心身ともに深手を負ったサスケは、ガイの手で木ノ葉の里に送り返されることになった。伝説の三忍のひとり、そして医療スペシャリストである「綱手」がいれば、サスケを、そして里で同じくイタチに深手を負わされたカカシを救える…。自来也とナルトは、綱手の手がかりを求めて歓楽街へむかう。
　運悪くヤクザ者の忍者にからまれてしまうふたり。しかし、そこで自来也が見せた技によって、一瞬にしてヤクザ者たちはふっ飛んでしまう。自来也はその強力な技をナルトに伝授しようとしていた。
　いよいよナルトの本格的な修行が始まった。「技を教えてもらえる」とはしゃぐナルトだったが…。

　いよいよ自来也によるナルトの修行がはじまった。習得しようとしているワザは、あの四代目火影がのこした忍術で、そして天才忍者といわれる四代目でも習得に丸３年かかったという術だった。
　修行の第１段階は、手の平から出すチャクラの流れで水風船を割ること。かんたんそうに見えるその修行だったが…。はたしてナルトはこの第１段階をクリアすることができるのか!?

　修行の第一段階はなんとかクリアするナルト。だが、次の段階であるゴムボールをチャクラの勢いで破裂させるという修行は、想像以上にむずかしいものだった。なんとかボールに穴をあけるところまではいくが、まだまだ破裂させるレベルにはほど遠い。そんなナルトに、自来也は「手の平に墨で書いた点に意識を集中すれば、思わぬ力を引き出すことができる」というヒントをあたえる。
　ふたたび修行をはじめるナルト。しかし、思うように成果が上がらない。そんな時、ナルトは昔なつかしい忍者学校でのできごとを思い出し…。

　町のお城を見学する綱手とシズネの前に、とつぜんあらわれた大蛇丸とカブト。三代目火影の封印術によって負った大蛇丸のケガを、医療スペシャリストであり伝説の三忍のひとりである綱手に治療させようというのだ。しかし、木ノ葉の里を裏切り、三代目火影を亡き者にした大蛇丸を、綱手が治療などするはずがない。だがそこには、綱手のかなしい過去を利用したひきょうな取引条件が用意されていて…。

　みずからの腕のキズを治させるために大蛇丸が出してきた条件は、綱手の最愛の弟・綱樹とかつての恋人・ダンを禁術の力で生き返らせることだった。しかも腕のキズが治った場合、大蛇丸はただちに木ノ葉崩しを再開するという。返事の期限は１週間。綱手は、木ノ葉の里への思いと、失った最愛の弟と恋人をとりもどせるという誘惑の間で、ゆれるのだった。
　そんな中、ようやく綱手と出会えた自来也は、五代目火影就任要請を告げるが…。