだった！というおどろきの事実にもいつもと変わらないキルミンズの面々。じゃあ、今まで出会ったアニマリアンはどこからやってきたんだろうと考えていたその時、目の前で男の子がペンギンになった！追いかけるリコたちはペンギンのアニマリアンをつかまえられるでしょうか。
一方、カノンはミサから海外からやってくる純血アニマリアンとのお見合いを言い渡されて―

夏の課外授業でやってきた海で、リコたちはルミコ先生の彼氏に遭遇！ルミコ先生の彼氏にアヤシイにおいを感じたキルミンズは、ちょうど居合わせたカノンと一緒に正体を暴こうとするけれど、実はなんと―！
一方、その海には二ツ木から「実験」に招待をされたミサにアニマリアン牙組もいあわせていたのだった！

神浜市がジャングルになった！？ある朝、神浜市のいたるところに熱帯植物が群生していて、街はパニック！しかも、中央公園では人間が突然動物になったとアニマル課の2人から連絡が入ったキルミンズは事態の解決に向かうのだけれど―。
リコたちキルミンズは、動物になった人たちを元の姿にもどせるの？

ペット行方不明事件で居場所がわからなくなっていたペットたちが突然戻ってきた！？今までどこにいたのか動物たちから話を聞いてほしいとアニマル課から依頼をうけるリコたちキルミンズ。
そんなキルミンズのもとに怪盗ビューティ・バットから予告状が届く。
ビューティ・バットが狙うのはキルミンだと考えたリコたちは、キルミンを守ろうと手段を考えますが･･･。

怪盗ビューティ・バットの正体はカノンだった！驚くキルミンズの前から逃げるカノンの前にあらわれた二ツ木は「おじいさまにあわせてあげる」と言い出して、導かれるままついていくことに･･･。
それを見たリコたちは、カノンを二ツ木から助けようと追いかけるものの、逆につかまってしまって―果たしてリコたちは無事にカノンを二ツ木から助けることができるの？！

キノコ男こと二ツ木に連れ去られてしまったカノンを助けようと、地下のＵＦＯ施設を縦横無尽に駆け回るリコとケン。２人を追ってきた、リム・ナギサ・タマオは同じＵＦＯ施設の中で、かつて遭遇した学校七不思議の怪人さんに遭遇してしまって、絶体絶命の危機？！
そして、カノンは二ツ木におじいさんが眠っている棺の元へ案内されるのですが―。

神浜市で起こっていた一連の動物にかかわる不思議な事件も今日で決着！？ついに地下のＵＦＯ施設で一堂に会したキルミンズにカノンたちだったけれど、突然起きてきたルーファスに大混乱！必死に話しかけても声が届かなくて途方に暮れるカノンのために、キルミンズが立ち上がる！
どうする？どうなる？神浜キルミンズはみんなを助けることができるのか？！