丸鉄とトドロキの因縁が明かされる。トドロキはかつて不忍に襲撃された一家のたった一人の生き残りだった。弟の仇である丸鉄を前に、遂に怒りを押さえきれなくなるトドロキ。丸鉄に切りかかるトドロキと揉み合いになるナルトだが、そんな両者の隙に乗じ、現れた『不忍』の文殊は両者に足止めをくらわせ、まんまと丸鉄を攫っていってしまう。一方、バンダナの少年を追っていたサクラとリーは謎の少年少女に取り囲まれていた。突然の介入者に困惑するサクラとリーに向かい「丸鉄を返せ」と迫る子供達の正体とは――？

ようやく一堂に会す木ノ葉達。激しいバトルの末、文殊を追い詰めるナルトだが、乱入した修羅にバンダナの少年を奪われてしまう。このバンダナの少年こそ、死んだとされていたトドロキの弟、アキオだった。丸鉄は不忍一味に身を置きながらも、密かに襲われた家の子供達を匿い育てていたのだ。しかし真実を知ってもトドロキは丸鉄を許す事ができない。アキオ奪還の為、丸鉄の案内でアジトに乗り込んでいくナルト達を待っていたのは周到な罠だった。燃え上がる炎の中、奇しくもトドロキの前にアキオを失った五年前の光景が再現される。

任務帰りにまぼろしのメンマの材料である麻竹をとりに向かったナルトは、ケガをした少年を発見する。木ノ葉病院にかつぎこまれたその少年は、記憶を失っていた。正体のわからない者を里に置くことは危険だという綱手たち。しかし、火災現場から命がけで赤子をすくったというその少年のやさしい心に感激したナルトは、「自分が保証人になる」と言い、強引に里への滞在を許可させるのだった。「メンマ」と名づけられた少年は、ナルトの部屋にいそうろうすることになるが…。

鳩笛を使った忍術でナルトをすくうメンマ。綱手はその術の特徴から、メンマが音隠れの関係者ではないかと考える。メンマの記憶をさぐるため、田の国へ出発するナルトたち。だがナルトは、同行のネジとテンテンの目的が「メンマの正体をさぐり、先日の襲撃者を捕らえること」だと知り、彼らと対立することに。そんな険悪ムードの一行は、たびかさなる盗賊の襲撃を受けボロボロとなった村に到着する。さっそく盗賊退治を提案するメンマとナルトだったが、ネジとテンテンはそれに反対し…。

メンマの正体が村をおそった盗賊の一員だと聞き、信じられない思いのナルト。村人たちはそれまでの態度を一変させ、メンマを責めはじめる。怒りのおさまらない村人たちがメンマに襲いかかろうとしたその時、またしても盗賊団が村におそいかかってきた。先日の襲撃者でもあるその盗賊の頭領は、メンマを「裏切り者」と呼ぶのだった。人々が逃げまどう戦いの混乱の中、メンマはかくしてきた最大の秘密を告白するが…。