カブトと塔まで行動をともにすることにしたナルトたち。 ところが、そのとちゅうで雨隠れの下忍・朧（おぼろ）たちの幻術のワナにはまってしまう。 ずっと同じところを歩かされて体力をけずられたうえ、幻術で作られたいくつもの分身にかこまれたナルトたちは、 苦戦することに。ナルトは相手の分身をつぎつぎとたおそうとするが、その分身たちはたおされても消滅しない。 一方、サスケは写輪眼で敵の本体を見きわめようとするが、大蛇丸にほどこされた呪印が反応し、 力をうまく使うことができない。いらだつナルトは、影分身で敵の幻影をいっぺんにたおそうとするが…。

　塔にたどりついたナルトたちが２つの巻物を開くと、なんとイルカがあらわれた。そこでイルカは、３人に第二試験の合格をつげる。それを聞いて大よろこびのナルト。しかし、イルカには試験合格のほかにもうひとつつたえねばならないことがあった。それは、「中忍」としての心得（こころえ）。イルカは、アカデミーでの教え子たちに、ていねいにせつめいしていく。そのときイルカは、第二試験をのりこえたナルトたちをたのもしく感じていた。　一方アンコは、大蛇丸があらわれたことを火影につたえていた。火影は、大蛇丸の目的がサスケだとわかったうえで、中忍選抜試験をつづけるという。そして、ついに21人の第二試験合格者が決まった。

　第二試験通過者21名がそろった。集まった顔ぶれを見て、通過者たちはそれぞれさまざまな思いをめぐらせる。そして、彼らの前に三代目火影があらわれ、中忍試験の本当の目的を語りはじめる。それは、「同盟国間の戦争の縮図（しゅくず）」であるというものだった。命をけずって戦うことで、バランスをたもち、友好をたもってきたそれぞれの忍びの里が、おのおののかかえている忍者の力をしめす場なのだと。　そして、次の試験の課題が発表されることとなるが、その前に、第二試験の通過者が多すぎるため、第三試験の予選をただちに行うということとなり…。

　１対１の個人戦となった第三試験予選の最初の対戦は、サスケと大蛇丸の手先・ヨロイ。今年のＮＯ．１ルーキー・サスケに注目が集まる。しかし、開始してすぐ、サスケはヨロイにおいつめられる。サスケの呪印はチャクラに反応するため、得意の写輪眼がつかえず、さらに、サスケはヨロイにチャクラをすいこまれていく。そんな中、サスケはリーの体術とまったく同じワザをくり出した！
　さらに、サスケをのみこもうとした呪印の力までもおさえこんで、写輪眼の力を開花させる。そしてサスケは、「獅子連弾」をはなち…。

　ぶじサスケに封印をほどこしたカカシのうしろに、大蛇丸があらわれた。大蛇丸はみずからの野望のために、写輪眼を持つ「うちは」の力がほしいとカカシに告げる。　一方、第三試験予選では、サスケにうでをおられたため片うでしか使えない音隠れの下忍・ザクと、木の葉隠れの下忍・シノが戦っていた。ふたりの戦いは、チャクラを食らう大量の寄壊蟲（きかいちゅう）を思うままにあやつるシノが有利にみえた。しかし、じつはザクは両うでが使えたのだ！