部下の報告を受け、第二試験に大蛇丸が入りこんでいると直感した試験官・アンコ。彼女は、大蛇丸を止めるためについせきを開始する。しかし、特別上忍のアンコの力をもってしても大蛇丸を止めることはできなかった…。
　そんな中、サクラを想いつづけているリーのチームは、調子よく試験を進めていた。おなじころ、大蛇丸との戦いと徹夜のかんびょうのつかれがピークになっていたサクラを、大蛇丸の手先・音忍のドスたちがおそってきた！　つかれとおそれでふるえる腕をおさえつつ、必死にむかえうつサクラ。するとそこへ、「木の葉の美しき碧（あお）い野獣（やじゅう）」ロック・リーが登場！　愛するサクラをまもるため、音忍たちの前に立ちはだかる!!

　動けないサクラにかわって、リーは、３人の音忍にたったひとりで向かってゆく。必殺「表・蓮華（おもて・れんげ）」で音忍のひとり、ドスをせめるリー。しかし、彼らにはまったくきかなかった。さらに、音忍の攻撃を受け、リーはたおされてしまう。
　一方サクラは、「いつもまもってもらうばかりだった」と、自分の非力さをくやしく思っていた。そして、大切な人たちをまもるため、サクラは立ち上がり…。

　たったひとりで音忍たちと戦うサクラの前に、ライバル・いのチームがあらわれた！　木かげからサクラの戦うすがたを見ていたいのたちは、サクラをたすけに来たのだ。フォーメーション「いのシカチョウ」で音忍たちをおいつめようとするいのチームだったが…。

　すさまじいな力をもつサスケを前にして、音忍たちは去っていった。そして、傷ついたナルトたち一行に、つかの間の休息がおとずれた。
　いっぽう、塔についたキバたちは、数時間前に体験した砂隠れの下忍・我愛羅（ガアラ）のことを思い出していた…。
　犬の赤丸をつれたキバたちは、試験が開始してすぐに巻物を手に入れて塔にむかっていた。そのとちゅう、一行がむかう先にだれかがいると感じた赤丸が歩みをとめる。きょうみをもってその先へむかうキバたち。そこでは、砂隠れの里の我愛羅たちと、雨の里のシグレたちがむかいあっていた。「目があったやつはみなごろしする」という我愛羅があやつる砂からは、きょうれつな血のにおいがただよっていて…。

　音忍たちとの戦いの後、ナルトたちは傷をいやすため、つかの間の休息についていた。しかし、試験がはじまってすでに４日目。タイムリミットはあと１日ほどにせまっている。そんな中、ナルトがある提案をする。自分が持っている巻物で、試験で使われている「天の書」を作ってしまおうというのだ。さらに、中身までマネるために、開いてはならない「地の書」を開けてみようとする。
　いっぽう、木の葉の別のチームは、持っていた「地の書」を開いてしまったが…。