「昔のアラシはもう死んだ」というアラシから、ジグモの半身が盛り上がり、カミキリがくり出される。そして、攻撃されるサクラをかばうナルトの背に、カミキリのハサミが突き刺さってしまった。
　ケガをしながらやせガマンするナルトは、影分身の術で応戦するが、しだいに追いつめられていく。そしてフウマ忍法・呪縛曼荼羅のかまえを作るアラシ。それは、フウマでも代々の長しか使えないという秘術だ。ナルトは、アラシが作ったチャクラのオリに閉じこめられてしまい…。

　医療忍者をめざしているサクラは、チャクラの微妙なコントロールを練習していた。いっぽう、ケガが回復し、はりきっていたナルトは、急な任務で出かける自来也に置いていかれ、ふてくされていた。自来也はそんなナルトに、留守の間の特別な自主トレだと、巻物をわたすのだった。
　火影執務室で山積みの書類の処理にあたっていた綱手たちは、木ノ葉厳重警戒施設の資料を目にする。そこは重罪を犯した忍者を収容する施設で、囚人たちに掘削労働をさせているのだったが…。

　トントンの嗅覚をたよりに、厳重警戒施設を脱獄したミズキを追いかけるシズネたち。しかしミズキと風神・雷神によって、シズネはたおされてしまう。
　木ノ葉病院では、ミズキの事件に大蛇丸がからんでいることに感づいたナルトが、綱手につめよっていた。そこへ、トントンがもどってきた。必死になって何かを伝えようとしているトントン。ナルトはシズネの危機を察知し、綱手の制止も聞かずに「シズネを助け、大蛇丸をたおしてサスケを連れもどす」と飛び出すのだった。

　愚鈍ながら怪力の持ち主である風神・雷神には、ナルトの攻撃が通用しない。そこでナルトは、影分身の術によるオトリ作戦で、時間かせぎをすることに。するとナルトのもとに、ある「最強トリオ」があらわれる。
　いっぽうイルカは、ミズキにつめよっていた。ミズキのクナイをかわしながら、「同じ火の意志を受けつぐ木ノ葉の家族にバカなまねはやめろ」と説得をつづけるイルカ。だがミズキは、本気でイルカをたおしにかかり…。

　風神・雷神にてこずるナルトのもとに、シカマル、いの、チョウジがやって来た。綱手の命令によりやって来た３人に後をまかせ、ナルトとパックンはミズキを追うことに。
　風神・雷神の動きをシカマルが影真似の術で止めている間に、いのが心転身の術で風神に乗りうつり、チョウジが雷神に組みつく。こうして彼らは、「フォーメーション、いのシカチョウ」を完成させる。
　そのころイルカは、血のついた笹の葉を目印にミズキを追っていた。しかし幻術や傀儡など、ミズキの高度で多彩な技に翻弄されてしまい…。