大蛇丸の木ノ葉くずしをなんとかしりぞけた木ノ葉隠れの里。しかしそのキズあとは深く、立ち直るための作業を急いでいた。
　ちょうどそのころ、里に見なれぬふたつの人影が。サスケの兄・うちはイタチと手配Ｓランクの重罪人・干柿鬼鮫だ。ただごとではないオーラに気づいたアスマと紅は、いち早くふたりのもとにむかう。そしてその正体を知り、戦いに突入するのだった。

　アスマと紅のピンチを、ギリギリのところですくったカカシ。そして、これまでまったく手を出さなかったイタチが、ついに戦いにくわわることに。いよいよ写輪眼をもつ者どうしの戦いが始まった。
　最初は互角の展開となるイタチとカカシの勝負。だが、写輪眼の真の継承者（けいしょうしゃ）であるイタチが、「最強」といわれおそれられてきたうちは一族の本当の力を発動させる。はたしてカカシは、その強大な力に対し、勝利することができるのか？

　現在行方不明の伝説の三忍のひとり・綱手（つなで）の消息をつかむため、ナルトと旅に出た自来也。彼はこの旅で、謎の組織「暁」の一員となったうちはイタチからナルトを守りながら、自分の弟子として修業をつませようと考えていた。自来也から新しい忍術を教えてもらえると張り切るナルト。そんなナルトに、自来也は、かつて自分の弟子だった故・四代目火影、そして若かりしころの自分の姿を重ねるのだった。
　いっぽう、イタチの幻術にかかって昏睡状態になっていたカカシを見舞いに来たサスケは、そこで重大な事実を知る。一族を壊滅に追い込んだ実の兄・イタチが木ノ葉にあらわれたということ、そしてそのイタチがナルトをねらっているということ…。サスケは、ナルトと自来也がむかったという宿場町にむかうが…。

　イタチと戦うため、ナルトがいるという宿場町にひた走るサスケ。彼は、いまわしい過去を回想していた。
　かつてはサスケのじまんの兄だったイタチは、７歳で忍者学校（アカデミー）をトップの成績で卒業し、わずか13歳で木ノ葉最強の部隊「暗部」の分隊長までつとめていた。しかしある夜、たったひとりで木ノ葉の名門・うちは一族をほろぼしてしまう。ただひとり、弟のサスケだけをのこして…。
　いままさにナルトを連れ去ろうとしていたイタチ。サスケは宿場町にとうちゃくするが…。

　鬼鮫にやられそうなところを、間一髪、自来也に救われたナルト。イタチたちは、やはりナルトの中に封印されている九尾の狐の力をねらっていたのだ。「ナルトはわたさない」と、イタチと鬼鮫の前に立ちはだかる自来也。しかし、イタチに手首の骨を折られたサスケの「手を出すな」という声が、自来也をおしとどめた。はげしい痛みに顔をゆがめながらも、なおもイタチに立ち向かおうとするサスケ。父と母、そして一族の命をうばったイタチへの復しゅうの戦いが始まるが…。