シノとナルトの組み合わせにとどいた任務。それは本吉村の富豪、花月家当主の葬儀（そうぎ）の警備の依頼。しかしこれは表向きで、実は本当の依頼は先代当主の残した遺言（ゆいごん）から次代当主の風太をまもってくれというものだった。その遺言は「葬儀の席で風太が笑ったら彼に相続権はなくなり、財産は一族の分配となる」というもの。葬儀当日には、花月家の親せきたちが風太を笑わせようと手をつくすことが予想された。そこで風太の代理として「絶対笑わない人」シノが葬儀に出席することになるのだが…。

ツナデの旧知、菜の国の城主から依頼が入る。内容は菜の国を訪れた行商人の警護をして欲しいというもの。早速任務に出かけるチョウジ、ヒナタ、ナルトの混合チームは老若男女から成る行商人達と合流する。警護の道すがら菜の国の方角から上がる妙な黒煙を目にするナルト達は、直後に謎の忍者達の襲撃を受ける。「ただの行商人が忍者の攻撃対象になる筈がない」と楽観的に考えるナルト達は、襲撃を何かの間違いだと考え、ルートを迂回して追っ手をやり過ごす事にする。しかしこの動きを敏感に感じ取っている若者達がいた。シュンとキクスケ、ユリノシン。彼らこそが、襲撃者の真の標的だったのだ。

尚も行商人達の追跡を止めない敵。後方の様子を見に行ったナルトは倒されているキクスケを発見する。ユリノシンとシュンを問い詰めた木ノ葉達は恐るべき事実を知る。なんとシュンの正体は菜の国の一人娘、ハルナだったのだ。そしてユリノシンは百合之丞という名の姫の護衛だった。菜の国の大名は近く起こるクーデターの情報を掴み、姫と護衛を行商人達の中に紛れ込ませ、脱出させたのだった。

邪忍ルイガに襲われるナルト達。無尽蔵に湧き出る地下水を武器とするルイガの攻撃に、ナルト達は次第に追い詰められていく。しかし劣勢の戦いの中でナルトは逆転の一手に繋がる、ある発見をするのだった。一方、先をゆくヒナタとハルナ。待機して仲間の合流を待とうとするヒナタに、ハルナは「早く自分を安全な所に連れて行け」と迫る。逡巡するヒナタにハルナは――？

第二の邪忍、ジガに動きをとめられるナルト。かけつけたヒナタは、ナルトの身の安全をたてに、ハルナの居場所を教えるようせまられる。その要求をこばみ、戦いをはじめるヒナタ。柔術をつかって戦うヒナタだったが…。いっぽうナルトは、チョウジと百合之丞によってたすけられていた。しかし、ヒナタの元へ急ぐナルトたちのすがたを、最後の邪忍レンガが見ていて…。