よみがえった雷牙が目にしたのは、死んだように横たわる蘭丸。絶望した雷牙は、やり場のない怒りをぶつけ、はげしい雷を呼ぶ。
雷牙を止めようと、必死で応戦するテンテン。しかし雷牙の怒りと悲しみはおさまらない。「木ノ葉の里からナルトたちが来なければ、自分と蘭丸はずっといっしょだったのに」と思い立った雷牙は、芥子に「雷峠にやつらを連れて来い」と命じるのだった。

雷牙による強烈な雷撃を受けたリーだったが、キズつきながらも必死にふんばっていた。しかし、雷牙をつつんだ電撃の竜巻が、龍の形状に。そしてリーは、その龍にのみこまれてしまう。
そのとき、山椒ばあさん、芥子、蘭丸をせおったテンテンは、けわしい道を雷峠にむかって走っていた。そのとちゅう、気絶しているリーを発見。山椒ばあさんのはこんできたカレーによって、リーは意識をとりもどす。そして、ネジとナルトにもカレーをとどけるため、ふたたびテンテンと芥子は走りだした。

木の葉隠れの里にあるアカデミーで、一泊二日の野外演習が行われることになった。ナルトは木の葉丸、モエギ、ウドンをひきいる班長にえらばれる。めざすはタクラミ山のてっぺんのワルダクミ大岩。教官たちがしかけるワナをうまくよけて、かくされた秘密文書を持ち帰らなければならない。
気合いじゅうぶんのナルト班だったが、とちゅうで道にまよってしまった。さらに雨までふってきて…。

網手の指令で、茶の国の大名の茶壷、ミソギをぬすんだ男・五寸釘をつかまえることになったナルト、ヒナタ、キバ、赤丸たち。五寸釘がかくれているという石の国で聞きこみをしようと酒場に入るが、間中道蔵に子供あつかいされ、攻撃されてしまう。ピンチのナルトたちをたすけてくれたのは、悪人をつかまえて賞金をかせぐ男・サザナミだった。
食事をおごってくれるというサザナミは、ナルトたちを町はずれまでつれ出した。そして、「五寸釘はオレの獲物だ。おまえたちには死んでもらう！」と、とつぜんおそいかかってきて…。

キズついたサザナミを看病するナルトたち。サザナミは悪党・五寸釘との因縁（いんねん）を語りはじめる。かつて平凡な村の刀鍛冶（かたなかじ）だったサザナミに、自分の罪をかぶせた相手こそ五寸釘だというのだ。自分の手で五寸釘をとらえて、自分は無実だと証明したいサザナミ。だがそこへ、サザナミをねらうもうひとりの賞金かせぎがあらわれ…。