今から三十年前、東京は「大崩壊」と呼ばれる大地震で、全ての都市機能が新都へと移された。その後、旧都には警察でも解決できない不思議な事件が起こるようになる。「日向マユキ」彼はそんな事件を素敵に解決してしまう美しい十二歳の少年。警視庁捜査一課、戸丸刑事、猪神刑事は事件捜査のため。聖州院学園六年生、みのり、幸太、楽太は、肝試しのため。彼の住む森の中の洋館へ集まってきた。

警視庁捜査一課の戸丸、猪神、両刑事は愕然としていた。データベースをどんなに探しても「日向マユキ」に関するデータがないからだ。一方、マユキは初めての学校登校で緊張していた。そんなとき、緑地公園、グリーンヒルズで爆破予告事件が起こる。次の爆破予告地点は、マユキの通う聖州院学園から近いヤマフジパン工場。それを知ったマユキは、いてもたってもいられなくなり学校を抜け出し事件現場へと向かってしまう。

学校に登校してくるなり、いつものようにクラスの女子に囲まれるマユキ。その、様子を面白くなさそうに見る少年がいた。幸太だ。壊れた置物を直してもらおうと、マユキを捕まえるみのり。無理だよと困り果てるマユキをよそに、幸太は同じものが手に入る場所を知っていると得意げに話す。マユキ、みのり、幸太、楽太はそこへ向かうことを決める。その場所とは永久立ち入り禁止区域にある「東京タワー」だった。

東京タワーで突如、爆発が起こった。エレベーターに乗っていた、みのりと楽太は閉じ込められてしまう。みのりは足をくじいて動けない。電源の入っていないエレベーターの扉はビクともしない、焦る幸太。一方マユキは、一刻も早く電源を回復させて二人を救出したいと、特別展望室から電源室のあるフットタウン地下一階へと目指す。しかし、頼みの綱の非常階段を見たマユキと幸太は絶望する事となった。

マユキ達は学校を休みがちな、ややちゃんのお見舞いに行くことになった。ややの兄七郎からややを初め、沢山の鉱物粉塵アレルギー患者が町にいることを知る。本日、元凶である講談金属工業を訴える裁判が行われる。その重要参考人が七郎である。なんとしても裁判所に行きたい七郎。しかし、それを妨害しようとする人物たちが居ることを聞いたマユキ達は心配し、七郎を裁判所まで送り届けることを決める。

マユキ達は七郎と車で裁判所へ向かっていた。途中、何者かに妨害されて高速道路が使えなくなってしまう。しかたなく旧都から新都行きの電車「第二山手線」を使い新都へと向かう。しかし、第二山手線の列車の中で異変が起こる。隣の車両に乗っていたはずの七郎が駅についても降りてこないのだ。裁判までの時間は一時間をきっている。マユキ達は消えた七郎の行方を捜すのだが...

六ツ森ヒルズ最上階で開催されている「世界の紅茶展」。マユキは上機嫌だった。大好きな奥津伊左久監督作品の「紅茶大王」を見れたからだ。
一方、警視庁捜査一課の戸丸都らは、「東京革命軍」と名乗るテロリストから、六ツ森ヒルズ爆破予告をうける。マユキ達は六ツ森ヒルズに25年勤めていたという老人を先頭に、脱出を試みる。
都とまゆき、爆破に関する予告と事実が食い違うとき、マユキはある異変に気づき始めた。

若草萌黄女子高校に通う初美の友達、水城雛子は教師の椋野利昌と付き合う権利を買うために金を渡していた。初美は雛子のために、椋野と放課後の音楽室で話しをすることを取り決める。一方、都たちはある通報を受け。「殺人鬼ハサミ女」の怪談話しのある若草萌黄女子高校の音楽室に向かっていた。怖がる都が音楽室の扉を開けると、そこには死体とハサミを持った初美の姿があった。

初美の疑惑を解くために、真犯人を突き止めることを決意するマユキ。被害者が働いていたもう一つの職場、ホストクラブ、バロックのロッカールームでマユキは日本に三つしか輸入されていないR＆E社限定のオリエンタルビューティーを見つける。聖州院学園、紅茶の支度を始める逸美先生の茶葉の缶を見つめるマユキ。犯人の目星をつけたマユキは、自分の能力を悲しく思うのだった。

登ることが不可能な北池袋にある50メートルの電波塔の先端に男が串刺しになっていた。事件当日、台風のため上空からもアプローチは出来ない。都と猪神は幻夢事件へと認定させまいと事件早期解決を決意する。一方マユキは大好きな逸美先生の事件で心を痛めていた。度重なる幻夢事件の裏で、何者かが暗躍しているのを感じていたマユキは、自らの意思で幻夢事件に立ち向かっていくことを決意する。

窃盗放火事件の容疑者が、容疑をかけられた途端に事故死した事を知った警視庁捜査一課の都と猪神は、タイミングが良すぎるその事故に疑惑を持つ。「電波塔串刺し事件」と「窃盗放火事件」の関連性をつかんだ都達は真犯人を突き止めるべく動き始める。一方、マユキは事件の真犯人を探すと共に、事件を陰で操っている黒幕を追うのだが...

「神宮ハワイアンパーク」のプール招待券を福引で当てたみのりは、マユキ達を誘ってプールに行く事を決める。それぞれ、新しい水着を自慢する、みのり、やや、初美、さなえ。女の子がマユキばかりに夢中なのが面白くない幸太は、自分が注目されるためにプールでコイン探しゲームをすることを提案する。一方、都はマユキの事を詮索するために単身で日向家に訪れていた。

旧都で次々と女性がいなくなる事件が起きた。犯行現場には必ず数字が１から順に書かれたカードが置かれている。しかし、「７の数字のカード」だけ、まだ残されていなかった。その頃、マユキの力を借りるべく日向家を訪れた都と猪神は、マユキ達と和泉家へ食事に行く事となる。その帰り、事件は起こった。さなえが何者かにさらわれたのだ。犯行現場に残された「７の数字のカード」を手に握り締めたマユキはさなえの救出を決意する。