ガイとリーが出かけているあいだに、２人に変装したニセモノが木ノ葉の里にもぐりこんだ。その名もモンダイ・ガイ＆ポッチャ・リー。あまりにもヘタクソな変装だったのですぐにカカシが見やぶるが、「だれもダマされないだろう」という綱手の判断で、ほうっておくことに。
　いっぽう、里の中で修行相手をさがしていたナルトは、なんとこの変装にすっかりダマされ、「オレに体術の修行をつけてくれ！」とニセモノ２人に言いはじめて…。

　いま鳥の国には、「呪い武者」とよばれる幽霊があらわれていて、こまっているらしい。はるばるやってきた鳥の国の青年・チシマのけんめいのたのみに押し切られ、綱手はしぶしぶ幽霊退治を引き受けることに。この任務にえらばれたのはナルト、ネジ、リー、テンテン。なんでも呪い武者の正体は、急死した先代大名、オオワシの亡霊らしいのだが…。
　幽霊が相手だと聞いてビビるナルト。鳥の国についたとたん、一行はさっそく呪い武者と出会うことになり…。

　鳥の国では、大名後見役の孟宗と策士の紅明が対立していた。「呪い武者」にはある陰謀（いんぼう）がかくされていると考えたネジは、事件の背景をさぐるために現大名のサギに会おうとする。
　ところがサギは、正体不明の忍者におそわれてしまった。現場にのこされた手裏剣は、紅明がたばねている鳥の国の近衛兵の持ち物にまちがいない。大名の命をねらったのは紅明なのか？　そんなおり、ナルトたちは呪い武者と密会している紅明を目撃する。

　呪い武者をあやつっていたのは紅明だった。孟宗によって次々とあばかれていく紅明の野望。だが、そのあまりの手ぎわのよさに、木ノ葉たちは違和感をおぼえるのだった。
　「任務終了を告げられた以上、他国の事情に首をつっこむべきではない」というネジの言葉をつっぱねるナルト。助っ人にガマ吉、ガマ竜を呼び出して、納得いくまで事件のナゾをさぐることにする。紅明と呪い武者が密会していた寺でナルトが見たものとは…。

　カカシに言われて、しかたなく里へいっしょに帰ることになったテンテンとネジ。その３人をひそかに見はるナゾの忍者のかげがあった。実はカカシは、その尾行者のそんざいにいち早く気づいていたのだが…。はたしてナゾの忍の正体とは？
　いっぽう鳥の国では、罪人となった紅明の処刑がとりおこなわれようとしていた。しかし、とつぜん会場にあらわれた呪い武者が、人々の目の前で紅明をさらっていってしまうのだった。